位点 区间 基因snp
线段树与历史最值和区间最值问题
线段树与历史最值问题 P4314 CPU 监控 Description 给定数组 \(\{a_i\}\)，维护以下操作。定义一个辅助数组 \(\{b_i\}\)，每次操作完后令 \(b_i=\max(a_i,b_i)\)。 查询 \(\max_{i=l}^{r} a_i\)（区间最值） 查询 \(\ ......
区间区间并
区间区间并 对于区间区间并这类问题，可以枚举某个段看是否被统计 但存在类问题不好统计 我们考虑转化为求和形式： 即** 在范围内包含这个段的区间个数-相邻两个都在范围内且包含这个区间的个数** ，这样可以用类似扫描线、差分的方式来统计 几道类似题： 差分+双指针维护 扫描线+树状数组 ......
闭区间上连续函数的基本定理
  表示若干个区间的集合，其中单个区间为 \(intervals[i] = [starti, endi]\) 。请你合并所有重叠的区间，并返回 一个不重叠的区间数组，该数组需恰好覆盖输入中的所有区间 。 示例 1： 输入：intervals = [[1, ......
区间素数筛模板
例题素数密度 template<typename T> struct segment_sieve { vector<bool> is_prime, is_prime_small; vector<T> prime; segment_sieve() { is_prime.resize(1000010); ......
基因组序列比对（read alignment）
基因组序列比对（read alignment）技术，是将测序得到的read与已有的参考基因组进行比对，找到read与参考基因组匹配的对应位置，继而得到序列比对的详细结果。 由于参考基因组碱基数极多，测序得到的read数据量极大，且测序的DNA序列中存在各种碱基变异和测序错误，因此不能直接将read与 ......
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics用单细胞基因组学推断发育轨迹和因果规则
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics Development is commonly regarded as a hierarchical branching pro ......
宏基因组测序相比于16S等测序技术的优势
宏基因组测序相比于16S rRNA基因测序技术有几个主要的优势： 全面性：宏基因组测序提供了对整个微生物群落基因组的综合视角，而不仅限于16S rRNA基因。这意味着它能够捕捉到更广泛的微生物多样性，包括细菌、古菌、真菌以及病毒。 功能信息：宏基因组测序不仅能够鉴定微生物群落中的物种，还能提供关于它 ......
基因组变异分析
基因组变异分析 基因组变异是指与参考序列相比,基因组中发生的单碱基变异、DNA序列片段插入、缺失、扩增和复杂结构变异等。 目前基于测序方法进行单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）、短的插入缺失（Insertion-Deletion, InDel）等 ......
R语言 Lasso系数置信区间计算
真是神了奇了，还能被审稿人问到Lasso系数的置信区间的信息，还好有现成的工具可以计算 # load library library(selectiveInference) library(xlsx)library(glmnet) # load datasetwd("E:\\UAI_Program\ ......
易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述
动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
刷题 ST表、单调栈、线段树->区间最值
2023.12.13 cf1904D2 解题思路 首先，a[i]大于b[i]时肯定不行，等于就满足了，直接过掉 其次，要想使得a[i]等于b[i]，就要在a[i]左右找最近的j使得a[j]=b[i]（最近的最优，可证） k是i和j中间的一个数，想要满足题意，要满足以下两个条件(a[j]=b[i]) ......
D. 相似基因 - 2023HBUCM程序设计竞赛
题面 p哥作为一名湖中医信息工程学院的同学，不仅对信息有兴趣，同时对生物也很有兴趣。相信大家从初高中生生物基本知识都知道，DNA基因可以看作一个碱基对序列。它包含了 \(4\) 种核苷酸，简记作 \(A,C,G,T\)。现在假设想计算两个基因的相似程度，相似度的计算方法如下： 对于两个已知基因，例如 ......
ST表 RMQ（区间最大/最小值查询）问题
主要应用倍增思想预处理：O(nlogn) 查询：O(1)f[i][j]是以i为起点，长度为2j的区间中的最大值(一个点一个单位长度，不是一条线段)区间终点：i+2j-1<=n区间长度的指数k=log2(r-l+1)，只有当r-l+1为2n-1时是恰好分割，其他时候有重叠，但问题不大 代码 #incl ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A RNA甲基化以ABA依赖性方式调控草莓果实成熟
DNA甲基化等表观遗传标记在调控不同成熟阶段果实成熟中起着关键作用。m6A甲基化已被证明可以调控番茄成熟，但目前尚不清楚 mRNA m6A甲基化是否对不同类型水果的成熟调控具有功能保守性。 2021年6月，中国科学院植物研究所秦国政研究组在《Genome Biology》杂志发表题为“N6-meth ......
