位点 区间 基因snp

基因组选择的贝叶斯方法

首先,理解以下基本概念: 先验分布 (Prior Distribution): 在没有观察到数据之前,我们对未知参数的信念或假设。例如,我们可能相信标记的效应大部分是接近0的。 数据 (Data): 这就是我们有的基因型和表型数据。 后验分布 (Posterior Distribution): 当我 ......
基因组 基因 方法

“饕餮的抉择”——软件工程选题报告(第七小组基因重组)

饕餮的抉择 ——软件工程选题报告(第七小组基因重组) 目录饕餮的抉择——软件工程选题报告(第七小组基因重组)一、项目目标及意义1.1背景调查1.2项目目标1.菜单界面:2.转盘决定功能:-官方转盘:-自定义转盘3.新品增加:4.线上支付:1.3项目意义二、可行性分析2.1技术分析2.1.1难度/难点 ......
软件工程 选题 基因 小组 报告

植物基因组组装综述

目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组装测序技术发展与组装质量 基因组特征评估Survey 基因组大小、杂合度和重复序列含量是决定测序成本、组装难度和最终组装效果的最重要的几个特征。 全部测序read 中K-mer(在测序rea ......
基因组 基因 植物

科迪华数据科学家对基因组信息应用于植物育种的观点与建议

本文内容整理自科迪华农业科学公司(Corteva Agriscience)的数量遗传学家Alencar Xavier博士几年前做的报告。Alencar Xavier在统计遗传学方面的工作是基因组辅助育种,重点是数据驱动的植物育种的理论和计算方面,例如使用各种信息来源进行建模、预测和选择。其研究涉及使 ......
基因组 基因 科学家 观点 植物

[AHOI2002] Kitty猫基因突变

我们不妨将所有权值打到一棵树上,这很容易想到。 考虑暴力,如果我们选择了 \(w\) 个点,修改后我们会从叶子节点依次合并去计算贡献。 很显然我们可以动态规划维护。 \(f[p][w][0/1/2]\) 表示选了 \(w\) 个点,后整个区间的状态为 \(0/1/2\) 。 0 和 1 表示整个区间 ......
基因 Kitty AHOI 2002

浅谈区间覆盖离线算法——pq差分

前置知识:STL 或者手打优先队列(堆),`vector`。 这里为了代码方便,后面的代码均使用 STL 优先队列,想看手打堆的话可以看别的巨佬的博客然后去 [模板](https://www.luogu.com.cn/problem/P3378) 或者 Acwing 练手。 该算法可以运用优先队列, ......
区间 算法

区间方差

# [P5142 区间方差](https://www.luogu.com.cn/problem/P5142) 单点修改,区间查询。 更新很简单,直接赋值,然后更新(注意 $y^2$ 可能爆 `int`)。 对于询问,我们考虑完全平方公式 $(a_i-a)^2=a_i^2-2aa_i+a^2$,我们发 ......
方差 区间

基因组选择(GS)缩短育种周期

GS与传统表型选择(PS)的比较: Vivek等人进行的研究比较了玉米在干旱条件下的GS和PS。结果发现,使用PS时,每周期的收益是0.27 (t/ha),而使用GS时增加到了0.50 (t/ha)。将这些值除以周期长度,干旱条件下的年遗传增益分别为0.067(PS)和0.124(GS)。 在最佳条 ......
基因组 基因 周期

R语言无套利区间模型期货期现研究:正向套利和反向套利次数、收益率分析华泰柏瑞300ETF可视化|附代码数据

全文链接:http://tecdat.cn/?p=31973 最近我们被客户要求撰写关于无套利区间模型的研究报告,包括一些图形和统计输出。 股指期货的套利交易有助于股指期货实现其价格发现以及风险规避的功能,因此提高套利交易的效率,对于发挥股指期货在经济发展中的作用有着重要的意义 本文帮助客户对期货期 ......
收益率 区间 期货 收益 模型

静态区间第 k 小学习笔记

静态区间第 \(k\) 小,强制在线。 设原数组长度为 \(n\) ,值域为 \(V\) 。 首先我们 \(kth\) 转 \(rnk\) ,给定 \((l, r, x)\) ,查询数组 \(a[l \ldots r]\) 中 \(<x\) 的数量,强制在线。 \(rnk\) 做法一 再差分简化一下 ......
区间 静态 小学 笔记

Zero-One (Hard Version) (删除多余信息,区间dp)

题目补充: 使得 a=b, 思路: 在 y<=x 好处理 在 y>x 时 利用区间dp处理 a==b 0, a!=b 1, 1要变 先预处理 把 0的 位置删了 删除多余信息 方便后面处理 然后 对于 取2个点 为 y ,另外一种操作就是 选2个连续的点直接 (他们位置差)*x 以此区间dp即可 或 ......
区间 Zero-One Version 信息 Zero

易基因:基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子|Science子刊

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑,在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后,相同潜能的上皮祖细胞(equipotent epithelial progenitors)产生功能明确的成体干细胞(adult stem cells,A ......
基因 表观 基因组 上皮 因子

如何处理一类多区间问题

形如 \(\sum_{i=l}^r M(L+i,R+i,x)\) 一类问题 不难发现这个东西实际上就是一堆等差数列,考虑这样高维差分 我们在 \(i\) 处放一个 1 ,就相当于在这里生成了一个公差为 1 等差数列,先在 \(L+l\) 处 生成一个数列 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ......
区间 问题

Letter Picking (CF D) (区间DP, 暴力)(0,1,2 Alice 平 bob ,尽可能小,尽可能大)

思路 : 区间dp(区间DP的时间复杂度 不一定是 n^3 ,可能是 n^2 更具题意) 直接题 直接 区间dp, 0 Alice 赢 1 平局 2 Bob 赢 (于是 alice 尽可能小, bob 尽可能大) alice 选 l , bob 可以选 l+1, 或者 r alice 选 r , b ......
尽可能 区间 暴力 Picking Letter

