correction algorithms long-read pacbio
2. MGI Pacbio ONT 测序原理
本人的生物只有高中且4年没碰的水平,如果涉及生物的笔记没写对请见谅. 1. 总览 2. MGI 测序原理 MGI属于华大智造的专利技术,同样是用于测序.在解决下面三个问题上使用了不同的方法. (1) 如何区分不同碱基:这里可以看作一致,是相似的技术. (2) 荧光微弱:滚环扩增,形成DNA纳米球.要 ......
c: Sorting Algorithms
SortAlgorithm.h /*****************************************************************//** * \file SortAlgorithm.h * \brief 业务操作方法 * VSCODE c11 https://gi ......
论文阅读： Co-design Hardware and Algorithm for Vector Search
1. Introduction 介绍一下论文背景， 向量检索常用于 搜索引擎，推荐系统，LLM和科学计算等 对应的常用的硬件向量检索方法，IVF-PQ 其中IVF：将多个向量聚类, PQ将向量压缩 而为了最大化IVF-PQ的效果，也会面临很多的挑战 在芯片设计的过程中，会遇到针对六个阶段如何设计合适 ......
Proj. CRR Paper Reading: Optimal Speedup of Las Vegas Algorithms, Adaptive restart for stochastic synthesis
Title Adaptive restart for stochastic synthesis PLDI 2021 Task Distribute the power between multiple runs in stochastic program synthesis to accelerat ......
The CATALINA_HOME environment variable is not defined correctly
出现原因：在系统变量中，没有找到CATALINA_HOME 这个变量 解决办法：在系统中加上CATALINA_HOME 这个变量。值为Tomcat 的根目录 ......
【AL】Sort algorithm
I Base class of sort al Insert Swap Select II compare diff al 名称 时间复杂度 空间复杂度 适用结构 优点 缺点 备注 直接插入 O(n)~O(n^2) O(1) 基本有序线性表 稳定 [1] 折半插入 O(n)~O(n^2) O(1) ......
Data structure and algorithm-Two
B树 扩容 找出不含重复字符的最长字串的长度 字母异位词分组 优化用一个长度26的整数数组来标识 ArrayKey的构造方法 判断是否存在重复元素 借鉴HashSet后的小优化版 put 自带一个返回值，返回的是添加前原位置的元素，若原位置为空，则返回null 添加，若遇到重复元素，则在集合中删除， ......
PacBio long read error correction
PacBio长读错误校正算法有多种，每种算法都具有各自的优点和缺点。以下是常用的几种算法及其特点： Pacific Biosciences (PacBio) SMRT Analysis软件套件： - 优点：PacBio提供了一套完整的错误校正工具，包括PacBioToCA、Quiver、Arrow等 ......
Long-read error correction: a survey and qualitative comparison (长读错误纠正：一项调查和定性比较)
Basic Information: Title: Long-read error correction: a survey and qualitative comparison (长读错误纠正：一项调查和定性比较) Authors: Pierre Morisse, Thierry Lecroq, ......
[Algorithm] LRU Cache
An LRU (Least Recently Used) cache is a type of data structure that maintains a limited size of items and evicts the least recently accessed item when ......
CF670E Correct Bracket Sequence Editor
## 思路 发现此题除了模拟没有好的方法，所以考虑如何模拟。 先考虑删除操作，如果在删除的时候再去找要删除那些的话，就会使时间复杂度变高，所以考虑先预处理出每个括号对应的位置。如果按照操作删除括号，那么时间复杂度也是非常吓人的。所以我们考虑标记被删除的括号。 再考虑移动操作，如果移动的下一个位置是被 ......
Paper Reading: A pareto-based ensemble of feature selection algorithms
本文将集成特征选择问题建模为具有两个目标的帕累托优化问题，提出一种类型的异构集成特征选择算法 PEFS。首先采用两种聚合方法对四种不同 FS 方法得到的结果进行组合，接着使用双目标优化来评估这些结果，最后根据非优势特征在双目标空间中的拥挤距离进行排序。该方法平衡了关联度和冗余性两种不同的 FS 方法... ......
Data structure and algorithm-One
右边界左边界 函数式编程 传统的实现方式通常是将具体的功能代码直接写在方法内部。这样的实现方式对于固定的功能来说可能是足够的，但它的灵活性和复用性较低。每当需要不同的功能时，您需要编写新的方法或修改原有方法，这可能会导致代码的冗余和不易维护。 而函数式编程的优点在于它将函数本身作为参数传递，使得调用 ......
[React Typescript] Ensure correct inference for prop types with satisfies & ComponentProps
import { ComponentProps } from "react"; import { Equal, Expect } from "../helpers/type-utils"; const buttonProps = { type: "button", // @ts-expect-err ......
