分子生物学
关于2023分子植物育种大会随笔记录与思考
目录智能育种转基因基因编辑育种实践 2023年底分子植物育种大会在成都举行，会后要点胡乱记录之。有些来自嘉宾观点，有些是个人思考，杂糅一起，仅供参考。 智能育种 分子设计育种：形态、生理、基因、等位基因、单倍型、基因组区段、通路、网络、表观组。统言之，生物相关分子皆可设计。 科迪华玉米GP预测（Al ......
推荐 | 现代生物学的现代统计学
上世纪30年代，受Fisher关于显著性和假设检验的影响，统计数据分析流程一般如下图所示。 70年代，Tukey推荐使用探索性数据分析（EDA）进行统计分析。EDA 建立在数据可视化的基础上，然后辅以验证性数据分析 （CDA）：假设驱动的推理方法，理想情况下应该是稳健的，而不是依赖于复杂的假设。 9 ......
（转）知道分子 --王朔
https://www.sohu.com/a/211055817_161835 知道分子 文 / 王朔 摘要 第一个人说的，叫“知识分子”。第二个，第三个，还有不知道隔了多少代隔了多少辈，俗称“八杆子打不着的”，都叫“知道分子”。 “知道分子”代表刊物：《读书》；代表作：《管锥篇》。 有一孩子，从小 ......
使用pytorch构建图卷积网络预测化学分子性质
在本文中，我们将通过化学的视角探索图卷积网络，我们将尝试将网络的特征与自然科学中的传统模型进行比较，并思考为什么它的工作效果要比传统的方法好。 https://avoid.overfit.cn/post/7cfa0930651b4b4cac912952d8c53d54 ......
化学 高分子材料与工程
› 专业介绍 本专业培养具有良好的思想道德素质和身体心理素质，德、智、体、美全面发展，具备高分子材料与工程基本理论与基本知识，基础扎实、知识面宽，具有创新精神和实践能力，能在高分子材料的合成、改性、成型加工等方面及其相关领域从事科学研究、技术开发、工艺和设备设计等工作，能适应地方经济和社会发展需要的 ......
计算分子生物学
计算分子生物学：算法逼近/(美)P.A.帕夫纳著/王翼飞等译.-北京：化学工业出版社，2004 235页：图；24cm ISBN 7-5025-5649-4：CNY48.00 本书覆盖了算法和组合问题的主要领域，并揭示了这些问题是如何同分子生物学和生物技术相联系的。本书包含一个内容丰富的“无公式的计 ......
与生物学有关的职业
与生物学有关的职业 2017-09-07 14:49 生活中随处可以发现生物学知识，生物源于生活；但不仅于此，生物又回归生活，造福生活，最直接的体现就是在职业生涯中。与生物学有关的职业都有哪些呢？让我们一起来了解一下吧！ 医院里的检验师 就业单位： 医院检验科或化验室。 学历要求： 医学院校大学专科 ......
《计算生物学导论 : 图谱、序列和基因组》是2009年8月科学出版社出版的图书，作者是(美)Michael S. Waterman。 [1]
本书介绍分子生物学的基本常识、限制图谱和多重图谱，研究克隆和克隆图谱，讨论DNA序列相关的话题，涉及序列中模式计数的统计问题等。 [1] 图书目录 编辑 播报 《生物数学丛书》序 前言 数学符号 第0章 引言 第1章 分子生物学一些知识 第2章 限制图谱 第3章 多重图谱 第4章 求解DDP的算法 ......
易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。越来越多的证据表明，m7G修饰在癌症发生中至关重要。本文综述了m7G的检测技术、分布、 ......
警惕境外的诈骗分子——以学术交流或学术合作之名的非法分子
刚刚收到一个估计是境外分子发来的邮件，这种发给军工研究所和科研单位的寻求学术合作的邮件大概率是诈骗或其他什么非法目的的： 注意这个邮箱地址： B.VishiSingh.6421044@zhdvjd.com 说是要进行学术交流合作，还说能提供基金号，这种的一看就是非法分子，估计大概率是境外的非法势力的 ......
ICBCB 生物信息学与计算生物学国际会议（The 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology，ICBCB 2022）
十届生物信息学与计算生物学国际会议（ICBCB 2022）成功举办 编辑：张谊 来源：生命科学学院 时间：2022年05月20日 访问次数:2197 2022年5月13-15日，由浙江大学生命科学学院主办的第十届生物信息学与计算生物学国际会议（The 10th International Confe ......
