note-seq magenta note seq

生信:RNA-Seq 比对工具性能比较 [STAR、Tophat2、HISAT2]

# RNA-Seq **比对**工具性能比较 参考文章: > https://yanzhongsino.github.io/2021/11/19/omics_transcriptome.RNA-seq/ > > https://www.biostars.org/p/288726/ ## 比对 (al ......
性能 RNA-Seq Tophat2 工具 HISAT2

生信:一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇

# 一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇 参考文章: > https://zhuanlan.zhihu.com/p/345896914 > ## RNA-Seq分析介绍 转录组是指某特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够**从整体水平**研究**基因功能**以及基因结构,揭示特定生物学 ......
RNA-Seq 学生 RNA Seq

CSAPP Notes: Types

# CSAPP Notes,类型 > 随手写的,可能会有错误(); ## 类型 | 数据类型 | 大小 | | | | | `char` | 1 | | `bool` | 1 | | `short int (short)` | 2 | | `int` | 4 | | `long int (long) ......
CSAPP Notes Types

易基因:MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现,这是一个包括凝血、炎症、再上皮化(re-epithelialization)、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素,再上皮化受损是创伤、糖尿病 ......
创面 上皮 基因 MeRIP-seq 分子

「Note」数据结构方向 - 数据结构进阶

# 1. 平衡树 咕咕咕 # 2. 树套树 咕咕咕 # 3. LCT ## 3.1. 介绍 ### 3.1.1. 基本概念 LCT 全名 Link-Cut-Tree,动态树,是用来维护**动态森林**的数据结构。 它支持以下操作(需要保证任意操作时刻维护的都为森林): - 连边。 - 断边。 - 换 ......
数据结构 结构 数据 方向 Note

「Note」图论方向 - 图论进阶

# 1. 2-SAT ## 1.1. 介绍 对于一些节点,每个节点存在两个状态(非 $0$ 即 $1$),我们给出一些如下类型的限制条件: - 节点 $i$ 状态为 $1/0$。 - 若节点 $i$ 状态为 $1/0$,那么节点 $j$ 状态为 $1/0$。 - 节点 $i,j\ (i\not=j) ......
方向 Note

「Note」图论方向 - 图论基础

# 1. 差分约束 ## 1.1. 介绍 差分约束算法用于解决如下问题:给出若干形如 $x_a-x_b\le c$ (均为整数,可以为负数)的不等式,求一组解 $\{x_i\}$,若不存在解则判断无解。 考虑将原式变形,变为 $x_a\le x_b+c$。观察到这与单源最短路里的三角形不等式 $di ......
方向 基础 Note

CNV-seq检测三倍体、ROH和UPD

转自 已有 11221 次阅读 2021-12-17 11:06 |系统分类:科普集锦 CNV-seq检测三倍体、ROH和UPD 已有 11221 次阅读 2021-12-17 11:06 |系统分类:科普集锦 在NIPT在产前诊断应用普及后,CNV-seq以其低成本、高通量在产前诊断中越来越收到专 ......
CNV-seq CNV seq ROH UPD

「Note」数据结构方向 - 可持久化数据结构

# 1. 可持久化线段树 ## 1.1. 介绍 可持久化线段树一般用于解决区间第 $k$ 小值的询问。 首先考虑简化过的问题,区间 $\left[1,r\right]$ 的第 $k$ 小值。 考虑用权值线段树(离散化或动态开点)来求 $k$ 小值,接下来只需要解决区间的问题。 可持久化线段树核心思想 ......
数据结构 结构 数据 方向 Note

「Note」您想来点数据结构吗?

### [$\color{black}{P4119\ [Ynoi2018]\ 未来日记}$](https://www.luogu.com.cn/problem/P4119) #### 思路:分块+值域分块 #### 复杂度:$O(n\sqrt n+m\sqrt n)$ #### 主题思路 数列分块需 ......
数据结构 结构 数据 Note

games101-homework-notes

Games101 作业笔记 Created: 2023-06-19T12:00+08:00 Published: 2023-08-17T16:23+08:00 Categories: ComputerGraphics [ToC] # pa0 使用宏节约 `angle / 180.0 * acos(- ......
homework-notes homework games notes 101

games101-lecture-notes

Games101 课程笔记 Created: 2023-06-07T20:54+08:00 Published: 2023-08-16T21:05+08:00 Categories: ComputerGraphics [ToC] # Lecture01: Overview of Computer G ......
lecture-notes lecture games notes 101

the-c-programming-language-reading-notes

The C Programming Reading Notes Created: 2023-06-06T15:59+08:00 Published: 2023-08-16T12:14+08:00 Categories: C | ReadingNotes 我看的是第二版,解决了初学 C 语言和 OS ......

