基因 高中 生物
易基因：WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关｜Genome Biol
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在一些真核生物中，DNA甲基化发生在基因编码区，称为基因体甲基化(gene body methylation，GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征，但基因体甲基化与转录抑制无关，其生物学重要性尚不清 ......
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）简介
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）一般包括以下内容：1. 数据概览：查看数据集的基本信息，包括数据的维度、特征的数量和类型等。2. 缺失值处理：检查数据集中是否存在缺失值，并根据情况进行处理，例如删除缺失值或使用合适的填充方法。3. 数据清洗：对数据进行清洗，包括去除重复值、处理异常值和噪声 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案 | 原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
基于深度学习框架的基因组预测新模型SoyDNGP
目录简介材料方法数据集SoyDNGP的模型结构比对模型的处理主要结果SoyDNGP在大豆基因组预测中展现了出色的能力大豆基因组预测中SoyDNGP与其他算法的性能比较SoyDNGP模型在不同大豆群体中的多功能预测能力SoyDNGP 在大豆之外的广泛应用SoyDNGP是一个面向大豆基因组预测的开放友好 ......
基因组选择中的SVM
支持向量机（Support Vector Machines, SVM）是一种广泛应用于分类和回归问题的监督学习方法。在基因组选择（Genomic Selection, GS）的背景下，SVM主要用于二分类或回归问题，目的是预测个体的遗传潜力。 SVM的基本原理： SVM试图找到一个超平面，这个超平面 ......
全基因组选择中的p>n
当独立变量（或特征）的数量超过样本（或观察值）的数量时，会遇到所谓的“p > n”问题。在此，"p"指的是特征数量，而"n"指的是观察或样本数量。这里的特征可以是基因型数据中的单核苷酸多态性(SNPs)等。 以下是“p > n”问题的几个关键点： 过拟合: 当特征数量超过样本数量时，模型更容易过拟合 ......
深度学习模型在基因组选择中的预测能力（统计、总结）
Gianola et al. [61]: 应用：基因组选择。 比较：多层感知器（MLP）与贝叶斯线性回归（BRR）。 结果：在小麦数据集中，随着隐藏层神经元数量的增加，MLP的预测能力提高。MLP对BRR的性能提高了11.2%至18.6%。在Jersey数据集中，MLP也超越了BRR，特别是在脂肪产 ......
基因分型数据与碱基序列的输入
基因分型数据和碱基序列的输入都是对DNA信息的编码，但它们的表达方式和所提供的信息不同。为了理解它们之间的联系，让我们首先明确这两者的定义： 基因分型数据： 基因分型数据通常是在特定的单核苷酸位置上（即SNP位置）对个体的DNA的描述。每个SNP位置可以有三种情况：两种纯合子和一种杂合子。例如，考虑 ......
基因组数据的缺失数据的处理和标准化或归一化
基因组数据的预处理和整合至关重要，特别是当考虑到数据的不完整性、不规则性和大尺度。以下是一个全基因组选择中，如何处理基因组数据并将其输入神经网络的步骤： 1. 缺失数据处理 在基因分型过程中，可能会产生缺失数据。处理这些缺失数据的方法有很多，其中一些常见的方法是： 均值填充：使用该基因标记在所有样本 ......
基因分型数据
基因分型数据是对一个个体在特定的DNA位点或基因座的等位基因组成的记录。换句话说，基因分型是描述特定位置上DNA变化的方法。 DNA和变异: DNA由四种碱基：腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(C)和鸟苷酸(G)组成。大部分人类的DNA序列是相同的，但某些位置上存在变异。这些变异点上的不同版本被 ......
在全基因组选择中，基因组数据是如何输入进神经网络中的
在全基因组选择（GS）中，通常使用基因分型数据，这些数据来源于一个组织或个体的DNA。这些数据通常是由高通量测序或基因分型技术得到的。为了将这些数据用作神经网络的输入，我们需要将它们转换为合适的格式。以下是这一过程的详细步骤： 基因分型数据: 通常，基因分型数据表示为二进制或三类变量。例如，对于一个 ......
基因组选择的贝叶斯方法
首先，理解以下基本概念： 先验分布 (Prior Distribution): 在没有观察到数据之前，我们对未知参数的信念或假设。例如，我们可能相信标记的效应大部分是接近0的。 数据 (Data): 这就是我们有的基因型和表型数据。 后验分布 (Posterior Distribution): 当我 ......
“饕餮的抉择”——软件工程选题报告（第七小组基因重组）
饕餮的抉择 ——软件工程选题报告（第七小组基因重组） 目录饕餮的抉择——软件工程选题报告（第七小组基因重组）一、项目目标及意义1.1背景调查1.2项目目标1.菜单界面：2.转盘决定功能：-官方转盘：-自定义转盘3.新品增加：4.线上支付：1.3项目意义二、可行性分析2.1技术分析2.1.1难度/难点 ......
植物基因组组装综述
目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组装测序技术发展与组装质量 基因组特征评估Survey 基因组大小、杂合度和重复序列含量是决定测序成本、组装难度和最终组装效果的最重要的几个特征。 全部测序read 中K-mer（在测序rea ......
