遗传学
遗传算法、模拟退火算法等优化问题算法
遗传算法（Genetic Algorithm，GA）是一种模拟自然选择和遗传机制的搜索算法，用于解决优化问题。它通过模拟生物的遗传和进化过程，逐步生成更适应环境的个体，以找到最优解。 遗传算法的基本思想包括以下几个步骤： 初始化种群：生成随机的个体作为初始种群。 评估适应度：计算每个个体的适应度，根 ......
Omics辅助育种统计方法：基因组遗传力
此幻灯片是来自“Omics辅助育种统计方法”短期课程中的一节： Genomic heritability。作者Malachy Campbell，博后毕业于康奈尔大学，是一名计算生物学家，专注于统计基因组学和数量遗传学。热衷于从大规模、复杂且常常带有噪音的多维数据中提取生物学意义。研究目标是利用高维度 ......
GS | 佛罗里达大学Salvador报告：数量遗传和育种中的混合模型
本报告来自佛罗里达大学Salvador A. Gezanboshi博士。Salvador是一位拥有20多年经验的育种家/数量遗传学家，在育种、统计分析和遗传改良咨询方面有着丰富的经验。同时，他也是VSN的国际顾问，没错，就是那个开发了大名鼎鼎的ASReml的VSN。在大学或研究机构任职期间，他主要集 ......
GS | Julius报告：利用基因组信息预测遗传变化
Julius Van der Werf是新英格兰大学（University of New England，UNE）教授，专门从事遗传评估、育种计划设计、育种目标和基因组选择方面的研究。他指导了60多名博士生。2003 年至 2019 年，他担任绵羊 CRC 遗传学项目的经理，在此期间，澳大利亚绵羊产 ......
基于遗传算法的风光发电互补Matlab仿真模型
down 资源文件列表 基于遗传算法的风光发电互补Matlab仿真模型/ceshi.m , 1500基于遗传算法的风光发电互补Matlab仿真模型/fun.m , 1496基于遗传算法的风光发电互补Matlab仿真模型/genetic/bs2rv.M , 3356基于遗传算法的风光发电互补Matla ......
易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双生病毒（Geminiviruses）是一种DNA植物病毒，可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中，双生病毒调控细胞过程，抑制植物防御，并导致感染细胞的大量重编程，导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感 ......
浅谈遗传算法
由于网上遗传算法的博客要么是例题不足，要么是过于工程化，所以准备写一篇更加亲民的博客。篇幅不长，深入浅出。由于笔者能力有限，可能出现部分错误。 概述 就不从百度上往下搬了。 遗传算法，又称为 \(\text{Genetic algorithm(GA)}\)。其主要思想就是模拟生物的遗传与变异。它的用 ......
遗传评估方法
01、blup：求解混合线性方程组，计算加性效应方差组分。 02、贝叶斯：对标记的假设不同，a、b、c、π等。 03、机器学习：非参数估计方法，学习表型和基因型的关系。 高效表型智能化表型测定技术 + 机器学习。 ......
用MATLAB实现遗传算法程序
用MATLAB实现遗传算法程序/B2F.m , 658用MATLAB实现遗传算法程序/changes.m , 959用MATLAB实现遗传算法程序/cross.m , 1155用MATLAB实现遗传算法程序/de2bi.m , 1048用MATLAB实现遗传算法程序/F2B.m , 540用MATL ......
易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述
动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
美国乔治亚大学李增禄教授最新报告《基因组预测加速遗传增益》
目录 这是美国乔治亚大学（University of Georgia）李增禄教授在山东农业大学做的一场最新报告。李教授主要从事大豆高产、优质、抗病虫育种，大豆遗传资源鉴定、利用及创新，目标性状基因定位，分子育种方法的开发和利用、基因组选择等研究工作。 关于李教授：https://cropsoil.u ......
粉丝重磅福利 | 爱荷华大学2023最新著作《植物育种的数量遗传学》赠送
目录书籍信息书籍目录第1章：基因频率第2章：连锁第3章：亲缘相似性第4章：相似性度量第5章：基因效应第6章：方差分量第7章：方差估计第8章：交配设计第9章：选择响应第10章：G x E第11章：多性状选择第12章：多环境试验：线性混合模型第13章：仿真建模植物育种的基础免费电子书获取方式 书籍信息 ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
【调度算法】开放车间调度问题遗传算法
问题描述 开放车间调度问题可以描述为：有n个需要加工的工件，每个工件有m道工序，需要在m台不同的机器上进行加工，每道工序的加工时间都是已知的，但是每个工件的加工顺序是任意的；一台机器在同一个时刻只能加工一个工件，一个工件不能同时在两台机器上加工；每个工件在同一时刻也只能在某一台机器上加工；最终需要求 ......
m基于GA-CNN遗传优化卷积神经网络的手势识别算法matlab仿真
1.算法仿真效果 matlab2022a仿真结果如下： CNN训练结果 GA优化之后的CNN训练结果 GA优化过程得到的均值收敛过程 CNN与GA优化CNN的识别率对比 本课题采用的数据库如下： 2.算法涉及理论知识概要 基于GA-CNN遗传优化卷积神经网络的手势识别算法是一种结合了遗传算法（GA） ......
