位点 区间 基因snp
易基因：综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日，南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......
P8317 [FOI2021] 幸运区间
P8317 [FOI2021] 幸运区间 题目传送门 分治 + dfs 首先可以发现 \(k\) 和 \(d\) 很小，所以是可以搜索的。 那么就考虑如何枚举区间，显然 \(n^2\) 枚举是会超时的，所以就考虑分治来求。 求的过程中就分成三种情况来处理：在左边一半，在右边一半，以及跨越中间点。显而 ......
易基因：MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开，复杂程度不断提高，并按固定轨迹随时间进行。然而，调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中，这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中，通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
Excel区间频率统计
有时候会使用Excel统计一下分段区间数据的频率，也就是数据在不同的区间的分布情况。下面案例就是使用Excel统计一下数据的区间分布情况。 使用frequency函数可以得到想要的结果。 公式=frequency(数据列，分界区间)，然后CTRL + SHIFT + ENTER 注意点：要全部选中要 ......
区间DP
一.定义 即对于一个区间进行的dp 二.经典转移方程 1.枚举断点型 f[l][r]=min(f[l][k-1],f[k][r]) (l+1<=k<=r) 2.左右端点型 f[l][r]=min(f[l][r-1],f[l+1][r]) 3.有一定条件型 f[l][r][k]=f[l][r-1][k ......
T2T组装时代的多基因组比对MGA
多基因组比对 （multiple genome alignment, MGA）首先要定义多序列比对 （multiple sequence alignment, MSA）。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法（对于 2 个序列，使用“成对”而非“多个”），其中一组核苷酸是同源的，如果它们 ......
哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？
目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日，哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean ......
植物基因组学和作物改良中的深度学习
目录深度学习：概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异：从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0：编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步，其特点是高通量技术的爆炸式增长，以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是，基因组学 ......
康奈尔大学生物信息中心主任关于基因组组装报告
Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任，长期以来从事生物信息学工作，在大数据的管理与分析上，特别是Genotype-By-Sequence (GBS)，RNA-seq，ChIP-seq，small RNA，基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science，Cell，Nat ......
基因注释软件SNAP的安装
001、下载软件包： 官网：http://korflab.ucdavis.edu/software.html 002、下载安装包、及安装 wget -c http://korflab.ucdavis.edu/Software/snap-2013-11-29.tar.gz tar -xzf snap- ......
区间 DP、环形 DP
区间 DP 区间 DP 是可以由小区间的结果往两边扩展一位得到大区间的结果，或者由两个小区间的结果可以拼出大区间的结果的一类 DP 问题 往往设 \(dp[i][j]\) 表示处理完 \([i,j]\) 区间得到的答案，按长度从小到大转移 因此一般是先写一层循环从小到大枚举长度 \(len\)，再写 ......
易基因：家禽中的DNA甲基化研究应用（繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等）
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂，用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日，华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
力扣2406. 将区间分为最少组数
给你一个二维整数数组 intervals ，其中 intervals[i] = [lefti, righti] 表示 闭 区间 [lefti, righti] 。 你需要将 intervals 划分为一个或者多个区间 组 ，每个区间 只 属于一个组，且同一个组中任意两个区间 不相交 。 请你返回 最 ......
理解线段树和主席树：解决区间操作的利器
在计算机科学和算法领域，区间操作问题是一类常见且重要的问题，它们涉及到在一维数据结构中执行查询和更新操作。线段树和主席树是两种用于解决这类问题的强大数据结构。本文将介绍这两种树状数据结构，以及它们在不同应用领域中的使用。 什么是线段树？ 线段树是一种用于处理区间操作问题的数据结构，它的核心思想是将一 ......
基因表达谱数据分析简介
基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术，它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。什么是基因表达谱数据分析？基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术，它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况，从而更好地理解基因如何影响生物体的 ......