【线段树入门】P3353 在你窗外闪耀的星星（区间求和）
这题正解是前缀和，我用线段树练练手>< 1 1 //笔记-自用 2 2 //#pragma GCC optimize("Ofast") 3 3 //#pragma GCC optimize("unroll-loops") 4 4 #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 5 5 ......
【线段树入门】 P1198 最大数(区间最大值+无懒标记+末尾插入)
1 //笔记-自用 2 //#pragma GCC optimize("Ofast") 3 //#pragma GCC optimize("unroll-loops") 4 #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 5 #define All(a) a.begin(),a.en ......
线段树入门】P3870 开关(区间异或和)
1 // 2 //#pragma GCC optimize("Ofast") 3 //#pragma GCC optimize("unroll-loops") 4 #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS 5 #define All(a) a.begin(),a.end() 6 ......
【线段树入门】P3373 线段树 2(区间乘加)
//笔记-自用 //#pragma GCC optimize("Ofast") //#pragma GCC optimize("unroll-loops") #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS #define All(a) a.begin(),a.end() #defin ......
排序合并区间
题目 合并区间 以数组 intervals 表示若干个区间的集合，其中单个区间为 intervals[i] = [starti, endi] 。请你合并所有重叠的区间，并返回 一个不重叠的区间数组，该数组需恰好覆盖输入中的所有区间 。 示例 1： 输入：intervals = [[1,3],[2,6 ......
第 375 场周赛(滑动窗口，区间合并)
使用差分的思想进行解决 class Solution: def countTestedDevices(self, batteryPercentages: List[int]) -> int: diff = 0 for x in batteryPercentages: if x > diff: dif ......
生信大神李恒综述：T2T时代的基因组组装
目录影响组装的基因组特性长读长和长范围（long-range）测序技术近T2T基因组组装核心组装算法评估序列组装李恒的观点 生信领域大神李恒今年发在预印本上的一篇综述：Genome assembly in the telomere-to-telomere era，小编总结下要点。 影响组装的基因组特 ......
美国乔治亚大学李增禄教授最新报告《基因组预测加速遗传增益》
目录 这是美国乔治亚大学（University of Georgia）李增禄教授在山东农业大学做的一场最新报告。李教授主要从事大豆高产、优质、抗病虫育种，大豆遗传资源鉴定、利用及创新，目标性状基因定位，分子育种方法的开发和利用、基因组选择等研究工作。 关于李教授：https://cropsoil.u ......
又双叒叕一个大豆T2T基因组发表了
目录基本信息背景方法结果碎碎念 前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。 基本信息 标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种 ......
Mol Plant | 黄学辉等教授综述植物泛基因组及其应用
目录摘要泛基因组的重要性植物泛基因组的主要结构变异（SV）驱动力植物泛基因组的发展植物泛基因组应用育种 今日分享一篇去年底今年初发表的植物泛基因组综述，作者史俊鹏、田志喜、赖锦盛、黄学辉，全员大佬。 该文详细介绍了植物泛基因组的概念、研究进展和应用。 摘要 植物基因组高度多样化，很大一部分序列在不同 ......
NAR | 华大和上海师范大学开发的基因组选择平台CropGS-Hub
目录主要内容小编碎碎念 几个月前就听说华大万物联合上海师范大学开发了基因组选择的工具CropGS，一直比较好奇。近日文章已经发表见刊，得以一窥究竟。 主要内容 以往的作物GWAS数据库集中在表型和基因型之间的关联，只有少数数据库充分利用表型和基因型资源来构建和托管农艺性状的基因组预测模型。如NHGR ......
线段树模板区间加（含懒标记）
const int N = 1e5 + 10; int n, m; int a[N]; struct Tree{ int l,r; ll sum,add; }tr[4*N]; void build(int u,int l,int r){ // l=tr[u].l;r=tr[u].r; //注释掉的部 ......
2023南海区区赛模拟（初中组）T3删除区间
第3题 删除区间 查看测评数据信息 开始给你N个元素的数组（下标从1开始），数组里的数是1,2,3,…,N，然后执行D次删除操作。每次删除操作给一个区间[lo, hi]，要求删除下标位置从lo到hi的数，数组里的数据个数会减少hi-lo+1个。 例如，N=8，第1次删除操作区间是[3 4]，结果为” ......
AcWing 802. 区间和
题面： 假定有一个无限长的数轴，数轴上每个坐标上的数都是 \(0\) 。 现在，我们首先进行 \(n\) 次操作，每次操作将某一位置 \(x\) 上的数加 \(c\) 。 接下来，进行 \(m\) 次询问，每个询问包含两个整数 \(l\) 和 \(r\) ，求出在区间 \([l,r]\) 之间的所有 ......