protein dna rna
RNA组成
RNA（核糖核酸）是一种生物分子，类似于DNA，也是由核苷酸组成的。 RNA分子由三个部分组成：一个磷酸基团、一个五碳糖（核糖）以及一个氮碱基。 与DNA不同的是，RNA中的糖是核糖（ribose），而不是DNA中的脱氧核糖（deoxyribose）。 此外，RNA中的氮碱基有腺嘌呤（adenine ......
DNA组成
DNA（脱氧核糖核酸）是一种生物分子，它存储了生物体的遗传信息。 DNA分子由核苷酸组成，每个核苷酸由三个部分组成：一个磷酸基团、一个五碳糖（脱氧核糖）、以及一个氮碱基。 DNA中存在四种不同的氮碱基：腺嘌呤（adenine，简称A）、鸟嘌呤（guanine，简称G）、胸腺嘧啶（thymine，简称 ......
如何提取DNA【原理】
DNA提取是一种将DNA从生物样本中分离和纯化的过程。下面是一般的DNA提取步骤： 选择样本：选择包含DNA的样本，可以是细胞、组织、血液、唾液、植物材料等。 细胞破碎：使用物理或化学方法将细胞破碎，以释放DNA。常见的方法包括机械破碎、冻融、酶解或化学溶解。 溶解蛋白质：加入蛋白酶等酶类，将细胞中 ......
易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassica rapa（An）和Brassica oleracea（C ......
【高中生物必修二】第三章 基因和DNA
# 第一节 DNA是主要的遗传物质 最初20世纪20年代，人们发现蛋白质由氨基酸组成，并猜测氨基酸的多种排列组合蕴含遗传信息。因为当时没有其他大分子有类似的特征，所以大家认为蛋白质是遗传物质。 20世纪30年代，科学家发现DNA由脱氧核苷酸（磷酸，碱基和脱氧核糖）组成。四种碱基（ATGC）构成四种脱 ......
易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。 前言 DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基 ......
RT-qPCR protocol | RNA定量
步骤： 引物设计，primer design； 分离RNA，RNA isolation； 反转录，RT phase； 定量，qPCR phase； 所用试剂和耗材： RNeasy Plus Micro Kit (50) RT Master Mix Kit Power SYBR™ Master Mix ......
非对称纳米通道的整流特性研究及其在DNA检测中的应用
非对称纳米通道的整流特性研究及其在DNA检测中的应用 石晓雨 西北大学 摘要：纳米通道单分子检测技术具有方法简单、无需标签、实时监测的优点,在生物、化学领域受到广泛关注。与生物纳米通道相比,固态纳米通道孔径尺寸和形状可调,在各种条件(p H值、温度、浓度等)下均具有出色的热稳定性和化学稳定性,因此, ......
第三代DNA测序数据压缩方法研究
第三代DNA测序数据压缩方法研究 崔浩翔 深圳大学 摘要：第三代测序技术自问世以来在临床分子诊断中扮演着越来越重要的角色,尤其在基因组测序、甲基化研究、突变鉴定(SNP检测)等方面。测序技术的不断发展使得测序成本逐年下降,测序数据量急剧增加,如何存储和传输庞大的测序数据是当前亟需解决的问题。数据压缩 ......
针对第三代RNA测序长读段的比对算法研究
针对第三代RNA测序长读段的比对算法研究 李琪 桂林电子科技大学 摘要：随着第三代测序技术的日益成熟以及广泛应用,长序列比对成为正在兴起的研究领域。在转录组学研究中,将RNA长读段比对定位到参考基因组中,是对第三代RNA测序数据进行分析的关键一步,其准确性对差异基因表达、RNA编辑和融合基因的检测等 ......
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
DNA纳米孔测序技术
DNA测序技术迄今为止经历了三代的发展。第三代测序技术是纳米孔测序技术。 （文中内容出处作者：小灏纸 链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/432535702 来源：知乎） 一、Nanopore Sequencing技术重要发展阶段 1993年，科学家第一次实现了利用DNA ......
