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易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA结合蛋白（RNA-binding protein，RBP）是一类结构和功能多样化的蛋白质，参与多种生物过程。越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关 ......
易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域，包括N6-甲基腺苷（m6A）在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术，拓展了RNA表观遗传学研究 ......
seq
seq 以指定增量从首数开始打印数字到尾数 ## 补充说明 **seq命令** 用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数。 ### 语法 ```shell seq [选项]... 尾数 seq [选项]... 首数 尾数 seq [选项]... 首数 增量 尾数 ``` ### 选项 ```she ......
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
seq2seq+attention的个人理解
[toc] ## RNN 经典的RNN结构：  这是经典的RNN结构，输入向量是： ![image](ht ......
RNA-seq中的那些统计学问题
<a name="data-preprocess"><h2>1. 数据预处理 [<sup>目录</sup>](#content)</h2></a> <a name="filt-low-exp-genes"><h3>1.1. 过滤低表达的基因 [<sup>目录</sup>](#content)</h3 ......
Pytorch | 输入的形状为[seq_len, batch_size, d_model]和 [batch_size, seq_len, d_model]的区别
首先导入依赖的torch包。 ```python import torch ``` 我们设： + seq_len（序列的最大长度）：5 + batch_size（批量大小）：2 + d_model（每个单词被映射为的向量的维度）：10 + heads（多头注意力机制的头数）：5 + d_k（每个头的 ......
易基因：近期染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）研究成果｜项目集锦
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作（DNA-Protein Interactions，DPIs）是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。本期以科研内容为序 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
N7、seq2seq翻译实战-Pytorch复现
🍨 本文为🔗365天深度学习训练营 中的学习记录博客 🍖 原作者：K同学啊 | 接辅导、项目定制 🚀 文章来源：K同学的学习圈子 📌 本周任务： 请根据N5、N6周内容，为解码器添加上注意力机制 数据：链接 一、前期准备工作¶ 0、导入包¶ In [ ]: from __future__ ......
std::atomic store load std::memory_order_seq_cst
#include <atomic> #include <chrono> #include <ctime> #include <fstream> #include <future> #include <iomanip> #include <iostream> #include <map> #inclu ......
易基因：NAR：ChIP-seq等揭示蛋白质酰基化与c-di-GMP协同调控放线菌发育与抗生素合成机制｜项目文章
易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《Nucleic Acids Research》 大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年06月07日，华东理工大学生物工程学院和生物反应器工程国家重点实验室叶邦策教授和尤迪副教授为共同通讯作者、博士生符瑜为第一作者以“A ......
N6、seq2seq翻译实战-Pytorch复现
🍨 本文为🔗365天深度学习训练营 中的学习记录博客 🍖 原作者：K同学啊 | 接辅导、项目定制 📌 本周任务： 结合训练中N5周的内容理解本文代码 数据：链接 一、前期准备工作¶ 0、导入包¶ In [1]: from __future__ import unicode_literals, ......
易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。 前言 DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基 ......
易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 细菌编码许多转录因子（transcription factor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始。目前对TF功能的研究几乎集中 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A reader YTHDF1在结直肠癌PD-1免疫治疗中的作用｜Gut
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌（colorectal cancer ，CRC）是全球最常见的癌症之一，转移性CRC患者的5年生存率低于20%。免疫检查点阻断（Immune checkpoint blockade，ICB）对CRC患者表现出良好疗效，然而只有一 ......
N5、seq2seq详解
📌 本周任务： - 了解seq2seq是什么？ - 基于RNN的seq2seq模型如何处理文本/长文本序列？ - seq2seq模型处理长文本序列有哪些难点？ - 基于RNN的seq2seq模型如何结合attention来改善模型效果？ - 可以先尝试着自己编写代码（下周更新） ## 一、seq2 ......
CNA-seq
检测cnv的范围：1KB～几M，中值100KB 杂合性缺失，位于一对同源染色体上的相同基因座位的两个等位基因中的一个（或其中部分核苷酸片段）发生缺失，与之配对的染色体上仍然存在 1:在有的文献中指出cfDNA长度一般在167bp,ctDNA一般在145bp.在脑脊液中发现（ctDNA）取代在血浆中。 ......
seq 命令
seq命令 seq：单词sequence序列的缩写，功能是输出序列化的一串整数。 语法有如下三种 ##输出从1（默认1）到尾数之间的所有整数 seq + 选项 + 尾数 ##输出从首数开始到尾数结束的所有整数 2. seq + 选项 + 首数 + 尾数 ##输出从首数开始到尾数结束，每隔一个增量输出 ......
STARR-seq
STARR-seq：该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers enhancers和epromoters的鉴定流程如下图： 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据，然后分 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
BOOST_PP_SEQ_FOR_EACH
��<�pre><�b>/home/vi/git/dos/dnet/./dconfig/dconfig.h:<�/b> In static member function <�b>static std::string dnet1::path_type2_helper::str(dnet1::pa ......
seq2seq中的注意力机制
seq2seq中的注意力机制解决了长期梯度消失的问题，LSTM只解决了一部分长短期问题。 transformer中采用的自注意力机制多少借鉴该方法，其最核心的公式如下图所示。 Attention机制详解（一）——Seq2Seq中的Attention - 知乎 (zhihu.com) Q、K、V分别代 ......
CTCF ChIP-seq
CTCF ChIP-seq CTCF（CCCTC binding factor），是CTCF基因编码的转录因子 ，与绝缘子的活性相关。 CTCF蛋白在印记调控区域（imprinting control region，ICR）和分化甲基化区域1（differentially-methylated re ......
ChIP-seq 分析：Differential Peaks（15）
动动发财的小手，点个赞吧！ 1. 寻找差异区域 然而，识别特定于细胞系或条件的峰并不能捕获表观遗传事件的全部变化。 为了识别表观遗传事件的差异，我们可以尝试量化 IP 样本中非冗余峰组中片段丰度的变化。 我们首先必须建立一组区域，在这些区域中量化 IP ed 片段。 一种成熟的技术是产生一组非冗余峰 ......