根系 群落 生长发育 微生物
第七届全国计算生物学与生物信息学学术会议暨人工智能与生物医学信息学大会（NCCBB2021 2021.7.16 宁波
第七届全国计算生物学与生物信息学学术会议暨人工智能与生物医学信息学大会（NCCBB2021）是由中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会联合上海交通大学、滨州医学院、中国交叉科学学会等单位共同主办的全国性计算生物学和生物信息学领域的高水平学术会议，每年举办一次。第七届全国计算生物学与生物信息 ......
CCF生物信息学前沿科学系列论坛暨2021年生物信息学广州高端论坛 广州，2021年4月16日-18日
http://www2.scut.edu.cn/_upload/tpl/08/ae/2222/template2222/main.htm CCF生物信息学前沿科学系列论坛暨2021年生物信息学广州高端论坛 广州，2021年4月16日-18日 宏观影像组学的快速发展和微观多组学的成功应用极大的推动影像 ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
生物信息学湖南省重点实验室
生物信息学湖南省重点实验室将于2020年8月29日上午（8:30-10:45）举办第一次学术研讨会，特邀请了张灼华校长、张学工教授和高琳教授做报告。分线上（腾讯会议ID:342846757）和线下同时进行，欢迎线上或线下参会，并分享给学生，谢谢。 衡阳医学院-南华大学 清华大学 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
[AI]生物本能vs机器人工程:谁才有“意识”?
人类并不清楚自己如何保持站立，机器人却已经能够双足行走。对于初级意识的理解和对于高级意识的认知，促使我们更谨慎地推进人工意识的研究,并建立健全的伦理规范,约定进行高级意识实验的规范和底线。 ......
PubMedBERT:生物医学自然语言处理领域的特定预训练模型
今年大语言模型的快速发展导致像BERT这样的模型都可以称作“小”模型了。Kaggle LLM比赛LLM Science Exam 的第四名就只用了deberta，这可以说是一个非常好的成绩了。所以说在特定的领域或者需求中，大语言模型并不一定就是最优的解决方案，“小”模型也有一定的用武之地，所以今天我 ......
2023.11.17-20湖北 武汉 2023第五届全国生物医学数据挖掘与计算学术会议拟于2023年11月17日-20日于华中科技大学举行
2023第五届全国生物医学数据挖掘与计算学术会议拟于2023年11月17日-20日于华中科技大学举行。会议简介： 全国生物医学数据挖掘与计算学术会议是一个专注于生物医学大数据算法、软件与人工智能方法的重要学术盛会。生物医学领域的快速发展导致了大量的生物医学数据的产生，其中包括基因组学、蛋白质组学、代 ......
SnapGene：专业生物分析软件，轻松解析DNA序列 mac/win版
SnapGene是一款功能强大的DNA序列生物分析软件，它可以帮助用户轻松解析、管理和可视化DNA序列数据。SnapGene适用于各种生物信息学研究领域，包括基因组学、转录组学和进化生物学等。 点击获取SnapGene mac/win版 首先，SnapGene具有直观的用户界面，使得用户可以轻松上手 ......
易基因：综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日，南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......
康奈尔大学生物信息中心主任关于基因组组装报告
Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任，长期以来从事生物信息学工作，在大数据的管理与分析上，特别是Genotype-By-Sequence (GBS)，RNA-seq，ChIP-seq，small RNA，基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science，Cell，Nat ......
易基因：家禽中的DNA甲基化研究应用（繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等）
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂，用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日，华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
作物生长模型CropGrow
目录作物生长模型概述研究思路研究进展未来发展 作物生长模型概述 农业信息技术在世界农业领域的兴起始于20 世纪70年代末，以作物生长模型（crop growth model）的成功研制和应用为突出代表。 作物生长模型以作物生长发育的内在规律为基础，综合作物遗传潜力、环境效应、调控技术之间的因果关系， ......
常用的微生物菌群分析软件包
微生物菌群分析是研究微生物群落组成和功能的重要领域。以下是一些常用的微生物菌群分析软件包： 1. QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）：QIIME是一个用于分析微生物群落的开源软件包。它提供了一系列工具和算法，用于处理和分析16S r ......
疾病诱导的植物微生物组装与功能适应的变化
Disease-induced changes in plant microbiome assembly and functional adaptation Gao et al. Microbiome(2021) 9:187https://doi.org/10.1186/s40168-021-011 ......
