干细胞 甲基 基因 肌肉
基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）的计算
基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）是两个不同的概念。一般而言，通过PLINK、GCTA等工具计算得到的比值比指的是等位基因比值比。 以下是基因型比值比和等位基因比值比的各自计算公式。假设有`a/a`，`A/a`，`A/A` ......
泛基因组的概念
001、 Tettelin 等 在2005 首次在细菌的研究中提出泛 基因组(pan-genome)的概念，指整个物种基因组序列的非冗余集合，其中包括存在于该物种几乎所有个体中的核心基因组(core genome)和仅在部分个体中存在的可变基因组(accessory/variable/dispens ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
基因测序技术 一二三代
开通黄钻 基因测序技术 基因测序技术 基因测序技术的发展前景非常可观，目前为止共出现了三代测序技术，第一代测序技术以Sanger为主；第二代测序是以Illumina为代表的一系列技术；第三代是以Pacific Biosciences[4]公司和 Nanopore[5]公司的单分子测序为代表的测序技术 ......
三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容
王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面，王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中，针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题，王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......
单细胞分析工具集 | 持续更新
镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 最新的主流单细胞分析工具集 Milo Differential abundance testing on ......
关于基因组选择（GS）中准确性（accuracy）和预测能力（prediction ability）的区别？
在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc ......
猎人基因: ADHD的另一面
我在科学的海洋中探索，期待着每一个未知的发现。然而，人类的大脑仍然是一个充满神秘和奥秘的领域。在这一次的探索之旅中，我将带你一起研究一种被称为注意力缺陷多动障碍（Attention Deficit Hyperactivity Disorder，简称ADHD）的情况。一些人称之为“猎人基因”，但这是否 ......
易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。人的 ......
易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA m5C修饰和翻译有 ......
P4795 [BalticOI 2018] 基因工程 题解
题目传送门：[Click](https://www.luogu.com.cn/problem/P4795)。 蒟蒻看见这道题，想了足足一个小时，过后顿有所悟，故作此篇。 首先，看到题目，光是数据就已经达到了 $\operatorname{O}(nm)$ 的级别，再看一看数据范围：$3 \leq n, ......
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后，多种数据格式多样本情况下，如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构： 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 - 单样本情况下各种格式数据的读取，读取后seurat对象的创建 - 多样本情况下各种格式数据的读取，读取后seur ......
易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......
泛基因组组装方法分类
001、迭代组装； 个体测序数据和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列，组装为contig，和参考基因组合并构成泛基因组。（依赖参考基因组） 002、map-to-pan； 个体测序数据组装成contig，然后和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列， 和参考基因组合并构成泛基因组。（ ......
使用 ARACNE 方法和合成数据集重建基因调控网络
在生物信息学中，基因调控网络的重建是一个重要的研究领域。这种网络可以揭示基因之间的相互作用，帮助我们理解生物系统的复杂性。在本文中，我将介绍如何使用 ARACNE 方法和合成数据集来重建基因调控网络。 ## ARACNE 方法 ARACNE（Algorithm for the Reconstruct ......
易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA结合蛋白（RNA-binding protein，RBP）是一类结构和功能多样化的蛋白质，参与多种生物过程。越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关 ......
烧死10亿脑细胞的SQL长啥样？
## 1 前言 今天在生产中碰到了一个让我十分费解的 SQL，十分有趣。 ## 2 现象 SQL 很好复现，就是逻辑看起来有点唬人 ``` postgres=# create table test(id1 int,id2 int); CREATE TABLE postgres=# insert in ......
细胞（bfs）
#include<bits/stdc++.h> using namespace std; int dx[4]={1,-1,0,0}, dy[4]={0,0,1,-1}; int bz[100][100]={1},num=0; char s[100][100],ch; bool vis[100][10 ......
基于 Graviton2处理器构建容器化基因分析工作负载
概述 相对于基于传统 x86架构的处理器来说，Amazon 设计的基于 ARM 架构的 Graviton 处理器为 EC2中运行的云工作负载提供了更佳的性价比。基于 Graviton2 的实例支持广泛的通用型、突发型、计算优化型、内存优化型、存储优化型和加速计算型工作负载，包括应用程序服务器、微服务 ......
易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域，包括N6-甲基腺苷（m6A）在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术，拓展了RNA表观遗传学研究 ......
流式细胞术做细胞周期分析 | Cell Cycle Analysis by Flow Cytometry
属于几大functional assays中的一个： Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS ......
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
生成式对抗网络在宏基因组研究中的应用
生成式对抗网络（GAN）在宏基因组研究中也有一些应用，以下是一些具体的应用领域： 宏基因组数据生成：宏基因组研究中，往往需要大规模的微生物组成和功能数据。使用GAN可以生成逼真的宏基因组数据，包括微生物的相对丰度、基因功能注释等，从而扩充数据集的规模和多样性。 数据降噪与去偏：宏基因组数据中存在大量 ......
生成式对抗网络与基因表达模拟
假设我们想要利用深度学习技术来进行基因表达模拟，主要目标是通过模型学习基因表达的规律，并生成合成的基因表达数据。以下是一个通俗易懂的举例： 假设我们有一个基因表达数据集，其中包含了许多基因的表达水平数据。我们想要训练一个深度学习模型，能够学习到这些基因表达数据的分布和规律，并且能够生成与之类似的合成 ......
基因与基因型的关系
基因（gene）是能够编码蛋白质或者RNA等具有特定功能产物的/负载遗传信息的基本单位，即有遗传效应的DNA片段 一个基因上有很多个位点，即碱基对ATGC，有某些位点杂合或纯合会导致不同的蛋白功能，从而变现出不一样的表型或症状，杂合或纯合就是不同的基因型 ......
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Tie::File; my %genes;my @lines; tie @lines, 'Tie::File', 'D:\\Desktop\\3.txt' or die "Cannot open file: $!\ ......
FlowJo 10 for Mac激活安装包分享 (流式细胞分析软件)
FlowJo Mac版是Mac平台上的一款流式细胞分析软件，FlowJo Mac版可以分析所有的流式仪产生的数据，简单易用， 功能强大，已经被领域内优秀的科学家，实验室广泛使用，是最好的流式数据分析软件，同时它也是各高影响力科学期刊使用最多的软 件，已经成了行业的一个标准。 软件下载：FlowJo ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......