洛谷P3046 海底高铁 巧用差分统计经过区间次数
洛谷P3046 海底高铁 -差分统计经过区间次数 题目贴在这里P3406 海底高铁 - 洛谷 | 计算机科学教育新生态 (luogu.com.cn) 分析 本题题干很长，但是题意理解很简单。就是给定n个节点，每次仅能在相邻的两个节点之间移动，且任意两个节点之间的高铁费用也不一样。 依据题意，假设从3 ......
js返回未来或过去7天等时间合集（任意日期区间合集）
/** * 时间前后向前推算时间集合 * @param {string:before|after} timebd：获取时间往后推，还是往前推， * @param {boole} haveCurrentDay：包不包含当天时间， * @param {number} Days：计算几天的时间， * @p ......
宏基因组：KenKra2 注释”真菌“（自整理，详细，全网唯一 ）
(Newbase) [wz@localhost ~]$ kraken2-build -h Usage: kraken2-build [task option] [options] Task options (exactly one must be selected): --download-taxo ......
区间合并
AcWing笔记 -- 区间合并 前言 给定多个区间，如[1, 8] , [7 , 12] , [15, 18], [18 , 25]。可以看出，这些区间之间是有交集的，比如[1,8]和[7,12]以及[15,18]，[18,25]。这两对区间可以合并，变为[1, 12]以及[15 , 25]。区间 ......
[NOI2016] 区间
[NOI2016] 区间 题目描述 在数轴上有 $n$ 个闭区间从 $1$ 至 $n$ 编号，第 $i$ 个闭区间为 $[l_i,r_i]$。 现在要从中选出 $m$ 个区间，使得这 $m$ 个区间共同包含至少一个位置。换句话说，就是使得存在一个 $x$ ，使得对于每一个被选中的区间 $[l_i,r ......
比较典的区间dp
P1220 关路灯 很典的一道题，但是以前居然不知道。 数据范围很小，可以直接搜索通过，加一些奇奇怪怪的贪心策略和剪枝即可和正解差不多速度通过。 \(Code_violent\) ll ans=9e18; int n,st,loc[51],p[51]; void dfs(int x,ll t,ll ......
区间分组贪心
是我见识少了，真没见过这种的…… 传送门 如果看成有序排列的\((x,y)\)配对，那么可以写成\(r_x-l_y\)。（因为如果是负数，会在\(y,x\)的时候被枚举到，这样就不用考虑max和绝对值了）。 于是，就是分成恰好长度为\(\frac{n}{2}\)的两组，一组贡献为\(r_i\)，一组 ......
cf1834E. MEX of LCM（维护右端点计算区间lcm）
cf1834E 首先可以估计一下答案的量级，因为小于答案的质数都要必须要出现，5e6以内的质数大概就是3e5，所以答案不超过5e6。 我们维护以i右端点的lcm的值，这些值的数量不会太多，因为每次增长都至少×2，所以是log级别。 每次新加的时候记得更新和去重即可。 #include<cstdio> ......
区间DP入门
石子合并 别人讲过太多了，蒟蒻就不说了。 Polygon 这题跟石子合并类似，只是多输出了个先清除哪条边可以使得值最大。 因为我们不确定先删那一条，我们就再复制一遍添到输入的结尾，就变成了 $2 \times N - 1$。 我们思考最大值是由哪些贡献的。 最大值与最大值运算。 最小值乘上最小值（因 ......
字节笔试题-区间异或
题目 给两个长度为n的数组a，b，请你计算出有多少个区间[l, r]，满足 \(a_{l}\oplus a_{l+1}\oplus a_{l+2}\oplus \ldots \oplus a_{r} = b_{l}\oplus b_{l+2}\oplus b_{l+2}\oplus \ldots \ ......
植物基因组学和作物改良中的深度学习
目录深度学习：概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异：从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0：编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步，其特点是高通量技术的爆炸式增长，以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是，基因组学 ......
植物图形泛基因组Graph-based pan-genome
目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组（图泛）以节点和路径的 ......