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）简介
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）一般包括以下内容：1. 数据概览：查看数据集的基本信息，包括数据的维度、特征的数量和类型等。2. 缺失值处理：检查数据集中是否存在缺失值，并根据情况进行处理，例如删除缺失值或使用合适的填充方法。3. 数据清洗：对数据进行清洗，包括去除重复值、处理异常值和噪声 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案 | 原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
怎么学生物？
怎么学生物？可以从化学的学习方法入手。 化学和生物是两门相像的学科。 为什么说生物像文科？因为生物它记背的东西多？我认为更加本质的原因是生物的逻辑，哦不生物没有逻辑。 高中生物这门学科不如说是建立在伪逻辑上的（其实连伪逻辑都没有多少），你需要背许多表面上没有关联的东西，我并不知道它们实际是否有联系， ......
当你和生物组的伙伴在一块
lyb：陪我回去拿个作业吧。 Carp：行。但是你咋开门呀。 lyb：山人自有妙计。 （到了他们班后门） lyb 咵叽一个右鞭腿，哐仓一个左正蹬，后门被踹开了。 Carp：6。 lyb：我们生物组一个同学之前有一回回来的时候，楼管阿姨告诉她的，说踹一下就开了。 Carp：真的？？我不信。 （关门出去 ......
R语言非线性方程数值分析生物降解、植物生长数据：多项式、渐近回归、负指数方程、幂函数曲线、米氏方程、逻辑曲线、Gompertz、Weibull曲线
全文链接：https://tecdat.cn/?p=33742 原文出处：拓端数据部落公众号 简介 在选择最佳拟合实验数据的方程时，可能需要一些经验。当我们没有文献信息时该怎么办？我们建立模型的方法通常是经验主义的。也就是说，我们观察过程，绘制数据并注意到它们遵循一定的模式。 例如，我们的客户可能观 ......
机器学习算法原理实现——lightgbm，核心leaf-wise生长结合数据和特征并行+直方图算法+单边梯度抽样+互斥特征捆绑
算法亮点： 1、leaf-wise生长策略+特征并行和数据并行 让我们通过一个简单的例子来详细解释 LightGBM 的 Leaf-wise 生长策略。假设我们有以下的数据集：| 年龄 | 收入 | 购买 || | | || 20 | 3000 | 0 || 25 | 3500 | 0 || 30 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
生信教程|最大似然系统发育推断
动动发财的小手，点个赞吧！ 简介 顾名思义，最大似然系统发育推断旨在找到进化模型的参数，以最大化观察手头数据集的可能性。模型参数包括树的拓扑结构及其分支长度，还包括推理中假设的替代模型（例如HKY或GTR）的所有参数。由于当数据集包含多个类群时，这些参数的搜索空间是巨大的，因此所有用于最大似然系统发 ......
华为云盘古大模型加码生物医药，为行业插上“数字翅膀”
本文分享自华为云社区《华为云盘古大模型加码生物医药，为行业插上“数字翅膀”》，作者： 华为云社区精选 。 在21世纪科技浪潮中，人工智能与生物医药的交汇点日益显现。它能够以前所未有的方式解析、预测和改善生命健康。从基因编辑到智能诊断，从药物研发到个性化治疗，AI与生物医药的结合正开启一个全新的智慧医 ......
【专题】中国工业互联网平台研究报告-野蛮生长报告PDF合集分享（附原数据表）
原文链接：https://tecdat.cn/?p=33647 这份报告合集是基于中国工业产业升级和智能制造的大背景而展开的。报告合集分析了工业互联网平台市场的发展阶段、平台玩家的产品和服务的底层逻辑以及变化趋势，并探讨了补贴减少、数据归属权之争、标准化与盈利模式、ChatGPT等因素对工业互联网平 ......
拟南芥Sec14蛋白(SFH5和SFH7)介导磷脂酸在细胞器间的转运，并调控叶绿体的发育
脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜，然而，从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里，我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网（ER）传递磷脂酸（PA）到叶绿体中的结构基础，以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
掌探生物识别技术的奇妙世界
在我的技术探索之旅中，我一直对各种生物识别技术抱有极大的兴趣。最近，我特别关注了一种被称为“掌纹识别”或“Palmprint Recognition”的技术。在这篇文章中，我将与您分享我在这个领域的学习和发现，包括一些令人惊讶的历史事实和现代应用。 掌纹识别的探秘 在我的研究旅程中，我首先寻找了这个 ......
下载微生物数据（孟德尔随机化）
登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类 ，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog ......