病毒 穿山甲 病原体 基因组
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
L2-2 病毒溯源-Java
题目 L2-2 病毒溯源 病毒容易发生变异。某种病毒可以通过突变产生若干变异的毒株，而这些变异的病毒又可能被诱发突变产生第二代变异，如此继续不断变化。 现给定一些病毒之间的变异关系，要求你找出其中最长的一条变异链。 在此假设给出的变异都是由突变引起的，不考虑复杂的基因重组变异问题 —— 即每一种病毒 ......
L2 - 2 病毒溯源
代码 #include<iostream> #include<vector> #include<algorithm> using namespace std; const int N = 10010; vector<int>v[N]; bool isroot[N]; vector<int> path ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
团体天梯练习 L2-038 病毒溯源
#L2-038 病毒溯源 病毒容易发生变异。某种病毒可以通过突变产生若干变异的毒株，而这些变异的病毒又可能被诱发突变产生第二代变异，如此继续不断变化。 现给定一些病毒之间的变异关系，要求你找出其中最长的一条变异链。 在此假设给出的变异都是由突变引起的，不考虑复杂的基因重组变异问题 —— 即每一种病毒 ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
与chatGPT聊新冠病毒进化树作业
发现一个可以免费使用chatGPT的在线网站（https://cool-js.com/ai/chat/index.html#/），就试着让它帮助做一下本周的生物信息学作业。总的来说，chatGPT的输出结果基本还不错，但有些会有问题，可能需要提问要给出更明确的Prompt，毕竟还只是一个大语言模型。 ......
Python实现简易勒索病毒
一、勒索病毒 简单来说，勒索病毒就是通过加密受害者电脑的本地数据，向受害者勒索赎金的恶意软件。加密勒索软件的核心是加密算法，我自己实现的勒索病毒使用的就是安全度高破解难度大的RSA加密算法。RSA是一种非对称公钥加密算法，依赖于大质数分解难题，通过公钥无法轻易破解私钥。此demo的核心思想就是在攻击 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
Linux下使用ClamAV病毒查杀
一、介绍Clam AntiVirus 是一款 UNIX 下开源的 (GPL) 反病毒工具包，专为邮件网关上的电子邮件扫描而设计。该工具包提供了包含灵活且可伸缩的监控程序、命令行扫描程序以及用于自动更新数据库的高级工具在内的大量实用程序。该工具包的核心在于可用于各类场合的反病毒引擎共享库。主要使用Cl ......
mallox勒索病毒数据恢复|金蝶、用友、管家婆、OA、速达、ERP等软件数据库恢复
勒索病毒是一种极具破坏力的网络攻击方式，它可以对企业关键数据进行加密和锁定，从而使企业无法正常工作和生产。mallox勒索病毒及xollam勒索病毒，它从2022年开始在全球范围内蔓延，并对企业造成了损失。面对这种情况，企业需要迅速采取措施，及时恢复数据，保护企业正常运营。因此，91数据恢复作为专业... ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
BF算法的实现：病毒感染检测
一、问题引入 **BF（Brute-Force）算法**介绍了BF算法的具体实现，但并未结合具体案例。 本随笔就是结合案例（病毒感染检测）对BF算法进行结合分析。 案例4.1: 病毒感染检测 医学研究者最近发现了某些新病毒， 通过对这些病毒的分析， 得知它们的 DNA 序列都是环状的。现在研究者巳收 ......
对眼，傻是遗传与基因的问题吗
今天是4月5日，因老家旧房子翻新装修，陪我的母亲去逛石材店铺，在城中村的一家石材店铺，见到一位1米5的老板，挺着大肚子，衣衫不整，他的家中破败不堪，似窝棚搭起的房子中，用纸隔板隔离出了几个房间，他家有3个儿子，无一例外每个儿子都是对眼儿，更有甚至，其中的2个儿子明显傻乎乎的，行为举止有异于常人。 如 ......
易基因： oxRRBS+RRBS揭示炎症性肠病导致发育异常的表观遗传机制｜甲基化研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2020年12月31日，美国明尼苏达大学Natalia Y. Tretyakova教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“Multi-Omics Characterization of Inflammatory Bowel ......
易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序 高通量单细胞DNA甲基化测序简介 单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受 ......
devos勒索病毒解决方法|勒索病毒解密|勒索病毒恢复|数据库修复
目录 引言 一、了解什么是devos勒索病毒？ 二、devos勒索病毒的传播方式 三、感染了devos勒索病毒解决方法 四、如何防范devos勒索病毒？ 五、结语 引言 随着数字时代的来临，企业在数据采集、处理、存储等方面进行了大量投资，数据已经成为了企业最重要的资产之一。但是，这些数据的安全性 ......
转录组学：解析基因表达的新视角
摘要：转录组学是一门研究全套转录产物（包括 mRNA、非编码 RNA 和其他 RNA 类型）的科学，旨在揭示基因表达调控机制及其在生物过程和疾病中的功能。本文将对转录组学的发展历程、主要技术方法、研究领域以及面临的挑战进行概述，以期为生物和医学科研工作者提供一个全面的转录组学认识。 1.引言随着高通 ......
易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。 研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险， ......
mysql数据库勒索恢复 mysql数据库被黑恢复 mysql数据库被.devos勒索病毒加密
mysql数据库勒索恢复 mysql数据库被黑恢复 mysql数据库被.devos勒索病毒加密 数据类型 mysql 5.7 数据容量 1 GB 故障类型 mysql被.devos勒索病毒加密，所有文件包含数据库ibd文件被勒索病毒加密 修复结果 使用极佳mysql数据库恢复工具从.devos勒索病 ......