基因组
宏基因组技术及其在微生物学研究中的应用
《宏基因组技术及其在微生物学研究中的应用》 学 院： 食品与生物工程学院 小组成员：颜传永 22020080057 材料收集 尹立来 22020080059 材料收集 余文韬 22020080060 文本编写 鄢楚洋 22020080056 文本编写 二○二三年 六 月 宏基因组技术及其在微生物学研 ......
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学 摘要：土壤微生物主导着包括植物生长和碳等其他营养物质循环在内的各种重要过程。然而，大多数土壤微生物尚未被分离出来，它们的功能在很大程度上是未知的。虽然宏基因组测序揭示了微生物的物种信息和功能基因信息，但它包含了很多具有巨大不同生理状态下的微生物DNA。因此， ......
易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassica rapa（An）和Brassica oleracea（C ......
从宏基因组测序数据生成宏基因组组装基因组的计算工具
从宏基因组测序数据生成宏基因组组装基因组的计算工具 小组成员及分工 王嘉璐 22020080046：负责摘要、引言部分 王涵 22020080045：负责用于构建mag的上游分析工具部分 王婷 22020080047：负责总结，查找文献，博文整理汇总 1 摘要 微生物本质上与地球上的人类生活有着错综 ......
微生物测序：应用于人类肠道微生物组具有菌株分辨率的高通量单微生物基因组学
Microbe-seq: high-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.1 ......
基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析
基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析 吕利王晓利张文娟韩芝侠 宝鸡文理学院电子电气工程学院 摘要：目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷，并提出改进措施，以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法，包括基于“校正后组装”策略的FA ......
基于长读的基因组重复序列查找技术研究
基于长读的基因组重复序列查找技术研究 郭睿 深圳大学 摘要：基因组中出现两次或者两次以上基本相同的序列称为重复序列。重复序列信息可以用来可以分析物种的进化,减少基因比对歧义,降低序列拼接数据缺失。与标准重复序列库对比,基于短读序列数据的重复序列查找技术得到的结果并不完整,平均长度较短。长读数据平均长 ......
基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究
基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究 姜涛 哈尔滨工业大学 摘要：随着测序技术的不断成熟和广泛应用,以测序技术为驱动的基因组、转录组等多组学的研究得到了跨越式发展,推动了基因组科学、遗传学、临床医学等多学科的变革。基因组变异检测作为基因组研究中最为核心和关键的环节,对于基因组注释、与疾病和 ......
基于MECAT的长读长对相似基因组比对算法的研究与实现
基于MECAT的长读长对相似基因组比对算法的研究与实现 何欣雨 北京交通大学 摘要：基因测序的意义是使人类从根本上认知疾病发生的原因,做到正确的治疗疾病、尽早的预防疾病。例如肿瘤和红斑狼疮等疾病都是和基因变异有关,如果能过通过测序技术知道变异点,对精准治疗,攻克难题有重大意义。第三代测序技术是Pac ......
基于第三代测序技术的基因组SNP和Indel变异检测关键算法研究
基于第三代测序技术的基因组SNP和Indel变异检测关键算法研究 廖小青 哈尔滨工业大学 摘要：随着生活水平的提升,人们对于自身的好奇促使人们对基因进行研究。其中,变异是人类疾病的一个重要诱因,对变异进行研究可以推动基础生物学和医学的发展。相比于大区域基因组的结构变异,SNP和Indel变异这种小区 ......
易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 细菌编码许多转录因子（transcription factor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始。目前对TF功能的研究几乎集中 ......
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析
标题：不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析 摘要： 本研究旨在探究吉林省农科院不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组特征。通过种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料，并设置三个生物学重复。分别在第四周、第六周、第八周和第十周采集土壤样本进行测序，以获取 ......
吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析
标题：吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析 摘要： 本研究旨在通过对吉林省农科院不同地点种植的B73和Mo17玉米材料进行宏基因组分析，探究它们在不同时间点和地点的土壤微生物群落组成和功能潜力差异。通过在三个地点种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料 ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......