protein data-efficient蛋白质pretraining
蛋白质是如何生成的
蛋白质的生成过程称为蛋白质合成或蛋白质生物合成，它发生在细胞内的核糖体中。蛋白质合成包括两个主要的步骤：转录和翻译。 转录（Transcription）： 转录是指将DNA中的基因信息转录成RNA的过程。在细胞核中，DNA的两条链解开，其中一条链作为模板，由RNA聚合酶酶依据碱基配对原则合成与DNA ......
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势 1. 引言 蛋白质是生物大分子，在生物体内执行运输分子、响应刺激、为细胞提供结构以及催化代谢反应等基本功能。蛋白质包含通过肽键连接的一条或多条氨基酸残基长链。在自然环境中，蛋白质通常自发折叠成特定的三级结构，其中每个原子在分子的三维空间中占据独特的位置。驱动蛋 ......
人CREB蛋白的生物信息学分析
小组成员：潘情情 2010020113（文献查找、论文撰写背景介绍部分、小组展示PPT制作）杨可 2010020125（文献查找、论文撰写材料与方法部分）丁欣玥 2010020101（文献查找、论文撰写材料与方法部分）徐诺 2010020114（文献查找、论文撰写讨论与结论部分、小组展示演讲） 结合 ......
蛋白质结构生物信息学
蛋白质结构生物信息学 参与人员：张航22020080140 白艳梅22020080001 徐旭22020080135 张章晟22020080144 摘要：蛋白质结构生物信息学有很多功能，可以进行蛋白质建模、蛋白质对接、蛋白质分子动力学和蛋白质相互作用。本博文简要介绍了蛋白质结构生物信息学的主要领域， ......
硒蛋白的生物信息学
硒蛋白的生物信息学 李思思 孟琪 金伟萍 摘要：生物信息学为硒的研究领域带来了重要的启示。过去二十年来，随着基因组资源的不断增长，计算工具的发展取得了进展，为研究硒蛋白提供了新的机会。本文综述了硒蛋白基因发现和其他硒生物学研究的生物信息学方法。最近的进展完整的硒蛋白组的可用性可以评估在整个生命树中硒 ......
生物信息学在蛋白质组学中的应用
生物信息学在蛋白质组学中的应用 朱贺 何博文 朱思颖 周雨薇 1 蛋白质组学 1.1 概述 蛋白质组学（Proteomics）从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，从而揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律，其逐渐成为当前生物学研究的热点和突破 ......
蛋白质的结构的预测与 TCP 转录因子家族功能冗余分析
蛋白质的结构的预测与 TCP 转录因子家族功能冗余分析 生物信息学伴随着人类基因组计划的发展而产生，生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、加工、储存、分配、分析、解释等在内的所有方面，它运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量的数据所包含的生物学意义。生物信息学是生命科学领 ......
生物信息学-新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析
新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析 食硕2201班 汪睿劼 22020080043 食硕2201班 张 琦 22020080063 食硕2201班 孙 允 22020080037 食硕2201班 韩秋雨 22020080043 摘要：新型冠状病毒SARS-CoV-2 引发的 ......
蛋白质从头测序技术
1 引言 测序技术能够为研究学者带来大量的测序数据，而测序技术的不断优化使得测序数据更加准确。从头测序是一项不依赖于任何已知或参考序列的测序技术，它利用生物信息学分析技术将序列片段进行拼接、组装以实现整个序列的鉴定，可用于未知基因组、转录组和蛋白质的全序列分析。 在蛋白质组学中，利用串联质谱对肽段序 ......
PRETRAIN
# BACKBONE ## 前言 本篇博客记录常见backbone以及分类算法，具体如下： 1. Hourglass 2. resnet 3. hrnet ## Hourglass ### hourglass module Hourglass模块设计的初衷就是为了捕捉每个尺度下的信息，因为捕捉人脸， ......
蛋白质测序学习
蛋白质有四级结构，基本单位是氨基酸。氨基酸的分子结构通式为一个氨基-NH2、一个羧基-COOH、一个氢原子-H、一个侧链R基团连接在同一个碳原子上。根据R基团的不同，氨基酸分为20种。氨基酸之间羧基和氨基通过脱水缩合形成肽键-CO-NH-连接在一起,多个氨基酸最终形成一条肽链，肽链上氨基酸的排列顺序 ......
贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......
rgi main --input_sequence temp/out_pro.fa --output_file result/protein --input_type protein --clean --num_threads 10 --alignment_tool DIAMOND --include_loose
这是一个命令行命令，用于对temp/out_pro.fa文件进行抗菌基因分析。参数的含义如下： rgi: 表示运行resistant gene identifier (rgi)程序。 main: 指定使用 rgi 的主要模式。 --input_sequence temp/out_pro.fa：指定输 ......
最常见的组蛋白修饰及发现位置
最常见的组蛋白修饰及发现位置 参考资料： https://www.abcam.cn/epigenetics/histone-modifications-2 https://www.abcam.com/epigenetics/histone-modifications https://www.acti ......
use a script run by gromacs to analysis protein protein complex dynamic
using gromacs to write a script for protein-protein complex moleculer dynamics from force field selection to trajectory analyze step by step，and give ......
贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......
S蛋白序列进化树构建
NCBI下载PrC31、RaGT13、Wu-Han-1、YN2021、RpYN06的spike蛋白序核酸序列 下面是各spike蛋白核酸序列 利用mega序列比对 利用比对后的结果进行进化树构建 ......
SARS-CoV-2、SARS-CoV (2003)及RaTG13病毒株的S(Spike)蛋白氨基酸序列差异
在NCBI网站上得到SARS-CoV (2003)、SARS-CoV-2及RaTG13的S蛋白氨基酸序列 在clustal Omega进行比对，下面是结果 ......
贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......
易基因：PIWI/piRNA在人癌症中的表观遗传调控机制（DNA甲基化+m6A+组蛋白修饰）｜综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年03月07日，南华大学衡阳医学院李二毛团队在《Molecular Cancer》杂志发表了题为“The epigenetic regulatory mechanism of PIWI/piRNAs in human cance ......