基因组
基因组选择中的SVM
支持向量机（Support Vector Machines, SVM）是一种广泛应用于分类和回归问题的监督学习方法。在基因组选择（Genomic Selection, GS）的背景下，SVM主要用于二分类或回归问题，目的是预测个体的遗传潜力。 SVM的基本原理： SVM试图找到一个超平面，这个超平面 ......
全基因组选择中的p>n
当独立变量（或特征）的数量超过样本（或观察值）的数量时，会遇到所谓的“p > n”问题。在此，"p"指的是特征数量，而"n"指的是观察或样本数量。这里的特征可以是基因型数据中的单核苷酸多态性(SNPs)等。 以下是“p > n”问题的几个关键点： 过拟合: 当特征数量超过样本数量时，模型更容易过拟合 ......
深度学习模型在基因组选择中的预测能力（统计、总结）
Gianola et al. [61]: 应用：基因组选择。 比较：多层感知器（MLP）与贝叶斯线性回归（BRR）。 结果：在小麦数据集中，随着隐藏层神经元数量的增加，MLP的预测能力提高。MLP对BRR的性能提高了11.2%至18.6%。在Jersey数据集中，MLP也超越了BRR，特别是在脂肪产 ......
基因组数据的缺失数据的处理和标准化或归一化
基因组数据的预处理和整合至关重要，特别是当考虑到数据的不完整性、不规则性和大尺度。以下是一个全基因组选择中，如何处理基因组数据并将其输入神经网络的步骤： 1. 缺失数据处理 在基因分型过程中，可能会产生缺失数据。处理这些缺失数据的方法有很多，其中一些常见的方法是： 均值填充：使用该基因标记在所有样本 ......
在全基因组选择中，基因组数据是如何输入进神经网络中的
在全基因组选择（GS）中，通常使用基因分型数据，这些数据来源于一个组织或个体的DNA。这些数据通常是由高通量测序或基因分型技术得到的。为了将这些数据用作神经网络的输入，我们需要将它们转换为合适的格式。以下是这一过程的详细步骤： 基因分型数据: 通常，基因分型数据表示为二进制或三类变量。例如，对于一个 ......
基因组选择的贝叶斯方法
首先，理解以下基本概念： 先验分布 (Prior Distribution): 在没有观察到数据之前，我们对未知参数的信念或假设。例如，我们可能相信标记的效应大部分是接近0的。 数据 (Data): 这就是我们有的基因型和表型数据。 后验分布 (Posterior Distribution): 当我 ......
植物基因组组装综述
目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组装测序技术发展与组装质量 基因组特征评估Survey 基因组大小、杂合度和重复序列含量是决定测序成本、组装难度和最终组装效果的最重要的几个特征。 全部测序read 中K-mer（在测序rea ......
科迪华数据科学家对基因组信息应用于植物育种的观点与建议
本文内容整理自科迪华农业科学公司（Corteva Agriscience）的数量遗传学家Alencar Xavier博士几年前做的报告。Alencar Xavier在统计遗传学方面的工作是基因组辅助育种，重点是数据驱动的植物育种的理论和计算方面，例如使用各种信息来源进行建模、预测和选择。其研究涉及使 ......
基因组选择（GS）缩短育种周期
GS与传统表型选择（PS）的比较: Vivek等人进行的研究比较了玉米在干旱条件下的GS和PS。结果发现，使用PS时，每周期的收益是0.27 (t/ha)，而使用GS时增加到了0.50 (t/ha)。将这些值除以周期长度，干旱条件下的年遗传增益分别为0.067（PS）和0.124（GS）。 在最佳条 ......
易基因：基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子｜Science子刊
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑，在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后，相同潜能的上皮祖细胞（equipotent epithelial progenitors）产生功能明确的成体干细胞（adult stem cells，A ......
8. 参考基因组
1. 背景引入 本小节开始讲述转录组测序的准备工作.因为做的是有参的基因组分析,所以首先是准备参考基因组、测序数据.当数据准备完成后,接下来是比对参考基因组,表达定量,合并成表达矩阵,差异表达分析. 上面是转录组分析的大致步骤,这节我们介绍的是参考基因组. 2. 准备参考基因组 2.1 下载参考基因 ......
