位点 区间 基因snp
得到差异表达基因后怎么做
不管芯片数据还是测序数据，得到的差异表达基因DEGs都是独立的基因，如果直接对这些基因分析叫单基因分析，这种分析会有很多弊端，比如： 因为噪音的存在，结果本身就是不可靠的 因为对DEGs个人取舍条件的不同，也会造成结果不可靠 工作量增大 只关注单个基因而忽视基因之间的相互作用，这就很难揭示具体生物学 ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
P8111 [Cnoi2021] 区间
[Cnoi2021] 区间 题目背景 Cirno 有一个区间 \([a,b](1\le a \le b \le n)\)，而你的任务是在规定的次数内帮 Rumia 猜出这个区间。 每次，你可向Cirno询问一个数字 \(k\)，而 Cirno 会告诉你这个数字与区间 \([a,b]\) 的关系。 题 ......
Luogu P6292 区间本质不同子串个数
给定字符串 \(S\)，\(m\) 次询问 \(S_{l_i}S_{l_i + 1} \cdots S_{r_i}\) 中本质不同的字符串个数。 \(|S| \le 10 ^ 5, m \le 2 \times 10 ^ 5\)。 考虑将询问离线，右端点扫描线，维护 \(f_l\) 为 \(S_l ......
区间合并算法总结
区间合并使用贪心算法，对于区间问题，通常需要对左端点排序、右端点排序或者左端点和右端点双关键字排序。区间合并算法的算法步骤： 1. 按照区间左端点排序。 2. 扫描过程中，每次维护一个当前的区间。 题目链接： https://www.acwing.com/problem/content/805/ 代 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
apache时间区间工具类DurationFormatUtils
<dependency> <groupId>org.apache.commons</groupId> <artifactId>commons-lang3</artifactId> <version>3.10</version> </dependency> 计算两个日期相差天数/月数/年数 Date ......
16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上
#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。 #2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Pt ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......
E. Permutation Sorting 树状数组实现离线区间数点
题目链接🔗 题意解读：给定一串数组a，每次操作将所有的 a[i] != i 的数循环右移一位，直到所有的数都在自己的位置上。求对于1到n之间的每个i，需要移动多少次。 首先，先考虑移动次数的问题： 为了简化循环问题，考虑将数组长度手动扩充至 2 * n，对于所有的位置 i 上的一个 a[i] ，分 ......
带修区间mex
1 x y 把x改成y.2 x y 询问区间[x,y]的mex. part0 polylog做法 考虑整体二分,那就转换成了. 保留权值[vl,vr)的数,带修区间数颜色数(是否全部出现过 <=> 颜色数=vr-vl). 这个问题可以直接cdq. 复杂度O(n log^3 n). part1 考虑分 ......
linux shell实现计算SNP在指定群体的ROH片段中出现的频率
001、ROH 检测 [s20213040583@admin1 test]$ ls ## 测试文件 outcome.map outcome.ped ## plink软件检测 [s20213040583@admin1 test]$ plink --file outcome --homozyg --ho ......
算法学习笔记(43): 可持久化线段树 - 区间加！
可持久化线段树 也叫做主席树，单点修改时简单，使用空间 \(O(\log n)\)，问题在于如何区间加。 区间覆盖可以做，但是似乎只能单点查？ 所以我们需要引入标记永久化的概念。 一个标记在没有下放前会放在 \(O(\log n)\) 个点上，这覆盖了整个操作区间。 一般来说我们会 update 更 ......
4-基因家族的系统进化树-基于Windows系统上的iqtree
如何构建系统进化树，使用的软件是iqtree，这是一个基于最大似然法估算的建树软件，可以在Windows系统上运行。 ......
3-基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER
下面讲如何在windows系统上用HMMER做基因家族的鉴定： 1， 下载 我们电脑首先要有个迅雷，然后复制这个链接，用迅雷打开(http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip)，下载到本地，解压。 2， 案例分析 HMME ......
2-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定： 1，下载 在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download” 点击进入ftp ......
