seurat-scanpy r-python seurat scanpy
安装seurat-wrappers包时报错,需要Seurat >= 5.0.0
报错 安装 seurat-wrappers包时报错,需要Seurat >= 5.0.0 加载seurat-wrappers包时 namespace ‘Seurat’ 4.4.0 is already loaded, but >= 5.0.0 is required library(SeuratWra ......
Seurat Tutorial 7：整合 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据
写在前面 学习一个软件最好的方法就是啃它的官方文档。本着自己学习、分享他人的态度，分享官方文档的中文教程。软件可能随时更新，建议配合官方文档一起阅读。推荐先按顺序阅读往期内容： 文献篇： 1.文献阅读：(Seurat V1) 单细胞基因表达数据的空间重建 2.文献阅读：(Seurat V2) 整合跨 ......
Seurat Tutorial 6：整合大型数据集的技巧
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Seurat Tutorial 5：使用 reciprocal PCA (RPCA) 快速整合
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Seurat Tutorial 4：映射和注释查询数据集
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Seurat-Scanpy互通 | R-Python互通
单细胞数据分析发展到现在，已经分化为两大阵营，Seurat和Scanpy，一个代表了R，有丰富的多组学package支持，一个代表了Python，为大数据和AI而生，都有其各自独特的优势，不可被取代。 作为资深用户就很烦了，懂一个是不行的，必须两个都用，所以R和Python语言你必须都精通，否则非常 ......
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后，多种数据格式多样本情况下，如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构： 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 - 单样本情况下各种格式数据的读取，读取后seurat对象的创建 - 多样本情况下各种格式数据的读取，读取后seur ......
scanpy 去批次pipeline
### 1. 脚本主要内容 * 批量读取下机数据 * 计算双细胞比例 * BBKNN去除批次效应 * 去除细胞周期的影响 * 转换为seurat对象 ### 2. 脚本 点击查看代码 ``` import scanpy as sc import anndata as an import pandas ......