基因组 基因 科学家 观点
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
计算机科学速成课随笔2
中央处理器（CPU） 计算机的心脏就是“中央处理单元”，简称“CPU” CPU负责执行程序，而程序由一步步的操作完成，这些操作就叫做“指令” 但是对于俺们小白来说，详细的理解CPU的各个组件和各个线的分布是不太可能的 我们需要一个高层次的视角叫做“微体系架构”（应该就是抽象的理解一下的意思 想要简单 ......
计算机科学速成课随笔
# ALU（算数逻辑单元）计算机数学的大脑 负责运算的单元 第一个ALU 英特尔 74181（4位输入） ALU有两个单元，一个是算术单元，另一个就是逻辑单元 算术单元，负责计算操作（增量运算。。。）运用逻辑门 计算机中1 代表true， 0 代表false XOR（异或）的逻辑门刚刚好可以满足大部 ......
Oracle较长number型数值的科学计数显示
表中有id列，类型为number，在sqlplus中查询的时候，查询结果的显示方式为科学计数法： ID 4.5572E+184.5574E+184.5585E+18 这样看起来很不直观，而之所以这样显示的原因是在SQL*Plus下，小于等于10位的精度显示的是很直观的形式，大于10位精度的则显示为科 ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
Python pandas读取csv文件时数字变成科学计数法（含有e）
###字段内容比较长时，Python 读取会变成变成科学计数法（含有e） 像这样 import pandas as ps data=ps.read_csv(r"E:\AppData\DongDong\Download\file\2023-04\BaseDataPriceDetail.csv",sep ......
【观点】使用国外桌面操作系统的安全风险和技术依赖
随着中国在信息化建设方面的不断发展和国家安全意识的增强，国产桌面操作系统逐渐成为国家重点关注的领域之一。中国正在加紧自主研发桌面操作系统，以减少对国外操作系统的技术依赖和安全风险。
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易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
Java Double类型的科学计数转普通数值的问题
Java中Double类型时要考虑到大额数据自动转换成科学计数法。 Double d1 = 99999999999d; System.out.println(d1); 输出结果 9.9999999999E10 （科学计数法） 如果想输出为自然数值方法如下： Double d1 = 999999999 ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
31 30 | 答疑文章（二）：用动态的观点看加锁
在第20和21篇文章中，我和你介绍了InnoDB的间隙锁、next-key lock，以及加锁规则。在这两篇文章的评论区，出现了很多高质量的留言。我觉得通过分析这些问题，可以帮助你加深对加锁规则的理解。 所以，我就从中挑选了几个有代表性的问题，构成了今天这篇答疑文章的主题，即：用动态的观点看加锁。 ......
科学技术法与数值之前的转换
一、JAVA 1、科学技术法转数值 BigDecimal za = zaVal1.divide(val2);// 9.05E-8 String za2 = za.toPlainString();//0.0000000905 2、数值转科学技术法 BigDecimal za4 = new BigDec ......
心法|SRE如何制定科学有用的流程制度
科学的制定流程制度是非常重要的，好的流程制度能提高生产效率、降低出错，但流程制度用不好是要阻碍创新的，甚至引起工程师的反感和抵触。 比如为了减少工程师出错，把工作的每个角落铺满精细的流程制度规范，每个制度事无巨细的几千上万字，无异于对工程师缚手缚脚，大家也背不过来，唯一的用途就是犯了错误追责任：看， ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
生产事故-走近科学之消失的JWT
入职多年，面对生产环境，尽管都是小心翼翼，慎之又慎，还是难免捅出篓子。轻则满头大汗，面红耳赤。重则系统停摆，损失资金。每一个生产事故的背后，都是宝贵的经验和教训，都是项目成员的血泪史。为了更好地防范和遏制今后的各类事故，特开此专题，长期更新和记录大大小小的各类事故。有些是亲身经历，有些是经人耳传口授 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
如何科学的下载海外镜像
在云计算和云原生环境下，我们会经常使用到海外镜像部署服务，如谷歌镜像仓库（k8s.gcr.io、gcr.io），还有RedHat镜像仓库（quay.io），遇到此类镜像仓库由于某种神秘力量，我们在国内是无法直接下载，本片文章将介绍如何在不魔法上网的情况下下载海外镜像。 ......
跟随【Fun科学】学习
文档说明：只记录关键地方; 2023-04-11 缘由： 搜索知识，但是搜索引擎不太好用，记录一下 笔记： 收藏目录： 让空气瞬间变冷的神奇装置！教你DIY自制涡流管 手机如何量身高？ ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
应用推广的十个观点(译文)
1. 译者序 这是一篇非常好的推广移动应用的想法或者说是策略, 翻译过来分享给大家. 或许有些观点已经很显而易见, 那么就权当是一个总结. 后续会基于此文章陆续更新关于应用推广方面的想法和观点. 译者：philoenglish.com团队; 更多资讯可访问philoenglish.com 2. 前言 ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
科学家成功研制出具有高度自主导航能力的机器人
近年来，随着科技的不断发展，机器人技术也在不断地进步。最近，一组科学家成功研制出了一款具有高度自主导航能力的机器人，这款机器人的出现将会给我们的生活带来很多便利。 这款机器人采用了最新的人工智能技术，可以自主地进行导航和控制。它可以在不同的环境中自由移动，避开障碍物，同时还可以根据环境的变化自动 ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......