科迪华数据科学家对基因组信息应用于植物育种的观点与建议
本文内容整理自科迪华农业科学公司（Corteva Agriscience）的数量遗传学家Alencar Xavier博士几年前做的报告。Alencar Xavier在统计遗传学方面的工作是基因组辅助育种，重点是数据驱动的植物育种的理论和计算方面，例如使用各种信息来源进行建模、预测和选择。其研究涉及使 ......
[AHOI2002] Kitty猫基因突变
我们不妨将所有权值打到一棵树上，这很容易想到。 考虑暴力，如果我们选择了 \(w\) 个点，修改后我们会从叶子节点依次合并去计算贡献。 很显然我们可以动态规划维护。 \(f[p][w][0/1/2]\) 表示选了 \(w\) 个点，后整个区间的状态为 \(0/1/2\) 。 0 和 1 表示整个区间 ......
基因组选择（GS）缩短育种周期
GS与传统表型选择（PS）的比较: Vivek等人进行的研究比较了玉米在干旱条件下的GS和PS。结果发现，使用PS时，每周期的收益是0.27 (t/ha)，而使用GS时增加到了0.50 (t/ha)。将这些值除以周期长度，干旱条件下的年遗传增益分别为0.067（PS）和0.124（GS）。 在最佳条 ......
农村高中生源转型期提升学生二次函数建模能力的课堂探究
高中数学的知识点较多，知识的概括性与抽象性也是尤其突出，这对学生理解知识的相关能力也是提出了较高的要求。高中教师运用数学知识进行建模教学，是针对自身对课堂中相关知识点理解与运用问题的总结，也是帮助学生理清知识架构、知识逻辑、运用方法、注意事项等方面的高效教学方式。建模教学法能够帮助学生反思所学课堂知 ......
怎么学生物？
怎么学生物？可以从化学的学习方法入手。 化学和生物是两门相像的学科。 为什么说生物像文科？因为生物它记背的东西多？我认为更加本质的原因是生物的逻辑，哦不生物没有逻辑。 高中生物这门学科不如说是建立在伪逻辑上的（其实连伪逻辑都没有多少），你需要背许多表面上没有关联的东西，我并不知道它们实际是否有联系， ......
易基因：基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子｜Science子刊
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑，在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后，相同潜能的上皮祖细胞（equipotent epithelial progenitors）产生功能明确的成体干细胞（adult stem cells，A ......
如何科学地分析高中学生成绩
科学地分析高中学生成绩需要综合考虑多个因素，包括学生个人素质、学习方法、学校教育环境等。以下是一个详细的分析过程，供参考： 一、学生个人素质分析： 1. 学习态度和动机：分析学生对学习的态度和动机是否积极主动，是否具有持之以恒的学习动力以及是否具备学习的目标感。 2. 自我管理能力：分析学生的时间管 ......
农村高中生源转型期提升学生二次函数建模能力的课堂探究
通过结合具体的数学问题，引导高中生深入分析问题，有效地构建求解问题的数学模型，可以使学生逐步掌握数学问题求解的基本思路以及模型建构的方法与注意事项。但是离开了反复训练，无法从根本上提升高中生的数学建模能力。因此，在平时的高中数学教学中，教师要注意结合数学教学的内容，有计划地指导学生开展数学建模训练， ......
8. 参考基因组
1. 背景引入 本小节开始讲述转录组测序的准备工作.因为做的是有参的基因组分析,所以首先是准备参考基因组、测序数据.当数据准备完成后,接下来是比对参考基因组,表达定量,合并成表达矩阵,差异表达分析. 上面是转录组分析的大致步骤,这节我们介绍的是参考基因组. 2. 准备参考基因组 2.1 下载参考基因 ......
生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
动动发财的小手，点个赞吧！ 简介 ABBA BABA 统计（也称为“D 统计”）为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据（例如来自全基因组测序或 RADseq）来测试基因渗入。 在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写的代码来 ......
易基因：ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制｜Plant Com
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
6. 简单基因家族分析
2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响. 下图是我们要得出的结论,我们发现FAD4在拟南芥中有3个拷贝 ......
当你和生物组的伙伴在一块
lyb：陪我回去拿个作业吧。 Carp：行。但是你咋开门呀。 lyb：山人自有妙计。 （到了他们班后门） lyb 咵叽一个右鞭腿，哐仓一个左正蹬，后门被踹开了。 Carp：6。 lyb：我们生物组一个同学之前有一回回来的时候，楼管阿姨告诉她的，说踹一下就开了。 Carp：真的？？我不信。 （关门出去 ......
高中数学 - 集合相关数学符号备忘
元素与集合 集合一般用A, B, C, D等这样的大写字母表示。常见的数集：C-复数集，R-实数集, N-非负整数集, Q-有理数集, Z-整数集 集合元素一般用a, b, c, d等这样的小写字母表示 元素a属于集合A，用a∈A表示 元素a不属于集合A，用a∉A表示 集合运算 两个集合的交集：∩ ......
高中数学 - 排列、组合
排列 从n个不同元素中取出m（m≤n）个元素的所有的排列情况。用表示 公式为： 示例A：从1，2，3，4这几个数字中，取2个数字组成2位数，有多少种情况。 组合 从n个不同元素中取出m（m≤n）个元素的所有的情况。用表示 公式为： 与排列的区别：取出的元素顺序如何没有影响。比如：示例A中，先取出1再 ......