生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
动动发财的小手，点个赞吧！ 简介 ABBA BABA 统计（也称为“D 统计”）为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据（例如来自全基因组测序或 RADseq）来测试基因渗入。 在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写的代码来 ......
泛基因组助力作物育种改良
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 ......
参考基因组准备
> 参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d ......
宏基因组共现网络分析
引言 宏基因组学是研究环境中各种微生物群体（包括细菌、真菌等）的所有基因的集合，它已成为植物学领域中的重要工具。宏基因组数据的分析对于理解微生物的功能和相互作用至关重要。Co-occurrence Network是一种用于组织和分析孤立数据的方法。它可以将多个基因或序列组织成一个网络，其中节点代表基 ......
基于机器学习的基因组预测
[toc] ## 机器学习与GP 与动物育种相比，植物的基因组选择必须通过环境相互作用来考虑更大的基因型，并且需要添加适当的多环境试验数据。 机器学习 （ML） 和深度学习 （DL） 算法比线性预测模型更复杂，可以发现数据集中的非线性关系。与以前的方法相比，随机森林、支持向量机和人工神经网络由于其非 ......
单一个体参考基因组的局限性
001、 在种质资源的群体变异与性状挖掘研究中, 通常需要借助1个参考基因组, 通过将重测序数据比对到参考基因上来鉴定个体间的遗传变异(Huang et al.,2012)。这种变异鉴定的方法受制于参考基因组序列及其与检测个体间的相似性, 参考基因组缺失的基因组信息以及与比对个体差异较大区域的信息将 ......
基因组组装质量的评价
001、 。 reference 祝光涛,黄三文.360度群体遗传变异扫描——大豆泛基因组研究[J].[2023-08-16].DOI:10.11983/CBB20096. ......
易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
基因组组装技术的发展
001、 注： 01、Pacific Bio-sciences (PacBio)和Oxford Nanopore)：长 片 段 单 分 子 测 序 技 术 02、BioNano genome mapping：辅助组装技术 03、High-throughput chromosome conformat ......
线性泛基因组和图形泛基因组
001、线性泛基因组 仅仅包含序列信息。 迭代组装、map-to-pan、个体de novo组装的泛基因组均是线性泛基因组。 002、图形泛基因组 图结构泛基因组是一个二维序列图谱，它以参考基因组为框架，以单个碱基作为图的节点，碱基间的前后关系作为图的边，存在序列差异的地方会自然形成不同的分支，呈现 ......
泛基因组的概念
001、 Tettelin 等 在2005 首次在细菌的研究中提出泛 基因组(pan-genome)的概念，指整个物种基因组序列的非冗余集合，其中包括存在于该物种几乎所有个体中的核心基因组(core genome)和仅在部分个体中存在的可变基因组(accessory/variable/dispens ......
三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容
王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面，王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中，针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题，王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......
关于基因组选择（GS）中准确性（accuracy）和预测能力（prediction ability）的区别？
在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc ......
泛基因组组装方法分类
001、迭代组装； 个体测序数据和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列，组装为contig，和参考基因组合并构成泛基因组。（依赖参考基因组） 002、map-to-pan； 个体测序数据组装成contig，然后和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列， 和参考基因组合并构成泛基因组。（ ......
生成式对抗网络在宏基因组研究中的应用
生成式对抗网络（GAN）在宏基因组研究中也有一些应用，以下是一些具体的应用领域： 宏基因组数据生成：宏基因组研究中，往往需要大规模的微生物组成和功能数据。使用GAN可以生成逼真的宏基因组数据，包括微生物的相对丰度、基因功能注释等，从而扩充数据集的规模和多样性。 数据降噪与去偏：宏基因组数据中存在大量 ......
根据SRA号和参考基因组统计测序的X数
以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目 测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t ......
如何统计参考基因组的大小
以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 ......
植物全基因组选择（GS）研究进展
[toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。 ![Schematic-drawing-of-a-generalised-genomic-selection-strategy-showing-the-training.png](https://upload-ima ......