蛋白 单细胞 蛋白质spectrometry
流式细胞术做细胞周期分析 | Cell Cycle Analysis by Flow Cytometry
属于几大functional assays中的一个： Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS ......
dTAG蛋白降解系统
非常火的一个由DFCI开发的药物系统，原理就是蛋白降解，在实验室里就在目标蛋白后面加一个尾巴，它会连接到泛素化降解系统，从而降解目标蛋白。 dragging a protein of interest (POI) to a E3 ligase for degradation like dTAGv1， ......
FlowJo 10 for Mac激活安装包分享 (流式细胞分析软件)
FlowJo Mac版是Mac平台上的一款流式细胞分析软件，FlowJo Mac版可以分析所有的流式仪产生的数据，简单易用， 功能强大，已经被领域内优秀的科学家，实验室广泛使用，是最好的流式数据分析软件，同时它也是各高影响力科学期刊使用最多的软 件，已经成了行业的一个标准。 软件下载：FlowJo ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
FlowJo 10 Mac流式细胞分析软件
FlowJo 10是一款全功能的流式细胞分析软件，专为实验室和科研工作者设计，具有强大的荧光成像、数据分析和可视化功能。在 FlowJo 10中，用户可以创建自己的流式细胞仪并与其他实验室人员分享，同时通过标准的报告格式和图形化界面进行数据分析。FlowJo 10 Mac版还可以与 LabVIEW/ ......
小鼠大小肠表皮细胞 | 单细胞测序
2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro ......
流式细胞文件（.fcs）结构简介
FCS一个完整的数据集主要有以下几部分： 头段（必须） 从数据集的第一个字节开始，文件的第一个数据集是从文件的第一个字节开始，最小长度为58个字节。 以ASCII码解析。 记录内容包括文件版本号（0~5共6字节）、文本段开始字节位（10~17共8字节）、文本段结束字节位（18~25共8字节）、数据段 ......
体细胞突变检测分析流程-系列1（ WES&Panel）
Sentieon●体细胞变异检测-系列1 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......
加速体细胞突变检测分析流程-系列2（ctDNA等高深度样本）
Sentieon●体细胞变异检测系列-2 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
易基因：NAR：ChIP-seq等揭示蛋白质酰基化与c-di-GMP协同调控放线菌发育与抗生素合成机制｜项目文章
易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《Nucleic Acids Research》 大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年06月07日，华东理工大学生物工程学院和生物反应器工程国家重点实验室叶邦策教授和尤迪副教授为共同通讯作者、博士生符瑜为第一作者以“A ......
比较新冠病毒与蝙蝠和穿山甲冠状病毒基因组/蛋白序列比对，更好地了解COVID-19病原体SARS-CoV-2的起源与进化
比较新冠病毒与蝙蝠和穿山甲冠状病毒基因组/蛋白序列比对，更好地了解COVID-19病原体SARS-CoV-2的起源与进化 作者：王怡然 石育 赵月馨 沈讯 摘要：在新冠病毒COVID-19大流行的时代背景下，病毒的遗传信息对于其分类和可追溯性及其致病性至关重要。在全基因组水平上，SARS-CoV-2 ......
基于多源生物信息发现新蛋白并对E18分析
摘要：挖掘必要的蛋白质对于发现细胞的组织和生存过程至关重要。目前，检测必需蛋白质的计算方法很多。然而，这些现有的方法只关注网络的拓扑信息，而忽略了蛋白质的生物信息，导致对必需蛋白质的识别准确率较低。因此，本文提出了一种新的关键蛋白质预测策略，称为DEP-MSB，它综合了多种生物信息，包括基因表达谱、 ......
蛋白质概念
蛋白质是由氨基酸组成的。氨基酸是一类有机分子，它们包含一个氨基基团（NH2）、一个羧基基团（COOH）、一个氢原子以及一个侧链（R基团）。在蛋白质中，多个氨基酸通过肽键连接在一起形成多肽链，进而折叠成特定的三维结构。 有20种常见的氨基酸参与蛋白质的合成。这些氨基酸在结构上有所不同，主要是由于它们的 ......
