scatac-seq scrna-seq seq tutorial
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
seq2seq+attention的个人理解
[toc] ## RNN 经典的RNN结构：  这是经典的RNN结构，输入向量是： ![image](ht ......
RNA-seq中的那些统计学问题
<a name="data-preprocess"><h2>1. 数据预处理 [<sup>目录</sup>](#content)</h2></a> <a name="filt-low-exp-genes"><h3>1.1. 过滤低表达的基因 [<sup>目录</sup>](#content)</h3 ......
tvmc-tutorial
## 环境安装 tvm环境 查看conda版本为 4.12.0，对应2022.05的版本 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh tvm 官方conda安装教程 https://tvm.apac ......
Pytorch | 输入的形状为[seq_len, batch_size, d_model]和 [batch_size, seq_len, d_model]的区别
首先导入依赖的torch包。 ```python import torch ``` 我们设： + seq_len（序列的最大长度）：5 + batch_size（批量大小）：2 + d_model（每个单词被映射为的向量的维度）：10 + heads（多头注意力机制的头数）：5 + d_k（每个头的 ......
易基因：近期染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）研究成果｜项目集锦
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作（DNA-Protein Interactions，DPIs）是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。本期以科研内容为序 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
N7、seq2seq翻译实战-Pytorch复现
🍨 本文为🔗365天深度学习训练营 中的学习记录博客 🍖 原作者：K同学啊 | 接辅导、项目定制 🚀 文章来源：K同学的学习圈子 📌 本周任务： 请根据N5、N6周内容，为解码器添加上注意力机制 数据：链接 一、前期准备工作¶ 0、导入包¶ In [ ]: from __future__ ......
std::atomic store load std::memory_order_seq_cst
#include <atomic> #include <chrono> #include <ctime> #include <fstream> #include <future> #include <iomanip> #include <iostream> #include <map> #inclu ......
易基因：NAR：ChIP-seq等揭示蛋白质酰基化与c-di-GMP协同调控放线菌发育与抗生素合成机制｜项目文章
易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《Nucleic Acids Research》 大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年06月07日，华东理工大学生物工程学院和生物反应器工程国家重点实验室叶邦策教授和尤迪副教授为共同通讯作者、博士生符瑜为第一作者以“A ......
N6、seq2seq翻译实战-Pytorch复现
🍨 本文为🔗365天深度学习训练营 中的学习记录博客 🍖 原作者：K同学啊 | 接辅导、项目定制 📌 本周任务： 结合训练中N5周的内容理解本文代码 数据：链接 一、前期准备工作¶ 0、导入包¶ In [1]: from __future__ import unicode_literals, ......
易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。 前言 DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基 ......
[Kotlin Tutorials 22] 协程中的异常处理
# 协程中的异常处理  ## Parent-Child关系 如果 ......
[Kotlin Tutorials 21] 协程的取消
# 协程的取消 本文讨论协程的取消, 以及实现时可能会碰到的几个问题.  本 ......
易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 细菌编码许多转录因子（transcription factor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始。目前对TF功能的研究几乎集中 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A reader YTHDF1在结直肠癌PD-1免疫治疗中的作用｜Gut
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌（colorectal cancer ，CRC）是全球最常见的癌症之一，转移性CRC患者的5年生存率低于20%。免疫检查点阻断（Immune checkpoint blockade，ICB）对CRC患者表现出良好疗效，然而只有一 ......
N5、seq2seq详解
📌 本周任务： - 了解seq2seq是什么？ - 基于RNN的seq2seq模型如何处理文本/长文本序列？ - seq2seq模型处理长文本序列有哪些难点？ - 基于RNN的seq2seq模型如何结合attention来改善模型效果？ - 可以先尝试着自己编写代码（下周更新） ## 一、seq2 ......
Tutorial 3_软件工作量估计和编码规范
软件过程与管理实验 实验3：编码规范 本次实验内容是个人软件过程部分，通过本次实验，学生将掌握以下内容： 1、建立自己的编码规范和代码审查表。 2、会用COCOMO II模型对软件工作量进行估计。 [实验任务一]：COCOMO II 软件的使用 实验要求： 通过自己看Manual，熟悉COCOMO ......
CNA-seq
检测cnv的范围：1KB～几M，中值100KB 杂合性缺失，位于一对同源染色体上的相同基因座位的两个等位基因中的一个（或其中部分核苷酸片段）发生缺失，与之配对的染色体上仍然存在 1:在有的文献中指出cfDNA长度一般在167bp,ctDNA一般在145bp.在脑脊液中发现（ctDNA）取代在血浆中。 ......
seq 命令
seq命令 seq：单词sequence序列的缩写，功能是输出序列化的一串整数。 语法有如下三种 ##输出从1（默认1）到尾数之间的所有整数 seq + 选项 + 尾数 ##输出从首数开始到尾数结束的所有整数 2. seq + 选项 + 首数 + 尾数 ##输出从首数开始到尾数结束，每隔一个增量输出 ......
FAST协议解析3 FIX Fast Tutorial翻译 HelloWorld示例
1.3. Variable Sized Fields Fields in FAST do not have a fixed size and do not use a field separator. Instead, there is a notion of a stop bit (the hig ......
DGL-tutorials-reading-notes
DGL 教程阅读笔记 Datetime: 2023-03-27T17:29+08:00 Categories: Python | MachineLearning 教程网址：https://docs.dgl.ai/en/latest/index.html 毕设的笔记，只能给自己看，换一个人或者过一段时 ......
FAST协议解析2 FIX Fast Tutorial翻译【PMap、copy操作符】
FIX Fast Tutorial FIX Fast教程 （译注：本篇是对https://jettekfix.com/education/fix-fast-tutorial/翻译和解释，除了文本的直接翻译外，我还针对各点按我的理解进行了说明和验证，所以可以看到译文下会有很多译注，部分译注还会带有实例 ......
STARR-seq
STARR-seq：该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers enhancers和epromoters的鉴定流程如下图： 主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据，然后分 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
3_transforms (pytorch tutorial)
Transforms Data does not always come in its final processed form that is required for training machine learning algorithms. We use transforms to perfo ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
BOOST_PP_SEQ_FOR_EACH
��<�pre><�b>/home/vi/git/dos/dnet/./dconfig/dconfig.h:<�/b> In static member function <�b>static std::string dnet1::path_type2_helper::str(dnet1::pa ......