【调度算法】并行机调度问题遗传算法
问题描述 m台相同的机器，n个工件，每个工件有1道工序，可按照任意的工序为每个工件分配一台机器进行加工 工件 A B C D E F G H I 工件编号 0 1 2 3 4 5 6 7 8 加工时间 4 7 6 5 8 3 5 5 10 到达时间 3 2 4 5 3 2 1 8 6 交货期 10 ......
m基于GA-LSTM遗传优化长短期记忆网络的电力负荷数据预测算法matlab仿真
1.算法仿真效果 matlab2022a仿真结果如下： 2.算法涉及理论知识概要 基于GA-LSTM遗传优化长短记忆网络的电力负荷数据预测算法是一种结合了遗传算法（GA）和长短时记忆网络（LSTM）的混合模型，用于预测电力负荷数据。该算法通过遗传算法优化LSTM模型的超参数，以提高模型的预测性能。下 ......
遗传算法 (解决TSP旅行商问题) 附Python代码
1.什么是TSP旅行商问题？ 1.1 问题本质 旅行商问题是一个经典的组合优化问题。 问题实质是一个带权完全无向图，找一个权值最小的Hamilton回路。( 即点到点的最优路径问题 ) 早期的研究者使用精确算法求解该问题，常用的方法包括：分枝定界法、线性规划法、动态规划法等。但是，随着问题规模的增大 ......
标准加性遗传效应模型
首先，从“遗传效应”开始说起。 想象一下，你有一堆乐高积木，每块都有它特定的颜色和形状。如果你要建一个小房子，每块乐高的选择都会影响房子的最终外观。 同样地，每个生物体都由许多基因组成，每个基因都对这个生物的某些特性有所影响。这种影响我们称之为“遗传效应”。 现在，进入“加性遗传效应”： 加性遗传效 ......
遗传算法解决01背包问题
遗传算法解决01背包问题 一、问题描述 01背包问题是组合优化问题的一个典型例子，它要求在许多可行解中找到一个最优解。 01背包问题的一般描述如下：给定一个固定的背包容量和一组物品，每个物品有一个重量和一个价值，要求从这组物品中选择一些放入背包，使得背包中物品的总价值最大，同时不超过背包的容量。 0 ......
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
wright-fisher模型下遗传漂变基因固定的证明
# background 最近我导兴致大起准备进行组间交流开展群体遗传学的读书交流会，为了贪图内容的简易我先选了遗传漂变的部分 但并不是说要水过，多少要有点b格。 在遗传漂变的部分里有一个重要的模型Wright-Fisher 模型，很多群体遗传学教科书都会提到这个模型，但是关于该模型中的一个细节 假 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
遗传算法解决航路规划问题（MATLAB）
# 遗传算法 > 文章部分图片和思路来自司守奎，孙兆亮《数学建模算法与应用》第二版 定义：遗传算法是一种基于自然选择原理和自然遗传机制的搜索（寻优）算法，模拟自然界中的声明进化机制，在人工系统中实现特定目标的优化。 本质其实就是群体搜索技术，根据适者生存的原则逐代进化，最终得到最优解或近似最优解。 ......
遗传改良的途径
品种间的选择是一次性的行为，而品种内的选择却是长期的工作。只有真正做好了选择工作，才能保证持续的遗传进展。品种内选择（即育种）的具体方法有很多，这里只做概括性的论述。 一般来说，育种的过程就是选择优良基因的过程，过去我们只通过外表来判断基因，甚至通过肉眼就作出了评估，肉眼判断是很主观的判断，可靠性很 ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
基于遗传学算法的排课探索实验
首先模拟了每个班级为： 张三语文（12）、李四数学（12）、王五英语（12）、赵六物理（10）、孙琪化学（9）、李八生物（9）、郑久体育（2） 对2个班级的排课，一周6天，上午4 下午4 晚上3 的一个课程安排 适应度暂时设置了下面4点 1、设置了适应度条件2节课连续上，且不能4节连上（张三语文、李 ......