科研进展 二价 表观 基因
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
一个科研菜鸡的救赎之路
为了监督自我学习 为了顺利科研毕业 为了广泛学术交流 我在此发表第一篇博客，同时会在github,gitee以及科研平台上与志同道合的朋友们分享我的科研学习之路 我的兴趣在于与大家交流，人工智能和药物设计有关内容包括但不限于（AIDD，CADD，AIGCD等） ......
Linux 中 shell 脚本实现根据gff统计每一个基因的转录本数目
001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/' | sort | uniq > gene.list 002 ......
玉米基因型不同导致其根系微生物群落不同
当进行宏基因组分析时，我们发现不同的玉米基因型可能会导致其根系微生物群落的不同。这种群落的变化可能与许多环境因素相关，例如土壤pH值、温度、湿度和养分含量等。 然而，最近的研究表明，玉米基因型也可能对其根系微生物群落的形成产生影响。例如，在一项研究中，研究人员对20个不同玉米基因型进行了分析，并通过 ......
不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析
标题：不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析 摘要： 本研究旨在探究吉林省农科院不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组特征。通过种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料，并设置三个生物学重复。分别在第四周、第六周、第八周和第十周采集土壤样本进行测序，以获取 ......
吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析
标题：吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析 摘要： 本研究旨在通过对吉林省农科院不同地点种植的B73和Mo17玉米材料进行宏基因组分析，探究它们在不同时间点和地点的土壤微生物群落组成和功能潜力差异。通过在三个地点种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料 ......
实验二 电子传输系统安全-进展1
所写文档 防御 SQL 注入 实现登录口令密态存储和身份认证 本周计划 继续推进登录口令密态存储和身份认证的工作，争取全部解决 目前的文件虽然写了密级，但并没有加密，需要找一种算法去加密那些带密级的文件 学习访问控制相关的知识，设计一套方案，使用户只能按权限查看对应密级的文件 码云链接 https: ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
速递：易基因科技应邀在广东药科大学生物信息系讲课分享表观遗传学研究技术
2023年5月8日上午，深圳市易基因科技有限公司高级技术总监王君文应邀至广东药科大学医药信息工程学院生物信息系开展关于“基因组学时代：表观遗传学研究及DNA甲基化技术介绍”的线下讲座。讲座由生物信息系副主任任重鲁主持，众多学生积极响应参与。 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表 ......
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
23基于java教师科研项目管理系统
基于java教师科研项目管理系统，可用于高校创新项目申报平台，大学项目申报平台，高校大创项目申报，大学生创新项目申报，高校科研管理平台，科研管理平台，技术类项目申报,互联网+项目申报系统； ......
网盘教育专享版，助力高校信息化和科研
01****教育专享免费版 腾讯云企业网盘旨在帮助教育行业实现文件的高效管理、安全存储和便捷分享，提升教育工作的效率和质量。现推出教育专享免费版，学校的信息中心、各个学院和组织，均可获取【套餐规格为：用户人数 30人 / 存储容量 3T / 有效时间 3个月】的免费体验，熟悉网盘服务，助力学校信息化 ......
20基于java的科研管理系统设计与实现
为解决传统高校科技管理工作中存在的信息失误率高、传递速度缓慢等一系列缺陷,设计开发了基于Java EE的高校科技管理系统，为高校科技管理工作提供了极大的便利。同时还可以用于大创项目，政府类的创新类项目，科研类项目申报管理系统平台，互联网+项目申报系统。 ......
02Prodigal基因预测
1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
科研小白的小帮助
面向超级小白记录一些内容，是我曾经犯傻的内容。希望能帮助到大家。 关于服务器使用： 我用的是pycharm+mobaxterm。同门用的vscode。 服务器没网怎么办？如果在校园网内用ccproxy，如果不在校园网内用clash+mobaxterm的隧道，参见校园网内无外网的服务器，通过代理连外网 ......
隧道全幅表观产品开发日志（一）旧版软件的修改日志
好久没写博客了，上一次写还是在上一家公司 现在在的这家公司目前做的是隧道内的探伤项目，我现在主要的工作是做工控机，也就是控制各种硬件组织作业。 目前的产品架构见https://github.com/LeventureQys/South_Gathering_Doc 中多设备采集软件相关内容，这篇文章仅 ......
【饮食与健康】【AIGC创作】表观生理年龄逆转指北
一、引言 我们都知道，岁月不饶人，但是谁又不想在岁月的长河中留下青春的容颜呢？在这个人人都追求健康和美丽的时代，我们的生活节奏却愈发紧张，高压的工作和不规律的作息让我们的身体时刻处于亚健康状态。这时候，你是不是开始想：“要是有一个方法能让我变年轻，那该有多好啊！”好消息是，科学家们已经找到了一个办法 ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
多项目并行，如何用飞项快速获取关键信息与进展？
在企业中，多项目并行是常态。 项目经理身兼数职，既要掌握多个项目的关键信息，也要关注卡点与延期风险，跟踪关键任务进度。但常常存在与多个项目负责人对接信息延迟、环节卡点不清晰、文件繁多凌乱导致效率底下的问题。 今天就来说说项目经理如何使用飞项高效管理多个项目，一起来看看吧！ 一、搭建项目组看板，快速汇 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
GPT-4会自己搞科研并教人类做实验
GPT-4 等大模型组成的 AI 智能体，已经可以手把手教你做化学实验了，选啥试剂、剂量多少、推理反应会如何发生，它都一清二楚。颤抖吧，生化环材圈！ 不得了，GPT-4 都学会自己做科研了？ 最近，卡耐基梅隆大学的几位科学家发表了一篇论文，同时炸翻了 AI 圈和化学圈。 他们做出了一个会自己做实验、 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......