基因组 基因 科学家 观点
Streamlit：快速构建可视化网页（数据科学必备）
很多算法工程师在完成数据分析、模型训练或者项目总结的时候，往往只能通过ppt汇报，添加数据图表、截图模型实验结果等。如果想提供一个前端演示demo，通常可以搭建flask服务，但是flask需要学习很多前端知识，如css、html等，这又是一个深之又深的坑。那有没有什么工具能够跳过这些模块，直接提供 ......
8. 参考基因组
1. 背景引入 本小节开始讲述转录组测序的准备工作.因为做的是有参的基因组分析,所以首先是准备参考基因组、测序数据.当数据准备完成后,接下来是比对参考基因组,表达定量,合并成表达矩阵,差异表达分析. 上面是转录组分析的大致步骤,这节我们介绍的是参考基因组. 2. 准备参考基因组 2.1 下载参考基因 ......
数据科学和计算密集型任务中的关键主题
以下是数据科学和计算密集型任务中的关键主题： 1. 数据清洗和预处理：数据科学中的第一步通常是清洗和预处理数据，包括处理缺失值、异常值、重复值和噪声等。 2. 特征工程：特征工程是从原始数据中提取有用的特征，以供机器学习模型使用。这包括特征选择、特征变换和特征生成等技术。 3. 数据可视化：数据可视 ......
生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
动动发财的小手，点个赞吧！ 简介 ABBA BABA 统计（也称为“D 统计”）为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据（例如来自全基因组测序或 RADseq）来测试基因渗入。 在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写的代码来 ......
CS101-计算机科学基础名词解释
Turing machine：图灵机 理论上可以计算任何东西 CPU(Center Process Unit)：中央处理器 是现代电脑的“大脑”，其中包含数十亿细小开关的硅片，即晶体管 Transistors：晶体管 每个开关代表一个“位” Bit：位 是电脑能够识别的最小信息 Byte：字节 每 ......
易基因：ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制｜Plant Com
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
NumPy：Python科学计算基础包
NumPy 是 Python 科学计算的基础包，几乎所有用 Python 工作的科学家都利用了的强大功能。此外，它也广泛应用在开源的项目中，如：Pandas、Seaborn、Matplotlib、scikit-learn等。 Numpy全称Numerical Python。它提供了2种基本的对象：n ......
创新数据科学探索：DataSpell 2023，专业数据科学家的首选IDE
在日新月异的数据科学领域，为专业数据科学家提供先进、便捷的工具有着至关重要的意义。2023年，一个备受瞩目的集成开发环境（IDE）——DataSpell，正以其独特的功能与优势，重新定义数据科学家的“瑞士军刀”。 →→↓↓载DataSpell 2023 mac/win版 一、DataSpell的主要 ......
6. 简单基因家族分析
2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响. 下图是我们要得出的结论,我们发现FAD4在拟南芥中有3个拷贝 ......
计算机科学概论预习
《计算机科学概论》《计算机科学概论》泛读阅读心得第1章对计算机系统有了一个整体的了解，知道了它的构成、分层以及发展历史，并对抽象和信息隐藏的含义有了初步认识，为之后对计算机领域的深入学习打下了基础。很想了解计算机系统是如何通过将不同元素组织在一起，实现远大于各部件功能总和的整体功能。第2章了解了什么 ......
【英语作文】观点类作文写法（2019上海春考·共享衣物）
题目 假如你是明后中学的李华，你的朋友李楠给你写了一封信，告诉你他要开发一个新的 APP，用这个软件共享衣服，想要征集大家的看法： 你是否愿意共享你的衣服 给出理由。 brain storm（立场选择） 支持的理由：在追逐潮流的当下减少浪费、节约资源保护环境、鼓舞有环保意识的人积极投身实践、帮助他人 ......
