seq
seq_file.txt 翻译
1. seq_file 接口 版权所有 2003 Jonathan Corbet <corbet@lwn.net> 该文件最初来自 LWN.net 驱动程序移植系列，网址为：http://lwn.net/Articles/driver-porting/ 设备驱动程序（或其他内核组件）可以通过多种方式 ......
seq用法
seq命令使用说明 1、命令概述 seq命令用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数（正数或者负数）。 2、命令语法 seq【选项】 【参数】 seq [选项]... 尾数seq [选项]... 首数 尾数seq [选项]... 首数 增量 尾数（seq 初始值 增量 终止值） 3、命令选项 -f ......
Postgresql中自增主键序列的使用以及数据传输时提示:错误:关系"xxx_xx_xx_seq"不存在
场景 Postgresql在Windows中使用pg_dump实现数据库(指定表)的导出与导入： https://blog.csdn.net/BADAO_LIUMANG_QIZHI/article/details/135011801 上面讲使用pg_dump进行postgresql的导出与导入。 如 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A RNA甲基化以ABA依赖性方式调控草莓果实成熟
DNA甲基化等表观遗传标记在调控不同成熟阶段果实成熟中起着关键作用。m6A甲基化已被证明可以调控番茄成熟，但目前尚不清楚 mRNA m6A甲基化是否对不同类型水果的成熟调控具有功能保守性。 2021年6月，中国科学院植物研究所秦国政研究组在《Genome Biology》杂志发表题为“N6-meth ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......
机器学习——序列到序列学习（seq2seq）
我们将使用两个循环神经网络的编码器和解码器， 并将其应用于序列到序列（sequence to sequence，seq2seq）类的学习任务。 编码器 由于这里使用的是门控循环单元， 所以在最后一个时间步的多层隐状态的形状是 （隐藏层的数量，批量大小，隐藏单元的数量）。 如果使用长短期记忆网络，st ......
易基因：MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开，复杂程度不断提高，并按固定轨迹随时间进行。然而，调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中，这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中，通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
Util应用框架基础(六) - 日志记录(三) - 写入 Seq
本文是Util应用框架日志记录的第三篇,介绍安装和写入 Seq 日志系统的配置方法. 安装 Seq Seq是一个日志管理系统,对结构化日志数据拥有强大的模糊搜索能力. Util应用框架目前主要使用 Seq 和 Exceptionless 管理日志. 你可以从中选择一个合适的. 本节介绍使用 Dock ......
聊聊RNN与seq2seq
seq2seq模型也称为Encoder-Decoder模型。顾名思义，这个模型有两个模块——Encoder（编码器）和Decoder（解码器）。编码器对输入数据进行编码，解码器对被编码的数据进行解码。此时编码器编码的信息浓缩了翻译所必需的信息，解码器基于这个浓缩的信息生成目标文本。 这里的数据一般指 ......
易基因：ChIP-seq等揭示BRWD3调控KDM5活性以维持H3K4甲基化水平的表观机制｜PNAS
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白修饰对调控染色质结构和基因表达至关重要，组蛋白修饰失调可能导致疾病状态和癌症。染色质结合蛋白BRWD3（Bromodomain and WD repeat-containing protein 3）是Cul4-DDB1 E3泛素连 ......
《动手学深度学习 Pytorch版》 9.7 序列到序列学习（seq2seq）
循环神经网络编码器使用长度可变的序列作为输入，将其编码到循环神经网络编码器固定形状的隐状态中。 为了连续生成输出序列的词元，独立的循环神经网络解码器是基于输入序列的编码信息和输出序列已经看见的或者生成的词元来预测下一个词元。 要点： “<eos>”表示序列结束词元，一旦输出序列生成此词元，模型就会停 ......
Magenta之note-seq
Magenta 中的所有内容都以 NoteSequences 为中心。这是一系列音符的抽象表示，每个音符都有不同的音高、乐器和敲击速度，很像 [MIDI](https://mp.weixin.qq.com/s/6CGlmhv1SE4bKpdWYvgxUw)。 下面就是一个 NoteSequence ......
Bulk RNA-seq process
目的： 对illumina数据进行处理，利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点，或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据，通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备： 数据下载： Human genome(GR ......
Some seqs are too long, please rebuild the program with make parameter MAX_SEQ=new-maximum-length (e.g. make MAX_SEQ=10000000)
001、cd-hit报错如下 Some seqs are too long, please rebuild the program with make parameter MAX_SEQ=new-maximum-length (e.g. make MAX_SEQ=10000000) 002、解决方法 ......
Linux cat、echo、seq、sort、cut、tr、diff、uniq
cat和echo 特点： cat：从文件或标准输入读取内容并显示到标准输出（通常是屏幕）。提供一个或多个文件名作为参数时，cat 会连续显示这些文件的内容。 echo：输出参数内容到标准输出，提供给 echo 的任何内容（无论是文本、变量还是混合内容）都会被当作参数，然后 echo 将这些参数显示出 ......
sv的LSB 使用+SV的protect类型+RAL模型的lock原因+C语言结构体中的冒号用法+uvm版本在退出机制的区别+sv的random的seed生效问题+verdi的reserve的debug+vcs禁用打印屏幕输出+清空seqr中的seq+sv使用process开启进程和结束
sv的LSB 使用 https://blog.csdn.net/gsjthxy/article/details/90722378 等价关系 [LSB+:STEP] = [LSB+STEP:LSB] 伪代码： bit [1023:0] mem; bit [7:0] data; j = 0..100 m ......
C 序列（seq）
Day \(|\Sigma|\)。 模拟赛里面的题，早上降智没调出来。题意大概就是求区间所有子区间的只出现在子区间内的数的最大值的和。 记录一个数 \(i\) 的最左出现位置 \(l_i\) 和最右出现位置 \(r_i\)，一个数只在 \([L,R]\) 中出现当且仅当 \([l_i,r_i]\su ......
易基因：ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制｜Plant Com
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
Tangram Tutorial 1：映射小鼠皮层 MOp 的 snRNAseq 数据到 Slide-seq2 数据
写在前面 学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度，分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新，建议配合官方文档一起阅读。推荐先按顺序阅读往期内容： 文献篇： 1.文献阅读：使用 Tangram 进行空间解析单细胞转录组的深度学习和比对 ::: block-1 目录 1 ......
Seurat Tutorial 7：整合 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据
写在前面 学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度，分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新，建议配合官方文档一起阅读。推荐先按顺序阅读往期内容： 文献篇： 1.文献阅读：(Seurat V1) 单细胞基因表达数据的空间重建 2.文献阅读：(Seurat V2) 整合跨 ......
文本翻译,机器翻译序列(Seq2seq)
# Seq2seq # 进行机器翻译 import collections import math import os import torch from torch import nn from d2l import torch as d2l import matplotlib.pyplot as ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
生信：RNA-Seq 比对工具性能比较 [STAR、Tophat2、HISAT2]
# RNA-Seq **比对**工具性能比较 参考文章： > https://yanzhongsino.github.io/2021/11/19/omics_transcriptome.RNA-seq/ > > https://www.biostars.org/p/288726/ ## 比对 (al ......
生信：一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇
# 一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇 参考文章： > https://zhuanlan.zhihu.com/p/345896914 > ## RNA-Seq分析介绍 转录组是指某特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够**从整体水平**研究**基因功能**以及基因结构，揭示特定生物学 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病 ......