第七届全国计算生物学与生物信息学学术会议暨人工智能与生物医学信息学大会（NCCBB2021 2021.7.16 宁波
第七届全国计算生物学与生物信息学学术会议暨人工智能与生物医学信息学大会（NCCBB2021）是由中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会联合上海交通大学、滨州医学院、中国交叉科学学会等单位共同主办的全国性计算生物学和生物信息学领域的高水平学术会议，每年举办一次。第七届全国计算生物学与生物信息 ......
R软件基于k-mer 的DNA分子序列比较研究及其应用
全文链接：https://tecdat.cn/?p=34394 原文出处：拓端数据部落公众号 分析师：Xiaoqi Wu 科学技术的发展为各个领域都带来了深刻的变革，在生物学领域，随着计算机的应用，生物学与信息学的结合诞生了一门新的融合学科——生物信息学。作为生物信息学的重要研究内容之一，生物序列比 ......
探索化学之秘：PerkinElmer ChemDraw Pro 2022 - 分子结构的视觉盛宴 mac+win版
PerkinElmer ChemDraw Pro 2022是一款全球领先的化学绘图软件，为全球科研人员、教育工作者以及工业界专业人士提供了直观、高效的工具，以创建、呈现和探索分子结构与化学反应。 →→↓↓载PerkinElmer ChemDraw Pro 2022 mac/win版 一、直观的绘图界 ......
反爬指南：《孤注一掷》诈骗分子窃取用户信息的工具令人吃惊
《孤注一掷》 最近在火热上映中。影片讲述了程序员潘生在境外网络诈骗团队的高薪诱惑下被拐骗到境外“公司”，并在陆秉坤和安俊才的强迫下从事诈骗活动，最终在帮助同被欺骗的中国人安娜逃跑后，在中国警方与外国移民局合作下成功得到解救的故事。 影片中，潘生被海外工作吸引，却意外落入境外诈骗工厂。潘生在进入网络电 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
业务安全情报第22期 | 不法分子为何盗刷企业短信？
顶象防御云业务安全情报中心监测发现，某知名社交平台遭遇黑灰产大规模注册账号，账号短信接口被疯狂盗用。不仅影响正常用户操作，更带来各种威胁。 手机短信的重要性 在互联网时代，账号服务是我们日常生活中不可或缺的一部分，包括账号注册、账号登录、账号密码找回等。而手机短信验证在这些过程中起着至关重要的作用。 ......
MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束
本文主要介绍了在MindSponge中使用SETTLE和Lincs约束算法的方法，以及相关算法的简单原理。SETTLE约束算法主要应用于水分子体系，限制的是一个等腰三角形的拓扑结构，特点是可并行，性能较好。Lincs约束算法更多的被应用在蛋白质体系，主要限制的是每一个共价键的键长，特点是适用体系比较... ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）
在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压... ......
MindSponge分子动力学模拟——计算单点能（2023.08）
本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。 ......
MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）
本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列... ......
MindSponge分子动力学模拟——软件架构（2023.08）
分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实... ......
易基因：MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病 ......
PCoA（主坐标分析）的生物学文献中的描述
"我们进行了PCoA以可视化不同环境样本中微生物群落的β多样性。PCoA是一种多元统计方法，它将高维的微生物群落数据转化为二维或三维的坐标，以便我们能够更容易地观察样本之间的差异和相似性。通过PCoA，我们能够发现样本在坐标空间中的聚类和分散情况，从而更好地理解不同环境条件下微生物群落的结构变化。" ......
生物信息学 计算生物学 姜涛教授
姜涛，中心首席科学家，现为河滨加州大学（University of California, Riverside）计算机系教授，他还曾执教于加拿大的McMaster大学（McMaster University）。姜教授现在还同时兼任清华大学计算机系访问教授（长江学者），以及北航客座教授。他于2007年 ......
MindSponge分子动力学模拟——安装与使用（2023.08）
本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的... ......
生物学 生物信息学
生物信息学应用领域非常广泛，从学科划分来说，生物科学、农学、林学、医学等所有涉及生命的领域，都有生物信息学的身影 生物信息学是以分子生物学（实验、技术）为基础，以计算机（软件、算法）和信息技术（数据筛选、数据库建立）为工具来分析解决生物学问题的一门交叉学科。 1953年克里克和沃森发现DNA双螺旋结 ......
几种主流的药物平台对比 | 小分子 | 抗体药 | 小核酸 | PROTAC | CRISPR
先来几个灵魂拷问： 生物医学不做药，纯做机制可以吗？预防、诊断、治疗 论治疗，每个技术平台各有什么特色？哪个平台最适合你？ 不做药就搞不到钱，更不可能成立靠谱的公司，形成一番影响力。 基础科学研究者点评各种技术： 小分子药物，最快速，在selleckchem里根据自己的靶点直接买就行，也就抗体的价1 ......