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
科学家首次为地球“全面体检”；国产光刻机或系误传；推特或将按月收费丨RTE开发者日报 Vol.52
开发者朋友们大家好： 这里是「RTE 开发者日报」，每天和大家一起看新闻、聊八卦。我们的社区编辑团队会整理分享 RTE （Real Time Engagement） 领域内「有话题的新闻」、「有态度的观点」、「有意思的数据」、「有思考的文章」、「有看点的会议」，但内容仅代表编辑的个人观点，欢迎大家留 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
浅析运用科学方法合理评价学生学习成绩
运用科学方法对学生的学习成绩进行评价是教育领域的重要任务之一。通过科学的评价方法，可以客观地了解学生的学习水平、能力发展和知识掌握情况，为教学和学生发展提供有力支持。下面将详细介绍如何合理评价学生学习成绩，并列举一些常用的评价方法。 1. 清晰明确评价目标 在评价学生学习成绩之前，需要明确评价的目标 ......
基因、基因家族和通路之间的关系
基因、基因家族和通路之间的关系如下： 基因（Gene）： 基因是DNA上的一段编码信息，它指导生物体合成特定的蛋白质或RNA分子。基因是生物体遗传信息的基本单位，每个基因编码了一个或多个蛋白质或RNA的特定序列。基因具有多样性，因为同一基因可以在不同个体中存在不同的等位基因，导致生物体的遗传多样性。 ......
（数据科学学习手札154）geopandas 0.14版本新特性一览
本文示例代码已上传至我的Github仓库https://github.com/CNFeffery/DataScienceStudyNotes 1 简介 大家好我是费老师，就在前两天，Python生态中的GIS运算神器geopandas发布了其0.14.0新版本，在这次新版本更新中，不仅是新增了许多矢 ......
基因挖掘之BSA (Bulk segregation analysis)
目录BSA的发展BSA分析框架BSA流程及影响因素BSA的群体BSA的算法BSA的软件BSA遗传群体、算法和软件的对应关系 BSA作为基因组学中基因挖掘的三板斧之一，最大优点是高效、经济、简便。通过选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，然后比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标 ......
学信息系统项目管理师第4版系列08_管理科学基础
1. 科学管理的实质 1.1. 反对凭经验、直觉、主观判断进行管理 1.2. 主张用最好的方法、最少的时间和支出，达到最高的工作效率和最大的效果 2. 资金的时间价值与等值计算 2.1. 资金的时间价值是指不同时间发生的等额资金在价值上的差别 2.2. 把资金存入银行，经过一段时间后也会产生增值，这 ......
软工作业1：自我介绍+软工5问我叫艾孜买提来自新疆的民族生，在读计算机学院计算机科学与技术专业21级1班。
| 这个作业属于哪个课程 | https://edu.cnblogs.com/campus/gdgy/CSGrade21-12/ | | | | | 这个作业要求在哪里| https://edu.cnblogs.com/campus/gdgy/CSGrade21-12/homework/13015 ......
Queue（队列）是一种在计算机科学中常见的数据结构
Queue（队列）是一种在计算机科学中常见的数据结构，它基于先进先出（FIFO）的原则，即最先进入队列的元素最先出队。在Java中，Queue是一个接口，定义了一组操作队列的方法，而具体的实现类可以选择性地实现这些方法。 以下是Queue的一些常见用途和操作： 添加元素： 使用offer()方法向队 ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
怎么更科学地进行学生成绩分析?附分析思路和方法
学生成绩分析,学生成绩评估,学生表现分析,成绩数据收集,数据清洗和整理,描述性统计分析,成绩分布图表,相关性分析,成绩趋势分析,群体比较分析,异常值检测与处理,成绩预测模型,成绩分析报告撰写 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
泛基因组助力作物育种改良
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 ......
Nougat：一种用于科学文档OCR的Transformer 模型
随着人工智能领域的不断进步，其子领域，包括自然语言处理，自然语言生成，计算机视觉等，由于其广泛的用例而迅速获得了大量的普及。光学字符识别(OCR)是计算机视觉中一个成熟且被广泛研究的领域。它有许多用途，如文档数字化、手写识别和场景文本识别。数学表达式的识别是OCR在学术研究中受到广泛关注的一个领域。 ......
wright-fisher模型下遗传漂变基因固定的证明
# background 最近我导兴致大起准备进行组间交流开展群体遗传学的读书交流会，为了贪图内容的简易我先选了遗传漂变的部分 但并不是说要水过，多少要有点b格。 在遗传漂变的部分里有一个重要的模型Wright-Fisher 模型，很多群体遗传学教科书都会提到这个模型，但是关于该模型中的一个细节 假 ......