区间DP
区间DP 区间DP 题目描述 设有\(N\)堆石子排成一排，其编号为\(1,2,3,…,N\)。 每堆石子有一定的质量，可以用一个整数来描述，现在要将这\(N\)堆石子合并成为一堆。 每次只能合并相邻的两堆，合并的代价为这两堆石子的质量之和，合并后与这两堆石子相邻的石子将和新堆相邻，合并时由于选择的 ......
区间合并
一、题目来源 AcWing算法基础课-803.区间合并 二、题目描述 给定 \(n\) 个区间 \([l_i,r_i]\)，要求合并所有有交集的区间。 注意如果在端点处相交，也算有交集。 输出合并完成后的区间个数。 例如：\([1,3]\) 和 \([2,6]\) 可以合并为一个区间 \([1,6] ......
2维区间树状数组
```cpp void add(ll x, ll y, ll z){ for(int X = x; X <= n; X += X & -X) for(int Y = y; Y <= m; Y += Y & -Y){ t1[X][Y] += z; t2[X][Y] += z * x; t3[X][Y] ......
2、尺规和定位点
一、尺规的作用及用法 1、标尺这个最主要的功能是针对段落来进行缩排的设定，如果在操作界面中未找到，可以按照下图进行 标尺选择后，在页面上方显示三个标尺：分别是首行缩进、左缩进、左对齐制表符、右缩进；如果想要对下面的文章进行边距的调整，可以把鼠标放到要缩进的段落前面，然后调整左右缩进的距离就可以实现 ......
易基因：oxBS揭示口腔鳞癌的启动子区甲基化和羟甲基化变化及基因差异表达｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxym ......
区间dp
1.acwing 282石子合并问题 1 #include<bits/stdc++.h> 2 using namespace std; 3 4 int n; 5 const int N = 310; 6 int s[N]; 7 int f[N][N]; 8 9 int main () 10 { 11 ......
【区间 dp】UVA1331 最大面积最小的三角剖分 Minimax Triangulation 题解
UVA1331 区间 dp。 有一个很经典的问题：给定一个凸多边形，求它的最优三角剖分，对每个三角形规定一个权函数 \(f(i,j,k)\)，求所有剖分方案中最大的权值。 发现这个东西不好直接入手。但是这个东西与矩阵最优链乘是相似的。考虑区间 dp。因为随意的转移是难以维护的，维护区间信息就等于强制 ......
关于区间连续段问题 （析合树）
有部分题目需要处理关于区间连续段的问题（一般来说，对于一个排列，如果一个区间的值连读，就为一个连续段。）区间连续段看似不太好维护，其实有一种处理它的利器：析合树。（也可能只是析合树的思想），就能方便的维护这一个东西。 析合树 其实这个名字不重要 ......
用矩阵乘法推导区间覆盖区间历史和
区间加区间历史和，在网上的博客已经烂大街了。但还没有区间覆盖区间历史和。 众所周知，我们一般把线段树上维护的分类为信息与懒标记。用矩阵乘法的角度来看就是 I 和 T 两个矩阵。 线段树上，我们要处理信息与信息合并，信息与懒标记合并，懒标记与懒标记合并。 信息与信息合并就是矩阵相加。其他两个是乘。 于 ......
区间树上查找所有与给定区间相交的区间-算法复杂度正确性证明
区间树是在平衡树上维护的数据结构，按照左端点大小排序。详见《算法导论》。 算法设计思路 红黑树的拓展 在红黑树上维护结点属性\(min, max\)： \(min\)表示该结点及其所有后代结点中的区间低端的最小值。 \(max\)表示该结点及其所有后代结点中的区间高端的最大值。 在插入时，对结点路上 ......
易基因：oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近日，徐州市中心医院（徐州医科大学徐州临床学院）史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
蓝桥杯管道 -- 二分, 区间覆盖
蓝桥杯管道 -- 二分, 区间覆盖 原题链接 参照执梗大佬的代码, 我太菜了wuwuwu...... import java.util.ArrayList; import java.util.Collections; import java.util.List; import java.util.S ......