碱基 基因组 甲基 变异
linux中实现提取碱基序列的互补序列
001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试序列 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat a.fa | tr "ATCG" "TAGC" ## 提取碱基序列的互补序列 TAGCTACG ......
易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberis aristata）和黄连（Coptis chinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞 ......
R：Wilcoxon秩和检验，比较两组样本中的基因表达差异
setwd("E:\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\05willcox")library(doBy)gene <- read.table('table.l5.relative-SE.txt', sep = '\t', row.names = 1, header = TRUE, st ......
基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析
基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析 吕利王晓利张文娟韩芝侠 宝鸡文理学院电子电气工程学院 摘要：目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷，并提出改进措施，以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法，包括基于“校正后组装”策略的FA ......
基于第三代测序数据的结构变异检测方法研究
基于第三代测序数据的结构变异检测方法研究 白若飞 北京化工大学 摘要：第三代测序技术的飞速发展使人们能够通过少量较长的读段推测个体的完整染色体序列,同时推动了基因变异检测的发展。结构变异的准确检测对人类遗传多样性和临床疾病的研究至关重要。传统研究结构变异的方法是将手工提取的变异特征进行参数统计来判别 ......
基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究
基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究 姜涛 哈尔滨工业大学 摘要：随着测序技术的不断成熟和广泛应用,以测序技术为驱动的基因组、转录组等多组学的研究得到了跨越式发展,推动了基因组科学、遗传学、临床医学等多学科的变革。基因组变异检测作为基因组研究中最为核心和关键的环节,对于基因组注释、与疾病和 ......
基于第三代测序技术的基因组SNP和Indel变异检测关键算法研究
基于第三代测序技术的基因组SNP和Indel变异检测关键算法研究 廖小青 哈尔滨工业大学 摘要：随着生活水平的提升,人们对于自身的好奇促使人们对基因进行研究。其中,变异是人类疾病的一个重要诱因,对变异进行研究可以推动基础生物学和医学的发展。相比于大区域基因组的结构变异,SNP和Indel变异这种小区 ......
基于长读数和重比对的结构变异检测方法研究
基于长读数和重比对的结构变异检测方法研究 杜彩云 河南理工大学 摘要：人类基因中普遍存在结构变异,一些结构变异的发生会产生重大的基因型疾病,这对人类的健康来说是一个巨大的威胁。为了有效治疗这些基因型疾病,最关键的一步是准确检测相应的结构变异类型和位置。常见的结构变异有插入、缺失、倒位和串联重复。其中 ......
基于长读的基因组重复序列查找技术研究
基于长读的基因组重复序列查找技术研究 郭睿 深圳大学 摘要：基因组中出现两次或者两次以上基本相同的序列称为重复序列。重复序列信息可以用来可以分析物种的进化,减少基因比对歧义,降低序列拼接数据缺失。与标准重复序列库对比,基于短读序列数据的重复序列查找技术得到的结果并不完整,平均长度较短。长读数据平均长 ......
基于MECAT的长读长对相似基因组比对算法的研究与实现
基于MECAT的长读长对相似基因组比对算法的研究与实现 何欣雨 北京交通大学 摘要：基因测序的意义是使人类从根本上认知疾病发生的原因,做到正确的治疗疾病、尽早的预防疾病。例如肿瘤和红斑狼疮等疾病都是和基因变异有关,如果能过通过测序技术知道变异点,对精准治疗,攻克难题有重大意义。第三代测序技术是Pac ......
面向第三代测序技术的基因组长序列片段比对算法研究
面向第三代测序技术的基因组长序列片段比对算法研究 周佩霞 湖南师范大学 摘要：随着测序技术不断发展和改进,测得的基因组序列片段数据的特征也在不断变化。为适应当前第三代测序技术,基因组序列比对算法需要进行深入的研究和改进,以便更适合于处理第三代测序技术测得的长序列片段数据。本文重点研究分析了基于哈希和 ......