[Algorithm] Compare two Binary tree are the same in both value and shape
export default function compare( a: BinaryNode<number> | null, b: BinaryNode<number> | null, ): boolean { if (a null && b null) { return true; } if (a ......
通过docker安装的jira提示We've detected a potential problem with JIRA's Dashboard configuration that your administrator can correct. Click here to learn more
正常通过docker安装jira后,访问是不会出问题的 但是如果使用nginx代理后,就是在nginx里配置了proxy_pass http://localhost:2800 再访问后,就会报错We've detected a potential problem with JIRA's Dashbo ......
HLSLibs ac_math Algorithmic C Math Library
HLSLibs is a free and open set of libraries implemented in standard C++ for bit-accurate hardware and software design HLS LIBS - High-Level Synthesis ......
[Algorithm] Path maze solver - recursive
// Base case // 1. Off the map // 2. Hit a wall // 3. Already visited // 4. It's the end const dirs = [ [1, 0], //top [0, 1], //right [-1, 0], //botto ......
arcgis注册postgresql失败。postgres be sure the databse client software is installed and configured correct
解决： 将PostgreSQL\9.1\bin目录下的Libpq.dll,Libeay32.dll, Libintl-8.dll, Ssleay32.dll复制一份放在ArcGIS Server安装目录的Server\bin***意：这里拷贝的文件需要都是64位的。 重启arcgis server服 ......
.NET Core中关于阿拉伯语环境下的坑：Input string was not in a correct format.
### 结论 .NET Core项目（.NET Framework没出现）在阿拉伯语（即语言名称是`ar-`开头的语言）环境下，将负数字符串转成数字，即`int.Parse("-1")`或`Convert.ToInt32("-1")`时，会抛出异常“Input string was not in a ......
RAW算法处理之BLC(Black level Correction黑电平校正)
BL产生的原因 暗电流 暗电流（dark current），也称无照电流，指在没有光照射的状态下,在太阳电池、光敏二极管、光导电元件、光电管等的受光元件中流动的电流，一般由于载流子的扩散或者器件内部缺陷造成。目前常用的CMOS就是光电器件，所以也会有暗电流，导致光照为0的时候也有电压输出。 如图是二 ......
A Randomized Algorithm for Single-Source Shortest Path on Undirected Real-Weighted Graphs 部分翻译
A Randomized Algorithm for Single-Source Shortest Path on Undirected Real-Weighted Graphs Ran Duan , Jiayi Mao , Xinkai Shu , and Longhui Yin 这篇翻译必定有相 ......
Windows使用PyTorch遇到RuntimeError: Unable to find a valid cuDNN algorithm to run convolution的解决方案
Windows使用PyTorch遇到RuntimeError: Unable to find a valid cuDNN algorithm to run convolution的解决方案 PyTorch在Windows上的cuDNN实现有问题才会导致这个错误，解决方法是禁用cuDNN滚回旧实现上 ......
[Algorithm] Two crystal balls problem
You're given two identical crystal balls and a 100-story building. The balls are incredibly tough, but there exists some floor in the building, above ......
Leetcode: Algorithm
1. Boyer-Moore Voting Algorithm identify the majority element (frequency > n/2) class Solution { public int majorityElement(int[] nums) { int count = ......
LSC(lens shading correction)
clc,clear,close all % parameters of correction- filePath = ' images/1scRefIng. jpg' ;side_ num =17:% load org inageimage=imread(filePath) ;[height, wi ......
Comparing with traditional convex optimization methodology, what are advantages of PSO algorithm
与传统的凸优化方法相比，粒子群算法有哪些优点 与传统的凸优化方法相比，粒子群优化（PSO）算法具有以下优点： 全局搜索能力：PSO算法具有较强的全局搜索能力，能够在多个解空间中寻找最优解。由于粒子群在搜索过程中可以通过信息共享和合作，有助于避免陷入局部最优解。 适应性和自适应性：PSO算法具有适应性 ......
智能计算理论：Please write down the procedure of PSO algorithm.
粒子群优化（Particle Swarm Optimization，PSO）算法是一种基于种群的优化算法，灵感来源于鸟群或鱼群的社会行为。下面是PSO算法的一般过程： 初始化粒子群：创建一个粒子群，其中每个粒子表示问题的一个潜在解。在搜索空间内随机初始化粒子的位置和速度。 评估适应度：根据每个粒子的 ......
constructive algorithms
## E. Misha and Paintings https://codeforces.com/problemset/problem/1720/E 题意：给到一个n*n矩阵，问至少需要几次操作才能使得矩阵中有exactly k个点。 每次操作定义为选定一个方阵，将其所有元素变为x,x自定义。 n= ......
JavaScript Algorithm: FizzBuzz javascript fizzbuzz问题
We are going to write a function called fizzbuzz that will accept no arguments. The goal of this function is to print out all numbers from 1 to 100 bu ......