代谢物 群落 微生物 植物
植物图形泛基因组Graph-based pan-genome
目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组（图泛）以节点和路径的 ......
R语言数量生态学冗余分析RDA分析植物多样性物种数据结果可视化
原文链接：http://tecdat.cn/?p=25564 原文出处：拓端数据部落公众号 最近我们被客户要求撰写关于生态学冗余分析RDA的研究报告，包括一些图形和统计输出。 冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多因变量（multir ......
R语言数量生态学冗余分析RDA分析植物多样性物种数据结果可视化
原文链接：http://tecdat.cn/?p=25564 原文出处：拓端数据部落公众号 最近我们被客户要求撰写关于生态学冗余分析RDA的研究报告，包括一些图形和统计输出。 冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多因变量（multir ......
常用的微生物菌群分析软件包
微生物菌群分析是研究微生物群落组成和功能的重要领域。以下是一些常用的微生物菌群分析软件包： 1. QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）：QIIME是一个用于分析微生物群落的开源软件包。它提供了一系列工具和算法，用于处理和分析16S r ......
疾病诱导的植物微生物组装与功能适应的变化
Disease-induced changes in plant microbiome assembly and functional adaptation Gao et al. Microbiome(2021) 9:187https://doi.org/10.1186/s40168-021-011 ......
易基因：WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关｜Genome Biol
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在一些真核生物中，DNA甲基化发生在基因编码区，称为基因体甲基化(gene body methylation，GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征，但基因体甲基化与转录抑制无关，其生物学重要性尚不清 ......
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）简介
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）一般包括以下内容：1. 数据概览：查看数据集的基本信息，包括数据的维度、特征的数量和类型等。2. 缺失值处理：检查数据集中是否存在缺失值，并根据情况进行处理，例如删除缺失值或使用合适的填充方法。3. 数据清洗：对数据进行清洗，包括去除重复值、处理异常值和噪声 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案 | 原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
植物基因组组装综述
目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组装测序技术发展与组装质量 基因组特征评估Survey 基因组大小、杂合度和重复序列含量是决定测序成本、组装难度和最终组装效果的最重要的几个特征。 全部测序read 中K-mer（在测序rea ......
科迪华数据科学家对基因组信息应用于植物育种的观点与建议
本文内容整理自科迪华农业科学公司（Corteva Agriscience）的数量遗传学家Alencar Xavier博士几年前做的报告。Alencar Xavier在统计遗传学方面的工作是基因组辅助育种，重点是数据驱动的植物育种的理论和计算方面，例如使用各种信息来源进行建模、预测和选择。其研究涉及使 ......
怎么学生物？
怎么学生物？可以从化学的学习方法入手。 化学和生物是两门相像的学科。 为什么说生物像文科？因为生物它记背的东西多？我认为更加本质的原因是生物的逻辑，哦不生物没有逻辑。 高中生物这门学科不如说是建立在伪逻辑上的（其实连伪逻辑都没有多少），你需要背许多表面上没有关联的东西，我并不知道它们实际是否有联系， ......
当你和生物组的伙伴在一块
lyb：陪我回去拿个作业吧。 Carp：行。但是你咋开门呀。 lyb：山人自有妙计。 （到了他们班后门） lyb 咵叽一个右鞭腿，哐仓一个左正蹬，后门被踹开了。 Carp：6。 lyb：我们生物组一个同学之前有一回回来的时候，楼管阿姨告诉她的，说踹一下就开了。 Carp：真的？？我不信。 （关门出去 ......
R语言非线性方程数值分析生物降解、植物生长数据：多项式、渐近回归、负指数方程、幂函数曲线、米氏方程、逻辑曲线、Gompertz、Weibull曲线
全文链接：https://tecdat.cn/?p=33742 原文出处：拓端数据部落公众号 简介 在选择最佳拟合实验数据的方程时，可能需要一些经验。当我们没有文献信息时该怎么办？我们建立模型的方法通常是经验主义的。也就是说，我们观察过程，绘制数据并注意到它们遵循一定的模式。 例如，我们的客户可能观 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
华为云盘古大模型加码生物医药，为行业插上“数字翅膀”
本文分享自华为云社区《华为云盘古大模型加码生物医药，为行业插上“数字翅膀”》，作者： 华为云社区精选 。 在21世纪科技浪潮中，人工智能与生物医药的交汇点日益显现。它能够以前所未有的方式解析、预测和改善生命健康。从基因编辑到智能诊断，从药物研发到个性化治疗，AI与生物医药的结合正开启一个全新的智慧医 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
掌探生物识别技术的奇妙世界
在我的技术探索之旅中，我一直对各种生物识别技术抱有极大的兴趣。最近，我特别关注了一种被称为“掌纹识别”或“Palmprint Recognition”的技术。在这篇文章中，我将与您分享我在这个领域的学习和发现，包括一些令人惊讶的历史事实和现代应用。 掌纹识别的探秘 在我的研究旅程中，我首先寻找了这个 ......
