以SRR1770413 为例:
001、测序的碱基数目
测序碱基数目为:387.2M。
002、参考基因组的大小
a、下载参考基因组,并统计基因组的大小
[root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 test01]# zcat GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz | grep -v "^>" | awk '{sum += length($0)} END {print sum}' 4641652
003、计算测序X
测序量除以基因组的大小等于平均的测序X。
[root@PC1 test01]# awk 'BEGIN{print 387.2/4.64}' 83.4483
。