protein
A novel essential protein identification method based on PPI networks and gene expression data
A novel essential protein identification method based on PPI networks and gene expression data Jiancheng Zhong 1 2, Chao Tang 1, Wei Peng 3, Minzhu Xi ......
LPI-IBWA: Predicting lncRNA-protein interactions based on an improved Bi-Random walk algorithm
LPI-IBWA: Predicting lncRNA-protein interactions based on an improved Bi-Random walk algorithm Minzhu Xie 1, Ruijie Xie 2, Hao Wang 3 Affiliations exp ......
B4185. LPI-IBWA:Predicting lncRNA-protein Interactions Based on Improved Bi-Random Walk Algorithm
B4185. LPI-IBWA:Predicting lncRNA-protein Interactions Based on Improved Bi-Random Walk Algorithm Minzhu Xie1, Hao Wang1 and Ruijie Xi1 1Hunan Normal ......
DNA | RNA | Protein | 提取 | 纯化 | 定量
这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆，从Ecoli里提取质粒，不要忘了加RNase，否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的，这你要自己去摸索，比如普通Lentivirus packagi ......
[论文精读][基于点云的蛋白-配体亲和力]A Point Cloud-Based Deep Learning Strategy for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction
我需要的信息 代码，论文 不考虑共价键，每个点包括了六种原子信息，包括xyz坐标，范德华半径，原子重量以及来源（1是蛋白质，-1是配体）。原子坐标被标准化，其它参数也被标准化。对不足1024个原子的的复合体，补0到1024。 增加考虑的原子从1024到2048，没有提升，增加原子信息通道，没有提升（ ......
[论文精读][计算生物][蛋白质预训练表示]Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein Structure Decoy
笔者正在调研市面上的蛋白表示方法，论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St ......
Latent generative landscapes as maps of functional diversity in protein sequence space
## 0. foreword 最近看了一篇比较有意思的文章,而且要讲组会了,认真学习一下顺便做个随笔当做我讲组会的草稿 (文章并不是直接翻译,文章的内容按照自己的理解进行了些改动) ## 1. Abstract 变分自编码器是一种无监督的生成模型,当把它应用在蛋白质数据上的时候,可以利用它按照系统发 ......
rgi main --input_sequence temp/out_pro.fa --output_file result/protein --input_type protein --clean --num_threads 10 --alignment_tool DIAMOND --include_loose
这是一个命令行命令，用于对temp/out_pro.fa文件进行抗菌基因分析。参数的含义如下： rgi: 表示运行resistant gene identifier (rgi)程序。 main: 指定使用 rgi 的主要模式。 --input_sequence temp/out_pro.fa：指定输 ......