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关于GPT4给我的GATK joint calling（多项目不同批次大规模合并）建议
目录问答1问答2问答3问答4问答5问答6问答7问答8问答9问答10 关于生物信息的专业回答与建议，GPT4刷新了我对它的认知。 详见如下对话： 问答1 问答2 问答3 问答4 问答5 反过来又测试它一下。 问答6 会通过Bing联网进行检索。 问答7 问答8 问答9 会联网进行检索。 问答10 不得 ......
gatk 实现基于染色体合并gvcf文件，并获取变异
001、基于染色体合并gvcf文件 gatk CombineGVCFs -R reference.fna -V gvcf.list -L chrN -O chrN.merged.g.vcf.gz 其中： referen.fna 是参考基因组； gvcf.list是将要合并的gvcf文件的列表文件，一 ......
gatk线程数对标记重复速度的影响
001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls SRR1770413.sorted.bam SRR1770413.sorted.markdup_metrics.txt SRR1770413.sorted.markdup.bam step4.slurm [b2022304032 ......
生信： 一起读官方文档 GATK2.1版本 篇
# 一起读官方文档 GATK2.1版本 篇 参考文章: > GATK使用：https://www.plob.org/article/7070.html ## GATK介绍 GATK做什么的？ 它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在 ......
01.GATK人种系变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介
<~生~信~交~流~与~合~作~请~关~注~公~众~号@生信探索> 学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于VCF的介绍可以参考上一篇推文基因序列变异信息VCF (Va ......
GATK最佳实践之数据预处理SnakeMake流程
写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之前需要处理好数据。 数据预处理过程包括，从fastq文件去接头、比对到基因组、去除重复、碱基质量校正，最后得到处理好的BAM或CRAM文件。 ......