科研进展 二价 表观 基因
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
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科研经费
原经费预算数JS PC: console.log(' 开始 '); // 获得元素 // 直接金额 var ysje1 = mini.get('YSJE1'); var tzs1 = mini.get('TZS1'); var tzh1 = mini.get('TZH1'); var ysje1DX ......
科研笔记
$$7.6$$ 开始接触科研，决定按目标导向性进行相关学习和探究。 首先是三个方面的不断探索：工具学习、文献阅读和科研探究。 工具需要学习PyTorch，目前做笔记使用博客园进行，文章的分类管理等都需要进一步细化整理，电子笔记等尚需要进一步探索。 笔记整理体系迫切需要完善便于之后形成统一的体系进行学 ......
常用的生物医学科研工具合集
常用的医学分析和科学绘图合集 专业的医学分析和科研绘图在医学研究、临床实践和教育培训中起到重要的作用，可以提高医学专业人员的工作效率和决策质量，同时也促进医学科学的发展和进步。 详细的资源及不停更地址： 科研常用资源合集 Fiji ImageJ Fiji自动包含了各种有用的插件，而ImageJ1需要 ......
分面火山图--分别展示top25的基因
点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
GraphPad Prism 9-科研医学数据绘图分析mac/win版
GraphPad Prism 9是一款功能强大、易于使用的科研和医学数据处理软件。它可以帮助研究人员进行数据可视化、统计分析和实验结果解读，提供了广泛的功能和工具，使得数据呈现更直观且易于理解。 →→↓↓载GraphPad Prism 9 mac/win版 Prism 9的主要特点之一是其直观的用户 ......
GSVA | 基因集变异分析 | 基因集通路打分
前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当于设置了一个House keeping g ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
Inducible shRNA | 可诱导的shRNA基因敲除技术
前言 什么是siRNA，什么是shRNA？Small interfering RNA (siRNA)，Small hairpin RNAs (shRNA) 什么是可诱导shRNA？ 该系统工作的核心原件有哪些？Dicer、Ago、RNA-Induced Silencing Complex (RISC ......
PCR Genotyping | 利用PCR来确定基因型
前面已经利用了PCR做了一些核心的实验： 目标区域扩增 实时定量mRNA 这里的目的还是目标区域扩增，不过material不再是细菌DNA，而是human cancer cell line的DNA（只需要几千细胞即可）。 Kits和protocol： 2X Phire Tissue Direct P ......
易基因：近期染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）研究成果｜项目集锦
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作（DNA-Protein Interactions，DPIs）是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。本期以科研内容为序 ......
根据SRA号和参考基因组统计测序的X数
以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目 测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t ......
如何统计参考基因组的大小
以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 ......
R数据分析：解决科研中的“可重复危机”，理解Rmarkdown
不知道刚接触科研的大伙儿有没有这么一个感觉，别人的研究很大可能你重复不出来，尤其是社科实证研究，到现在我都还觉得所谓的实证是个很玄乎的东西； 如果是刚开始做数据分析，很多时候你会发现自己的分析结果过几天自己都重复不出来。反正我自己是有这样的经历的。有可能是某一步操作忘记了，自己都不知道，尤其是用菜单 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
DSP TMS28069永磁同步电机控制代码科研类项目，具有原理图，DSP代码：代码风格工整，注释齐全，SPWM式驱动
DSP TMS28069永磁同步电机控制代码科研类项目，具有原理图，DSP代码：代码风格工整，注释齐全，SPWM式驱动，内部具有很好的数字滤波器算法，已经小批量生产并试运行，具有速度环，电流环双闭环控制，电机位置传感器为旋转变压器，算法完整。DSP TMS28069是一种数字信号处理器，用于控制永磁 ......
植物全基因组选择（GS）研究进展
[toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。  圆满落幕。会议由中国人工智能学会、中国图象图形学学会主办，江南大学和无锡国家高新技术产业开发区管理委员会承办。超五千名专家学者、知名高校师生以及来自OPPO、华为、百度、合合信息等科... ......
从实验中学习ResNet模型：在视频处理任务中取得显著进展
[toc] 40. "从实验中学习ResNet模型：在视频处理任务中取得显著进展" 在视频处理任务中，ResNet模型已经取得了显著进展。ResNet模型是一种深度残差块神经网络，它是由ResNet系列模型发展而来的，被广泛用于图像和视频处理领域。在本文中，我们将介绍ResNet模型的基本概念、实现 ......
【热门博客文章30】元宇宙与虚拟现实教育科研：推动学术发展
[toc] 【热门博客文章30】元宇宙与虚拟现实教育科研：推动学术发展 随着人工智能技术的不断发展，虚拟现实技术也在不断演进，特别是元宇宙技术的的出现，使得虚拟现实技术在教育科研领域有了更加广泛的应用前景。本文将介绍元宇宙和虚拟现实技术在教育科研中的应用，并探讨它们如何推动学术发展。 ## 1. 引 ......
易基因：组学研究揭示不同牛品种的DNA甲基化、染色质和基因表达互作机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在全球范围内，牛为60多亿人提供了重要的营养来源。传染病是养牛生产的主要限制因素，且许多疾病人畜共患，因此与人类健康直接相关。近年来牛的许多复杂性状遗传基础得到了广泛研究，但不同动物的大量重要表型变化仍无法解释，人们越来越关注非遗传变异 ......
基于无监督深度学习的电子健康档案数据挖掘技术研究进展
基于无监督深度学习的电子健康档案数据挖掘技术研究进展 摘要 介绍自编码器、生成式对抗网络、BERT等无监督深度学习方法，阐述其在电子健康档案数据挖掘领域中的应用及其挑战，指出无监督深度学习技术能够加速医疗知识发现和临床决策支持，促进个性化医学发展。 1. 引言 电子健康档案（Electronic H ......
题解 P9196【[JOI Open 2016] 销售基因链】
套路题，来讲个套路解法。 如果没有后缀的要求，答案就是 trie 树的子树内字符串数量。现在加上了后缀，尝试继续使用 trie 树解决问题。 我们建立两棵 trie 树 $T_1,T_2$，其中 $T_1$ 是正常的 trie 树，$T_2$ 是每个字符串翻转后的 trie 树。这样的话，包含给定后 ......
易基因：NAR：ChIP-seq等揭示蛋白质酰基化与c-di-GMP协同调控放线菌发育与抗生素合成机制｜项目文章
易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《Nucleic Acids Research》 大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年06月07日，华东理工大学生物工程学院和生物反应器工程国家重点实验室叶邦策教授和尤迪副教授为共同通讯作者、博士生符瑜为第一作者以“A ......