下载微生物数据（孟德尔随机化）
登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类 ，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog ......
生物信息学、生物统计学或者生物医学工程
本科动物医学想考研跨考到生物信息学、生物统计学或者生物医学工程，哪个容易些？ ChatBio-X 生物学/制药/医疗卫生/科研前沿/高考考研 谢邀@胡杨 创作声明：包含 AI 辅助创作 4 人赞同了该回答 这三个方向都是当前的热门学科，人才需求量大，就业前景确实都还挺不错。但是就课程设置来说，动物医 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
生物信息-转录组实验记录09/04
8.29 流程：使用Trimommatic 软件进行过滤，bwa构建参考基因组索引，bwa mem算法比对失败（sam文件无内容） 1. '[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs'：BWA在加载参考基因组索引时，未读取到任何备选（ALT）的con ......
5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在植物中，5mC DNA甲基化修饰（简称5mC甲基化）是一个重要而保守的表观基因标记，参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。茶树（Camellia sinensis(L.)O.Kuntze）是一 ......
8.28 A 星人是一种 OI 很强的生物
# [Mahjong](https://www.luogu.com.cn/problem/AT_arc160_d) > 找到可以通过以下两种操作，使得长度为 $N$、元素之和为 $M$ 的数列 $A$ 全为 $0$ 的 $A$ 的个数，再取模 $998244353$。 > 1. 在 $A$ 中选一个 ......
Nature 重磅！赖氨酸代谢介导组蛋白巴豆酰化重塑肿瘤免疫
胶质母细胞瘤（GBM）呈现出免疫抑制性的肿瘤微环境（抑制T细胞浸润、激活及作用），也限制了免疫疗法的疗效。在GBM中，胶质母细胞瘤干细胞（GCS）的自我更新会促进细胞分化并产生耐药性。氨基酸代谢会影响T细胞的活化和功能，限制氨基酸摄入可以有效抑制体内的肿瘤生长。赖氨酸代谢会产生多种生物活性物质，如巴 ......
易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 丹参（Salvia miltiorrhiza，S. miltiorrhiza）是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物，丹参的根会合成一组称为丹参酮（tanshinone）的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
PCoA（主坐标分析）的生物学文献中的描述
"我们进行了PCoA以可视化不同环境样本中微生物群落的β多样性。PCoA是一种多元统计方法，它将高维的微生物群落数据转化为二维或三维的坐标，以便我们能够更容易地观察样本之间的差异和相似性。通过PCoA，我们能够发现样本在坐标空间中的聚类和分散情况，从而更好地理解不同环境条件下微生物群落的结构变化。" ......
一个影响因子高的专业植物类文献通常包含以下关键要点
一个影响因子高的专业植物类文献通常包含以下关键要点，这些要点有助于确保研究的质量和重要性： 题目和摘要：文献的题目应该简明扼要地概括研究内容，摘要则提供了对研究问题、方法、结果和结论的概述。这两者都应该能够吸引读者的兴趣。 引言：引言部分应明确阐述研究的背景和动机，提出研究问题或假设，并讨论相关文献 ......
生物信息学的发展现状和展望
生物信息学的发展现状和展望 一、 什么是生物信息学： 1． 人类基因组计划与生物信息学 人类基因组计划（Human Genome Project,简称HGP）是美国科学家在1985年率先提出的，其目的在于阐明人类基因组DNA3×109核苷酸序列，破译人类全部遗传信息，HGP于1990年正式启动。随着 ......
生物信息学 (Bioinformatics) 医学/健康信息学 (Heath Informatics)
生物信息学 (Bioinformatics) 医学/健康信息学 (Heath Informatics) 生物信息学适合发paper，去高校科研院所有就业优势，尤其拿到博士学位后想找这样的体制内靠国家科研经费的工作。 医学信息学便it和工程，学好编程及医学一些业务基本工作不愁，想薪资高做移动互联网，再 ......