合并区间(区间排序,vector的动态扩容的应用)

以数组 intervals 表示若干个区间的集合,其中单个区间为 intervals[i] = [starti, endi] 。请你合并所有重叠的区间,并返回一个不重叠的区间数组,该数组需恰好覆盖输入中的所有区间。 示例 1: 输入:intervals = [[1,3],[2,6],[8,10],[ ......
区间 动态 vector

EI 的区间加正数区间最大子段和的 polylog 做法(KTT)

非常有道理。orz EI。 首先单点修改区间最大子段和是 GSS 的经典问题。我们维护出区间和 \(sm\)、最大前缀和 \(lmx\)、最大后缀和 \(rmx\)、最大子段和 \(mx\),发现这是一种半群信息,直接线段树维护就可以了。 那么对于区间加正数问题,我们依然考虑线段树。线段树想要 pu ......
区间 正数 做法 polylog KTT

csps区间dp

加分二叉树 我们可以枚举中间这个 k 的位置,然后分别递归计算左右子树,这就让我们想到这是一个和区间有关的,我们可以用区间dp来解决。 \(f[i][j]\) 表示 i, j 这个区间的最大分值。用一个很板子的区间dp就可以解决了。 至于求前序遍历,我们也只需要通过递归然后枚举中间的根,第一个满足最 ......
区间 csps

基础算法:区间合并

1、区间合并 以AcWing.803为例,题目要求如下: 给定n个区间 [li,ri],要求合并所有有交集的区间。 注意如果在端点处相交,也算有交集。 输出合并完成后的区间个数。 例如:[1,3] 和 [2,6]可以合并为一个区间 [1,6]。 输入格式第一行包含整数 n。 接下来 n 行,每行包含 ......
区间 算法 基础

区间问题

区间问题 1. 缩 LeetCode:452. 用最少数量的箭引爆气球 class Solution { public int findMinArrowShots(int[][] points) { int res = 0; List<Point> list = new ArrayList<>(); ......
区间 问题

前端解析开闭区间类型的数据

该类可以解析开闭区间的数据,如图所示: /** * 解析某个数据 比如 suitTmp: '(0, 30]' */ export class IndexAnalyse { /** * 阈值(保留最新的括号字符串) */ thresholdValue: string; /** * 左数字 */ pri ......
区间 前端 类型 数据

8. 参考基因组

1. 背景引入 本小节开始讲述转录组测序的准备工作.因为做的是有参的基因组分析,所以首先是准备参考基因组、测序数据.当数据准备完成后,接下来是比对参考基因组,表达定量,合并成表达矩阵,差异表达分析. 上面是转录组分析的大致步骤,这节我们介绍的是参考基因组. 2. 准备参考基因组 2.1 下载参考基因 ......
基因组 基因

生信教程:使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

动动发财的小手,点个赞吧! 简介 ABBA BABA 统计(也称为“D 统计”)为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此,它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据(例如来自全基因组测序或 RADseq)来测试基因渗入。 在本次实践中,我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写的代码来 ......
基因组 基因 ABBA-BABA 数据 ABBA

51nod1434 区间LCM

原题 一道思维题 首先容易发现 \(m=2n\) 时满足条件,但题目让找一个最小的,因此我们考虑去除 \(n\) 中没用的一些状态 具体的,如果 \(n\) 是由两个以上的质因数构成的,那这些质因数显然可以在前 \(n-1\) 个数中找到,因此 \(n\) 就可以退役了可以删掉了 最终复杂度 \(O ......
区间 1434 nod LCM 51

易基因:ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制|Plant Com

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生,包括反常的高温(high temperature,HT),HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响,如平均生长温度每升高1°C,水稻产量就会下降10%,这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
雄性 棉花 基因 蛋白 高温

动态规划——区间DP 学习笔记

动态规划——区间DP 学习笔记 不含四边形不等式优化。 定义 线性动态规划的局限性在于,它只能顺推或倒退,而不能有子区间依赖的问题。 区间动态规划是线性动态规划的扩展,它将问题划分为若干个子区间,并通过定义状态和状态转移方程来求解每个子区间的最优解,最终得到整个区间的最优解。 区间动态规划常用于解决 ......
区间 笔记 动态

6. 简单基因家族分析

2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响. 下图是我们要得出的结论,我们发现FAD4在拟南芥中有3个拷贝 ......
基因 家族

Kafka 是如何管理消费位点的

Apache Kafka https://kafka.apache.org/34/documentation.html#impl_offsettracking Consumer Offset Tracking Kafka consumer tracks the maximum offset it h ......
位点 Kafka

落基山脉(区间dp)

题意 题目链接:https://www.luogu.com.cn/problem/P9325 给一段山脉的高度,然后从中截取一段长度为 i 的区间,求最小不对称值。不对称值就是这段区间里,最左边的高度与最右边的高度的差值加上倒数第二和第二,……。然后输出区间长度从 1 到 n 的最小不对称值。 思路 ......
区间

Kafka 是如何管理消费位点的

Kafka 是如何管理消费位点的? https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI0NTIxNzE1Ng==&mid=2651220012&idx=2&sn=1d5623daaf327f0688995565901bd63d&chksm=f2a32ac7c5d4a3d1ffe ......
位点 Kafka

区间

# [P1712 [NOI2016] 区间](https://www.luogu.com.cn/problem/P1712) 我们考虑将区间先按照长度排序,然后进行离散化。 我们维护双指针,并发现只要双指针所指的区间 $[L,R]$ 内某个位置的出现次数不少于了 $m$,那么我们可以选择这段区间内任 ......
区间