易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 细菌编码许多转录因子（transcription factor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始。目前对TF功能的研究几乎集中 ......
速递：惠州学院生科院副院长谢海伟一行莅临易基因科技参观交流
2023年05月26日上午，惠州学院生命科学学院副院长谢海伟教授、陈兆贵教授、陈勇智博士、龚浩博士及生科院本科毕业生陈佳良一行5人莅临深圳市易基因科技有限公司参观交流，并举行“惠州学院实践教学基地“挂牌仪式。易基因总经理王君文、副总经理丁振东等公司领导出席。 交流会现场 “惠州学院实践教学基地“挂牌 ......
使用hiblup计算基因频率和基因型频率
001、测试数据 (base) [root@PC1 test]# ls ## 测试数据， plink格式 outcome.map outcome.ped (base) [root@PC1 test]# cat outcome.map 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 s ......
2023-05-27 量学基础 十八个涨停基因（转）
涨停基因（十四）——大阳双休（双阴洗盘） 涨停基因（十五）——双剑霸天地 涨停基因（十六）——梯四变异 涨停基因（十七）——现场直憋 涨停基因（十八）——咬住峰顶线 涨停基因（十五）——双剑霸天地 一、双剑霸天地的形态。 双剑霸天地的形态是指：首先出现一根带有长上影线的价柱，长上影线的长度大于价柱总 ......
01.GATK人种系变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介
<~生~信~交~流~与~合~作~请~关~注~公~众~号@生信探索> 学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于VCF的介绍可以参考上一篇推文基因序列变异信息VCF (Va ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A reader YTHDF1在结直肠癌PD-1免疫治疗中的作用｜Gut
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌（colorectal cancer ，CRC）是全球最常见的癌症之一，转移性CRC患者的5年生存率低于20%。免疫检查点阻断（Immune checkpoint blockade，ICB）对CRC患者表现出良好疗效，然而只有一 ......
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
Linux 中 shell 脚本实现根据gff统计每一个基因的转录本数目
001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/' | sort | uniq > gene.list 002 ......
玉米基因型不同导致其根系微生物群落不同
当进行宏基因组分析时，我们发现不同的玉米基因型可能会导致其根系微生物群落的不同。这种群落的变化可能与许多环境因素相关，例如土壤pH值、温度、湿度和养分含量等。 然而，最近的研究表明，玉米基因型也可能对其根系微生物群落的形成产生影响。例如，在一项研究中，研究人员对20个不同玉米基因型进行了分析，并通过 ......
不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析
标题：不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析 摘要： 本研究旨在探究吉林省农科院不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组特征。通过种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料，并设置三个生物学重复。分别在第四周、第六周、第八周和第十周采集土壤样本进行测序，以获取 ......
吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析
标题：吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析 摘要： 本研究旨在通过对吉林省农科院不同地点种植的B73和Mo17玉米材料进行宏基因组分析，探究它们在不同时间点和地点的土壤微生物群落组成和功能潜力差异。通过在三个地点种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
速递：易基因科技应邀在广东药科大学生物信息系讲课分享表观遗传学研究技术
2023年5月8日上午，深圳市易基因科技有限公司高级技术总监王君文应邀至广东药科大学医药信息工程学院生物信息系开展关于“基因组学时代：表观遗传学研究及DNA甲基化技术介绍”的线下讲座。讲座由生物信息系副主任任重鲁主持，众多学生积极响应参与。 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表 ......
SPSS计算极值、平均值、中位数、方差、偏度、峰度、变异系数
本文介绍基于SPSS软件的经典统计学分析与偏度、峰度等常用统计学指标的计算方法。 首先需要说明，本文所述数据的经典统计学分析，包括计算数据的极值、平均值、中位数、标准差、方差、变异系数、偏度与峰度等常用统计学指标。 首先，打开SPSS软件。 第一步需要将数据导入SPSS中。选择“文件”，然后选择“数 ......
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
02Prodigal基因预测
1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......