DNA测序检测软件
1. Nanocall：一款适用于牛津纳米孔测序数据的开源基因序列分析软件，由David M, Dursi L J, Yao D等人于2017年发表在"生物信息学"期刊上。 2. DeepNano：一种基于深度递归神经网络的基因序列分析软件，适用于MinION纳米孔测序数据，由Boža V, Bre ......
rgi main --input_sequence temp/out_pro.fa --output_file result/protein --input_type protein --clean --num_threads 10 --alignment_tool DIAMOND --include_loose
这是一个命令行命令，用于对temp/out_pro.fa文件进行抗菌基因分析。参数的含义如下： rgi: 表示运行resistant gene identifier (rgi)程序。 main: 指定使用 rgi 的主要模式。 --input_sequence temp/out_pro.fa：指定输 ......
基于DNA序列的图像加解密算法仿真
1.算法仿真效果 matlab2022a仿真结果如下： 2.算法涉及理论知识概要 随着互联网和通信行业的快速发展，信息安全也越来越受关注，由此很多数据加密算法被提出，并被大量使用，例如AES算法，DES算法等，由于人在生活中所获得的信息大部分来自于视觉，图像就成为了人类生活活动中最常见的信息载体.高 ......
机器学习预测给定生物DNA序列是编码序列还是非编码序列
在生物学中，DNA序列通常指非编码序列，因为DNA是生物体内存储基因信息的一种生物大分子，具有一定的生物学特性和结构。然而，基于DNA序列的机器学习预测可以包括编码和非编码序列的任务。以下是一些基于DNA序列的机器学习应用： 应用于非编码DNA序列的机器学习模型： 基因预测：使用机器学习算法预测非编 ......
use a script run by gromacs to analysis protein protein complex dynamic
using gromacs to write a script for protein-protein complex moleculer dynamics from force field selection to trajectory analyze step by step，and give ......
LAS、CTC、RNA、RNN-T 等
这些都是大名鼎鼎的 seq2seq model。 本文可看作是台大李宏毅教授 DLHLP 课程的学习笔记，学习传送门：https://www.bilibili.com/video/BV12T411X7Nz/ 1 Listen，Attend and Spell（LAS） paper：https://a ......
通过fastaread读取DNA序列并进行检测matlab仿真
1.算法描述 fastaread fastaread函数是matlab生物信息学工具箱内置的一个函数，给我们的使用上带来了巨大的方便。对于基因DNA序列，转录RNA序列和表达蛋白序列的读取非常方便。 使用语法为： p53nt = fastaread('p53nt.txt') % p53nt.txt ......
DNA序列数据处理
dna序列数据处理通常包括以下步骤： 数据预处理：首先，需要对原始dna序列数据进行预处理。其中包括测序错误的纠正、碱基质量过滤和去除低质量序列等。这个阶段是非常重要的，因为数据预处理的质量直接影响后续的特征提取和模型学习。 特征提取：在dna序列分析中，会涉及到许多不同的特征提取方法。例如，可以从 ......
如何将DNA序列输入到神经网络中
dna序列是由四个不同的核苷酸（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤和鳙嘌呤）组成的字符串，在神经网络中输入dna序列通常需要进行编码转换。以下是一些将dna序列输入到神经网络的方法： one-hot编码: one-hot编码是将dna序列中每个核苷酸表示成一个固定长度为4的二进制序列。例如： a: [1, 0, ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
UVA1392 DNA Regions
https://www.luogu.com.cn/problem/UVA1392 给定两个长度为 n 的字符串 A 和 B，满足 A 和 B 都只由大写字母 A、C、G、T 组成。 求一个长度最长的闭区间 [L,R]，满足对于 i∈[L,R] , 有不超过 p% 的 i 满足 Ai≠Bi ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
5.DNA序列
原题：https://www.acwing.com/problem/content/submission/code_detail/24508041/ 思路：IDA*根据每个字母开搜，也就是由“AGCT”开搜，记录每一个要枚举的字符串的枚举到的下标pos数组，启发函数使用最长的还未匹配的字符串的剩余字 ......
易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。 研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险， ......
引用的： 本篇主要和大家分享有关NGS检测体细胞突变时判断DNA污染的方法。
来自https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1679887356&ver=4431&signature=FISeM4PGVyZ-AGQmG7Aib6zDiSV7B1TvaBgc41rLNE-ofmYD1pw2Nu46xLzgY5AsBI261SsCp* ......