WGBS

易基因|全基因组DNA甲基化测序(WGBS)揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 众所周知,衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移,肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数,以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降,其中涉及许多分子机制,包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DN ......
基因 基因组 表观 甲基 机制

易基因:人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 目前,六分之一的夫妇患有不孕不育,其中多达一半的病例由男性因素引起,在过去的40年中,精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少,但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
甲基 精子 基因 ChIP-seq 区域

易基因: WGBS等从DNA甲基化揭示杀鲑气单胞菌灭活疫苗对大菱鲆的免疫力:抗性育种

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是表观遗传学中最重要的修饰之一,在免疫应答中发挥着重要作用。自引进大菱鲆(Scophthalmus maximus,商品名:多宝鱼)以来,养殖规模不断扩大,其间各种细菌、病毒和寄生虫引起的疾病日益严重。因此,灭活疫苗以其独特 ......
单胞菌 大菱鲆 活疫苗 抗性 甲基

易基因:WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关|Genome Biol

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 在一些真核生物中,DNA甲基化发生在基因编码区,称为基因体甲基化(gene body methylation,GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征,但基因体甲基化与转录抑制无关,其生物学重要性尚不清 ......
基因 可塑性 甲基 植物 动态

易基因: WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制|植物发育

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达;它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation,RdDM)通路调 ......
植株 林地 甲基 果实 草莓

易基因:WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制|科研速递

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 丹参(Salvia miltiorrhiza,S. miltiorrhiza)是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物,丹参的根会合成一组称为丹参酮(tanshinone)的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
丹参 甲基 丹参酮 基因 科研

易基因:全基因组DNA甲基化测序(WGBS)揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化|科研速递

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘(asthma)是儿童期最常见的慢性炎症性疾病,患病率2.6%~30.5%,儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果,可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
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易基因:全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较(MeDIP、RRBS和WGBS)| 研究综述

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度(CpG density)与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为:CpG岛(CpG island,CGI)、CpG岛上下游2kb以内的区域(CpG shore ,CpG岛岸)、CpG岛岸上下游2kb以内的区域( ......
基因 基因组 甲基 密度 方法

使用Sentieon加速甲基化(WGBS)分析

全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法,以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时,通常需要使用专门的比对工具,因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。 以下是四个不同的WGBS比对分析流程: Bismark:Bismark是一个基于Bowtie2或H ......
甲基 Sentieon WGBS
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