基因组 农科院 基因 玉米
NAC-EXPANSIN模块通过控制珠心消除来提高玉米籽粒大小
玉米早期胚乳发育与母源的胚核组织消除协调进行。然而，底层机制在很大程度上是未知的。在这里，我们表征了一个主要的玉米籽粒大小和重量的数量性状位点，编码了一个EXPANSIN基因，ZmEXPB15。编码的β-扩展蛋白特异地在胚核中表达，并通过促进胚核的消除来积极控制籽粒的大小和重量。我们进一步展示了两个 ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
玉米籽粒性状：HKW，KL，KT，KTW，KW
HKW - 百粒重（Hundred Kernel Weight）：这是指每百粒玉米籽粒的重量，通常以克（g）为单位。百粒重是一个衡量玉米籽粒大小和重量的指标，对于品种选择和产量评估非常重要。 KL - 长度（Kernel Length）：KL通常指玉米籽粒的长度，通常以毫米（mm）为单位。籽粒长度也 ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
泛基因组助力作物育种改良
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 ......
wright-fisher模型下遗传漂变基因固定的证明
# background 最近我导兴致大起准备进行组间交流开展群体遗传学的读书交流会，为了贪图内容的简易我先选了遗传漂变的部分 但并不是说要水过，多少要有点b格。 在遗传漂变的部分里有一个重要的模型Wright-Fisher 模型，很多群体遗传学教科书都会提到这个模型，但是关于该模型中的一个细节 假 ......
玉米表型数据，KL,ERN,KT,CC,MRDV,SCMV分别代表什么
KL：Kernel Length（粒子长度） - 这通常指的是玉米粒的长度，是玉米品质和产量方面的重要性状之一。 ERN：Ear Number（穗数） - 这可能表示每株玉米植株上的穗数，也是产量和生长特性的一项重要指标。 KT：Kernel Thickness（粒子厚度） - 这可能指的是玉米粒的 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
基因芯片数据分析一般可以执行哪些程序
基因芯片数据分析通常包括以下程序： 1. 数据预处理：对原始芯片数据进行质控、去噪和归一化处理，确保数据的准确性和可比性。 2. 差异表达分析：通过比较不同条件下的基因表达水平，找出在不同条件下显著差异表达的基因。 3. 功能富集分析：将差异表达的基因进行功能注释和分类，然后使用统计方法判断哪些功能 ......
参考基因组准备
> 参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
salmon快速基因和转录本定量 | isoform
参考前篇：可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 ......
探索基因与精神分裂症的关联：一段个人科研之旅
## 引言 当我第一次听说弗里德曼博士通过研究发现了与精神分裂症有关的CHRAN7基因，我被深深吸引了。作为一名致力于遗传学和精神病学研究的科学家，我知道这是一个巨大的突破。但是，这个发现背后的科学是如何运作的呢？我决定深入了解其中的细节，并与大家分享我的发现。 ## 高通量测序 vs. 全基因组测 ......
易基因：De novo组装和转录组表征：东方田鼠原发性卵巢癌机制新见解｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2022年，中南大学湘雅医学院周智君教授团队在Mol Med Rep发表了题为" De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the ......
车间设备互联，实现设备状态的可视化，就是打造工厂的数字化基因，是企业实现数字化、智能化转型升级的基础
车间设备互联，实现设备状态的可视化，就是打造工厂的数字化基因，是企业实现数字化、智能化转型升级的基础 ......
CHR24基因相关研究进展
目前做的基因 protein chromatin remodeling 24 蛋白质染色体重塑 拟南芥编号 AT5G63950 CHR24基因是什么？ Chr 是什么？ 误区①chromosome 染色体 chr 染色体简称 ②（医学）R24抗体 结合后形成ch-R24 CHR chromatin ......
销售基因链 题解
[销售基因链](https://www.luogu.com.cn/problem/P9196) ### 题目大意 给定 $n$ 个字符串，长度总和为 $m$，进行 $q$ 次询问，每次询问给定两个字符串 $p,s$，问所有的字符串中以 $p$ 为前缀且以 $s$ 为后缀的有多少个。 ### 思路分析 ......
易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 丹参（Salvia miltiorrhiza，S. miltiorrhiza）是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物，丹参的根会合成一组称为丹参酮（tanshinone）的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
宏基因组共现网络分析
引言 宏基因组学是研究环境中各种微生物群体（包括细菌、真菌等）的所有基因的集合，它已成为植物学领域中的重要工具。宏基因组数据的分析对于理解微生物的功能和相互作用至关重要。Co-occurrence Network是一种用于组织和分析孤立数据的方法。它可以将多个基因或序列组织成一个网络，其中节点代表基 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病 ......
基于机器学习的基因组预测
[toc] ## 机器学习与GP 与动物育种相比，植物的基因组选择必须通过环境相互作用来考虑更大的基因型，并且需要添加适当的多环境试验数据。 机器学习 （ML） 和深度学习 （DL） 算法比线性预测模型更复杂，可以发现数据集中的非线性关系。与以前的方法相比，随机森林、支持向量机和人工神经网络由于其非 ......
单一个体参考基因组的局限性
001、 在种质资源的群体变异与性状挖掘研究中, 通常需要借助1个参考基因组, 通过将重测序数据比对到参考基因上来鉴定个体间的遗传变异(Huang et al.,2012)。这种变异鉴定的方法受制于参考基因组序列及其与检测个体间的相似性, 参考基因组缺失的基因组信息以及与比对个体差异较大区域的信息将 ......
基因组组装质量的评价
001、 。 reference 祝光涛,黄三文.360度群体遗传变异扫描——大豆泛基因组研究[J].[2023-08-16].DOI:10.11983/CBB20096. ......
易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
基因组组装技术的发展
001、 注： 01、Pacific Bio-sciences (PacBio)和Oxford Nanopore)：长 片 段 单 分 子 测 序 技 术 02、BioNano genome mapping：辅助组装技术 03、High-throughput chromosome conformat ......
数字基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling，DGE）
数字基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling，DGE） 利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。 数字基因表达谱已被广泛应用于基础科学研究、医学研究和药物研发等领域。 楼主应该是想说RN ......
华为开发者大会2023：云空间筑牢鸿蒙生态“云基因”
8月4日，华为开发者大会2023在东莞·松山湖举办，众多开发者及合作伙伴共赴盛会，见证鸿蒙生态的最新进展。在本届大会的HarmonyOS应用开发（端云能力）分论坛上，华为Drive Kit生态架构技术总监官宣云空间服务升级，赋能开发者高效开发，为鸿蒙生态应用注入“云基因”。 ![](https:// ......
线性泛基因组和图形泛基因组
001、线性泛基因组 仅仅包含序列信息。 迭代组装、map-to-pan、个体de novo组装的泛基因组均是线性泛基因组。 002、图形泛基因组 图结构泛基因组是一个二维序列图谱，它以参考基因组为框架，以单个碱基作为图的节点，碱基间的前后关系作为图的边，存在序列差异的地方会自然形成不同的分支，呈现 ......