基因 表观 微生物 细菌
易基因：MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病 ......
PCoA（主坐标分析）的生物学文献中的描述
"我们进行了PCoA以可视化不同环境样本中微生物群落的β多样性。PCoA是一种多元统计方法，它将高维的微生物群落数据转化为二维或三维的坐标，以便我们能够更容易地观察样本之间的差异和相似性。通过PCoA，我们能够发现样本在坐标空间中的聚类和分散情况，从而更好地理解不同环境条件下微生物群落的结构变化。" ......
基于机器学习的基因组预测
[toc] ## 机器学习与GP 与动物育种相比，植物的基因组选择必须通过环境相互作用来考虑更大的基因型，并且需要添加适当的多环境试验数据。 机器学习 （ML） 和深度学习 （DL） 算法比线性预测模型更复杂，可以发现数据集中的非线性关系。与以前的方法相比，随机森林、支持向量机和人工神经网络由于其非 ......
生物信息学的发展现状和展望
生物信息学的发展现状和展望 一、 什么是生物信息学： 1． 人类基因组计划与生物信息学 人类基因组计划（Human Genome Project,简称HGP）是美国科学家在1985年率先提出的，其目的在于阐明人类基因组DNA3×109核苷酸序列，破译人类全部遗传信息，HGP于1990年正式启动。随着 ......
生物信息学 (Bioinformatics) 医学/健康信息学 (Heath Informatics)
生物信息学 (Bioinformatics) 医学/健康信息学 (Heath Informatics) 生物信息学适合发paper，去高校科研院所有就业优势，尤其拿到博士学位后想找这样的体制内靠国家科研经费的工作。 医学信息学便it和工程，学好编程及医学一些业务基本工作不愁，想薪资高做移动互联网，再 ......
深度学习研究及其在生物医药领域的潜在应用
深度学习研究及其在生物医药领域的潜在应用 深度学习已经在各种生物学应用中取得成功。在本节中，我们回顾了在各个研究领域进行深度学习的挑战和机会，并在可能的情况下回顾将深度学习应用于这些问题的研究（表1）。我们首先回顾了生物标志物开发的重要领域，包括基因组学，转录组学，蛋白质组学，结构生物学和化学。然后 ......
生物医学工程 生物信息学
重点交叉学科 学科简介 招收专业 生物医学工程 生物医学工程旨在以技术与工程的手段，研究和解决生物学和医学中的有关问题，是综合生物学、医学和工程技术学的交叉学科，属于高新科技研究领域。 欢迎化学、生物学、医学、计算机科学、电子学、物理学、力学等学科专业的考生申请或报考。 纳米科学与技术 通常1－10 ......
生物信息学 计算生物学 姜涛教授
姜涛，中心首席科学家，现为河滨加州大学（University of California, Riverside）计算机系教授，他还曾执教于加拿大的McMaster大学（McMaster University）。姜教授现在还同时兼任清华大学计算机系访问教授（长江学者），以及北航客座教授。他于2007年 ......
生物信息学
分类:生物信息学 生物信息学(12.0128) 系统生物学(12.0129) 全基因组关联分析(12.0130) 测序(12.0131) 第一代测序技术(12.0132) 鸟枪法(12.0133) 第二代测序技术(12.0134) 读长(12.0135) 第三代测序技术(12.0136) 人类基因组 ......
单一个体参考基因组的局限性
001、 在种质资源的群体变异与性状挖掘研究中, 通常需要借助1个参考基因组, 通过将重测序数据比对到参考基因上来鉴定个体间的遗传变异(Huang et al.,2012)。这种变异鉴定的方法受制于参考基因组序列及其与检测个体间的相似性, 参考基因组缺失的基因组信息以及与比对个体差异较大区域的信息将 ......
基因组组装质量的评价
001、 。 reference 祝光涛,黄三文.360度群体遗传变异扫描——大豆泛基因组研究[J].[2023-08-16].DOI:10.11983/CBB20096. ......
易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
基因组组装技术的发展
001、 注： 01、Pacific Bio-sciences (PacBio)和Oxford Nanopore)：长 片 段 单 分 子 测 序 技 术 02、BioNano genome mapping：辅助组装技术 03、High-throughput chromosome conformat ......
数字基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling，DGE）
数字基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling，DGE） 利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。 数字基因表达谱已被广泛应用于基础科学研究、医学研究和药物研发等领域。 楼主应该是想说RN ......
华为开发者大会2023：云空间筑牢鸿蒙生态“云基因”
8月4日，华为开发者大会2023在东莞·松山湖举办，众多开发者及合作伙伴共赴盛会，见证鸿蒙生态的最新进展。在本届大会的HarmonyOS应用开发（端云能力）分论坛上，华为Drive Kit生态架构技术总监官宣云空间服务升级，赋能开发者高效开发，为鸿蒙生态应用注入“云基因”。 的概念，指整个物种基因组序列的非冗余集合，其中包括存在于该物种几乎所有个体中的核心基因组(core genome)和仅在部分个体中存在的可变基因组(accessory/variable/dispens ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
基因测序技术 一二三代
开通黄钻 基因测序技术 基因测序技术 基因测序技术的发展前景非常可观，目前为止共出现了三代测序技术，第一代测序技术以Sanger为主；第二代测序是以Illumina为代表的一系列技术；第三代是以Pacific Biosciences[4]公司和 Nanopore[5]公司的单分子测序为代表的测序技术 ......
生物学 生物信息学
生物信息学应用领域非常广泛，从学科划分来说，生物科学、农学、林学、医学等所有涉及生命的领域，都有生物信息学的身影 生物信息学是以分子生物学（实验、技术）为基础，以计算机（软件、算法）和信息技术（数据筛选、数据库建立）为工具来分析解决生物学问题的一门交叉学科。 1953年克里克和沃森发现DNA双螺旋结 ......
三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容
王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面，王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中，针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题，王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......
[论文精读][计算生物][蛋白质预训练表示]Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein Structure Decoy
笔者正在调研市面上的蛋白表示方法，论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St ......
生物信息学
生物信息学是以分子生物学（实验、技术）为基础，以计算机（软件、算法）和信息技术（数据筛选、数据库建立）为工具来分析解决生物学问题的一门交叉学科。 生物信息学应用领域非常广泛，从学科划分来说，生物科学、农学、林学、医学等所有涉及生命的领域，都有生物信息学的身影 ......
生物数据 摩尔定律
人类为了更深入地了解和认识自身，制定了宏伟的人类基因组计划。人类基因组计划顺利实施，产生了大量的生物分子数据。据权威机构统计，目前生物分子数据量每15个月翻一翻，生物分子数据发展的速度超过了摩尔定律（即半导体芯片上的晶体管数量每18个月翻一翻）。 ......
关于基因组选择（GS）中准确性（accuracy）和预测能力（prediction ability）的区别？
在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc ......
猎人基因: ADHD的另一面
我在科学的海洋中探索，期待着每一个未知的发现。然而，人类的大脑仍然是一个充满神秘和奥秘的领域。在这一次的探索之旅中，我将带你一起研究一种被称为注意力缺陷多动障碍（Attention Deficit Hyperactivity Disorder，简称ADHD）的情况。一些人称之为“猎人基因”，但这是否 ......
易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。人的 ......
易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA m5C修饰和翻译有 ......