蛋白 单细胞 蛋白质spectrometry

原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......

Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics Development is commonly regarded as a hierarchical branching pro ......

动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......

名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass ......

转载自 分类和作用机制 根据发育来源，Treg细胞可分两类：一类是天然产生的自然Treg（nTreg），主要在胸腺分化里发育而来，算是富二代。另一类是经诱导产生的适应性Treg（iTreg），是由初始CD4+T细胞（Th0）经抗原刺激后分化发育而来，算是白手起家，肿瘤微环境中的Treg主要就是指iT ......

目录MaxQuant基本原理MaxQuant使用MaxQuant实操 MaxQuant基本原理 MaxQuant使用 MaxQuant实操 更多信息请关注： ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......

免疫细胞浸润百分比堆积条形图 该条形图展示的是每个TCGA的肿瘤样本中各个免疫细胞所占的比例。 输入数据 该输入数据的每一行显示的是一个TCGA的肿瘤样本中各个免疫细胞所占的比例。每一行的数据用制表符“\t”分隔。 input.txt 代码 setwd("") #工作目录 ## 读取文件，整理 da ......

单细胞是必须要做的 细胞系没有做单细胞的必要，除非是Perturb-seq； 其次就是Patient或Mouse derived Organoid了； 最后就是纯in vivo的Mouse，这个周期长门槛高； 重点来讲一下肠道类器官 Hans clever，鼻祖，YT上有ibiology的教学，可以 ......

双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......

测序需要新鲜的样本，样本放到组织保护液中 ......

我需要的信息 代码，论文 不考虑共价键，每个点包括了六种原子信息，包括xyz坐标，范德华半径，原子重量以及来源（1是蛋白质，-1是配体）。原子坐标被标准化，其它参数也被标准化。对不足1024个原子的的复合体，补0到1024。 增加考虑的原子从1024到2048，没有提升，增加原子信息通道，没有提升（ ......

Co-IP全称Co-Immunoprecipitation，中文学名免疫共沉淀，是一种以抗体和抗原识别专一性为基础，用于研究蛋白质之间相互作用的经典方法。 通俗点来说，假设我们需要研究样品中A蛋白和B蛋白之间是否存在一些相互作用，首先我们通过合适的方法处理样本，将蛋白提取出来（同时不能破坏蛋白之间的 ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......

ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣，可以去做MSA，https://www.uniprot.org/uniprotkb ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......

脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜，然而，从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里，我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网（ER）传递磷脂酸（PA）到叶绿体中的结构基础，以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5 ......

在我的科学探索之旅中，我深入挖掘了神秘而令人着迷的细胞世界。我尝试了解这个微观世界的各种奇迹和困惑，从细胞的再生能力到细胞的可塑性和干细胞技术的潜力。下面，我将与你分享我在这次旅程中的见解和发现。 ## 神秘的神经细胞：更新与替换的奇迹 我首先探索了神经细胞的世界。我很惊讶地发现，与长期以来的科学共 ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......

胶质母细胞瘤（GBM）呈现出免疫抑制性的肿瘤微环境（抑制T细胞浸润、激活及作用），也限制了免疫疗法的疗效。在GBM中，胶质母细胞瘤干细胞（GCS）的自我更新会促进细胞分化并产生耐药性。氨基酸代谢会影响T细胞的活化和功能，限制氨基酸摄入可以有效抑制体内的肿瘤生长。赖氨酸代谢会产生多种生物活性物质，如巴 ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......

笔者正在调研市面上的蛋白表示方法，论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St ......

镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 最新的主流单细胞分析工具集 Milo Differential abundance testing on ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA m5C修饰和翻译有 ......

这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后，多种数据格式多样本情况下，如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构： 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 - 单样本情况下各种格式数据的读取，读取后seurat对象的创建 - 多样本情况下各种格式数据的读取，读取后seur ......

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......

#### 1. 第一种数据格式为protein.fa（translated.fa） 和 gene.gtf文件，序列信息如下 ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/1775879/202307/1775879-20230731150638409-1442956648 ......

## 1 前言 今天在生产中碰到了一个让我十分费解的 SQL，十分有趣。 ## 2 现象 SQL 很好复现，就是逻辑看起来有点唬人 ``` postgres=# create table test(id1 int,id2 int); CREATE TABLE postgres=# insert in ......

#include<bits/stdc++.h> using namespace std; int dx[4]={1,-1,0,0}, dy[4]={0,0,1,-1}; int bz[100][100]={1},num=0; char s[100][100],ch; bool vis[100][10 ......