基因组 基因 植物
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
S2-#图像处理和特征提取，用于从茎图像中检测植物病害 ,matlab代码
S2-#图像处理和特征提取，用于从茎图像中检测植物病害 ,matlab代码这段代码是为了从黄麻植物茎的图像中提取疾病影响部分而实现的。实现并应用了不同的图像处理方法，如基于色彩的分割、形态分析(侵蚀、膨胀等)、斑点检测、最大连通分量、颜色共现方法、纹理分析等。利用多类支持向量机将提取的特征用于黄麻植 ......
代谢物在根际微生物群落与植物互作的重要作用
代谢物在根际微生物群落与植物的互作中发挥着重要作用，对于植物的生长、养分吸收和健康状态具有重要影响。以下是代谢物在根际微生物群落与植物互作中的几个关键作用： 信号物质传递：微生物产生的代谢物可以作为信号物质在植物与微生物之间进行通讯。这些信号物质可以触发植物的防御反应、激活特定基因表达以及调节植物的 ......
玉米根际微生物可分解土壤有机质、促进植物的养分吸收，还可以做什么？
除了分解土壤有机质和促进植物的养分吸收，玉米根际微生物还可以发挥以下功能： 生物控制植物病原菌：一些根际微生物具有抗菌活性，可以抑制植物病原菌的生长和繁殖，从而减少植物病害的发生。这些有益微生物可以通过竞争营养资源、产生抗生素和产生抗菌物质等方式发挥生物防治的作用。 促进植物生长激素的合成：一些根际 ......
Linux 中 shell 脚本实现根据gff统计每一个基因的转录本数目
001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/' | sort | uniq > gene.list 002 ......
玉米基因型不同导致其根系微生物群落不同
当进行宏基因组分析时，我们发现不同的玉米基因型可能会导致其根系微生物群落的不同。这种群落的变化可能与许多环境因素相关，例如土壤pH值、温度、湿度和养分含量等。 然而，最近的研究表明，玉米基因型也可能对其根系微生物群落的形成产生影响。例如，在一项研究中，研究人员对20个不同玉米基因型进行了分析，并通过 ......
不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析
标题：不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析 摘要： 本研究旨在探究吉林省农科院不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组特征。通过种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料，并设置三个生物学重复。分别在第四周、第六周、第八周和第十周采集土壤样本进行测序，以获取 ......
吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析
标题：吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析 摘要： 本研究旨在通过对吉林省农科院不同地点种植的B73和Mo17玉米材料进行宏基因组分析，探究它们在不同时间点和地点的土壤微生物群落组成和功能潜力差异。通过在三个地点种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料 ......
[植物记录] 2022秋
这里是2022年秋学期《校园植物识别与标本制作》课程中看到的植物。植物中文名称、科名、拉丁学名摘录自iPlant植物智。 八角金盘 Fatsia japonica. 五加科。叶片宽大，形状如手掌。“手树”的名字就是这么来的。 八角金盘 八角金盘 木犀（桂花） Osmanthus fragrans. ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
速递：易基因科技应邀在广东药科大学生物信息系讲课分享表观遗传学研究技术
2023年5月8日上午，深圳市易基因科技有限公司高级技术总监王君文应邀至广东药科大学医药信息工程学院生物信息系开展关于“基因组学时代：表观遗传学研究及DNA甲基化技术介绍”的线下讲座。讲座由生物信息系副主任任重鲁主持，众多学生积极响应参与。 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表 ......
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
02Prodigal基因预测
1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
数量生态学冗余分析（RDA）分析植物多样性物种数据结果可视化|数据分享|附代码数据
全文下载链接：http://tecdat.cn/?p=25564 最近我们被客户要求撰写关于冗余分析（RDA）的研究报告，包括一些图形和统计输出。 冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多因变量（multiresponse）回归分析的拓 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......