MIT 18.06 Notes

## MIT 18.06 线性代数 学习笔记 ### Lecture 1 #### 线性方程组的几何化 e.g. $$ 2x - y = 0 \\ -x + 2y = 3 $$ 行视角(`Row Picture`):解集是直线们的交点 或 平面们的交线等。 [![pPKNiR0.png](https ......
18.06 Notes MIT 18 06

[Note] Jetson设备使用SDK Manager刷机遇到apt-get网络不畅的问题

前提: 在SDK manager烧录完成os后,安装cuda等组件的过程中容易出现因为apt-get源导致的失败。 解决方案: 1. 完成系统烧录,获得jetson 设备的IP地址`192.168.55.1`,此时系统会停在弹出框上,让用户确认是否通过ssh的方式继续安装后续组件,此时先不继续。 2 ......
机遇 Manager apt-get Jetson 设备

「Note」字符串方向 - 自动机相关f

# 1. AC 自动机 ACAM ## 1.1. 介绍 AC 自动机用于解决多模式串匹配问题,例如求多个模式串在文本串中的出现次数。显著地,它的应用实际上非常广泛。 借助 KMP 的思想,我们对 Trie 树上的每个节点构造其**失配指针** $fail_i$,指向对于当前字符串的最长后缀(其他(前 ......
自动机 字符串 字符 方向 Note

[Notes] Ubuntu下设置apt-get的代理

根据不同的ubuntu版本,可以修改/etc/apt/apt.conf文件或者/etc/apt/apt.conf.d/proxy.conf文件的内容。 - /etc/apt/apt.conf.d/proxy.conf 添加如下内容可以实现apt-get的代理设置: ```bash Acquire:: ......
apt-get Ubuntu Notes apt get

易基因:ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞(Primordial germ cell,PGC)是生殖细胞前体,可以产生卵母细胞和精子,确保生命延续。尽管PGC特化(PGC specification)得到广泛研究,但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
生殖细胞 表观 因子 基因 ChIP-seq

「Note」数论方向 - 同余相关

# 1. 扩展欧几里得算法 ## 1.1. 介绍 扩展欧几里得算法用于求 $ax+by=\gcd(a,b)$ 的一组特解(整数解)。 推导如下: 设 $\begin{cases}ax_1+by_1=\gcd(a,b)\\bx_2+(a\mod b)y_2=\gcd(b,a\mod b)\end{ca ......
数论 方向 Note

Redmi Note 12 Turbo苹果主题

主题类型:混搭 预览效果如下 混搭类型 测试MIUI版本12-13-14通用 锁屏样式 超级景深Max 通知栏 超级景深Max 图标 AP14超级景深 短信主题 听云间 拨号于联系人 听云间 桌面 AP14超级景深 ......
苹果 主题 Redmi Turbo Note

「Note」Linux 命令行

`ls` 查询目录。 - `-l` 详细目录。 `cd` 跳转位置。 - `.` 当前目录(原地 TP)。 - `..` 父级目录。 `diff` 比较不同。 `g++ 1.cpp -o 1 -g -Wall` 编译。 `./1` 运行。 ......
命令 Linux Note

NOTE: mbedtls 2.28 is required for TLS support!

NOTE: mbedtls 2.28 is required for TLS support!" 这个提示表示您需要安装版本为 2.28 或更高版本的 mbedtls 库,以便为您正在构建或使用的软件启用 TLS(传输层安全)支持。TLS 用于在网络上建立安全通信,通常在 HTTPS 连接中使用。 ......
required mbedtls support NOTE 2.28

PeneTration Notes(二)

# SNotes-2 ## 信息收集 给出渗透目标:单位名称、靶标。 ### 单位信息 首先需要收集单位的基本信息,通过: 1. 天眼查:登录后基本服务免费,可以免费查询单层股权穿透信息 2. 企查查: 3. 爱企查:登录即可免费使用绝大部分服务,但可能信息不全 主要需要获取:法定代表人、单位官网、 ......
PeneTration Notes

working note-2023/7/25

1. production of coe ducument coe file primary format: <Radix_Keyword> = Value ; Optional Comment <Data_Keyword> = Data_Value1, Data_Value2, Data_Valu ......
working note 2023 25

UNIX 环境编程 Note ( UPDATING )

目录 知识点 limits.h 中提供的一些宏 sysconf 中提供的一些参数 基本系统数据类型 7 进程环境 进程的启动 进程的退出 环境变量 程序空间布局 存储空间分配 环境变量 函数 setjump 和 longjump 函数 getrlimit 和 setrlimit tips 参考资料 ......
UPDATING 环境 UNIX Note

易基因:m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP)是一类结构和功能多样化的蛋白质,参与多种生物过程。越来越多的证据表明,RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译,在基因表达的转录后调控中发挥着关 ......
选择性 活性 基因 m6A-seq ALKBH5

Note02: DOS命令

## DOS命令 ### 打开CMD的方式(Windows) 1.开始+系统+命令提示符 2.Win+R, 输入cmd打开控制台(推荐) 3.在任意的文件夹下面,shift+右键,在此处打开powershell 4.资源管理器的地址栏前面加上cmd路径, cmd + 空格 + 地址, 例如 cmd ......
命令 Note DOS 02

【转载Note】

[note] 一些音乐相关的英文术语/概念 乐盲:转载于[note] 一些音乐相关的英文术语/概念 - NoNoe - 博客园 (cnblogs.com) 最近从零开始研究音乐x深度学习方面,看论文遇到不少名词,特此记录并非音乐专业,部分词汇依赖上下文推断感悟,以?标出,不保证信达雅,仅供理解 1 ......
Note

易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域(DMR)分析软件比较 | 生信专区

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域,包括N6-甲基腺苷(m6A)在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究 ......
表观 甲基 分析软件 基因 MeRIP-seq

seq

seq 以指定增量从首数开始打印数字到尾数 ## 补充说明 **seq命令** 用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数。 ### 语法 ```shell seq [选项]... 尾数 seq [选项]... 首数 尾数 seq [选项]... 首数 增量 尾数 ``` ### 选项 ```she ......
seq