蛋白质是如何生成的
蛋白质的生成过程称为蛋白质合成或蛋白质生物合成，它发生在细胞内的核糖体中。蛋白质合成包括两个主要的步骤：转录和翻译。 转录（Transcription）： 转录是指将DNA中的基因信息转录成RNA的过程。在细胞核中，DNA的两条链解开，其中一条链作为模板，由RNA聚合酶酶依据碱基配对原则合成与DNA ......
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势 1. 引言 蛋白质是生物大分子，在生物体内执行运输分子、响应刺激、为细胞提供结构以及催化代谢反应等基本功能。蛋白质包含通过肽键连接的一条或多条氨基酸残基长链。在自然环境中，蛋白质通常自发折叠成特定的三级结构，其中每个原子在分子的三维空间中占据独特的位置。驱动蛋 ......
人CREB蛋白的生物信息学分析
小组成员：潘情情 2010020113（文献查找、论文撰写背景介绍部分、小组展示PPT制作）杨可 2010020125（文献查找、论文撰写材料与方法部分）丁欣玥 2010020101（文献查找、论文撰写材料与方法部分）徐诺 2010020114（文献查找、论文撰写讨论与结论部分、小组展示演讲） 结合 ......
蛋白质结构生物信息学
蛋白质结构生物信息学 参与人员：张航22020080140 白艳梅22020080001 徐旭22020080135 张章晟22020080144 摘要：蛋白质结构生物信息学有很多功能，可以进行蛋白质建模、蛋白质对接、蛋白质分子动力学和蛋白质相互作用。本博文简要介绍了蛋白质结构生物信息学的主要领域， ......
硒蛋白的生物信息学
硒蛋白的生物信息学 李思思 孟琪 金伟萍 摘要：生物信息学为硒的研究领域带来了重要的启示。过去二十年来，随着基因组资源的不断增长，计算工具的发展取得了进展，为研究硒蛋白提供了新的机会。本文综述了硒蛋白基因发现和其他硒生物学研究的生物信息学方法。最近的进展完整的硒蛋白组的可用性可以评估在整个生命树中硒 ......
生物信息学在蛋白质组学中的应用
生物信息学在蛋白质组学中的应用 朱贺 何博文 朱思颖 周雨薇 1 蛋白质组学 1.1 概述 蛋白质组学（Proteomics）从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，从而揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律，其逐渐成为当前生物学研究的热点和突破 ......
蛋白质的结构的预测与 TCP 转录因子家族功能冗余分析
蛋白质的结构的预测与 TCP 转录因子家族功能冗余分析 生物信息学伴随着人类基因组计划的发展而产生，生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、加工、储存、分配、分析、解释等在内的所有方面，它运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量的数据所包含的生物学意义。生物信息学是生命科学领 ......
生物信息学-新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析
新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析 食硕2201班 汪睿劼 22020080043 食硕2201班 张 琦 22020080063 食硕2201班 孙 允 22020080037 食硕2201班 韩秋雨 22020080043 摘要：新型冠状病毒SARS-CoV-2 引发的 ......
蛋白质从头测序技术
1 引言 测序技术能够为研究学者带来大量的测序数据，而测序技术的不断优化使得测序数据更加准确。从头测序是一项不依赖于任何已知或参考序列的测序技术，它利用生物信息学分析技术将序列片段进行拼接、组装以实现整个序列的鉴定，可用于未知基因组、转录组和蛋白质的全序列分析。 在蛋白质组学中，利用串联质谱对肽段序 ......
易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberis aristata）和黄连（Coptis chinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞 ......
蛋白质测序学习
蛋白质有四级结构，基本单位是氨基酸。氨基酸的分子结构通式为一个氨基-NH2、一个羧基-COOH、一个氢原子-H、一个侧链R基团连接在同一个碳原子上。根据R基团的不同，氨基酸分为20种。氨基酸之间羧基和氨基通过脱水缩合形成肽键-CO-NH-连接在一起,多个氨基酸最终形成一条肽链，肽链上氨基酸的排列顺序 ......
贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......
第3关 动手实现逻辑回归 - 癌细胞精准识别
# -*- coding: utf-8 -*- import numpy as np import warnings warnings.filterwarnings("ignore") def sigmoid(x): ''' sigmoid函数 :param x: 转换前的输入 :return: 转 ......
最常见的组蛋白修饰及发现位置
最常见的组蛋白修饰及发现位置 参考资料： https://www.abcam.cn/epigenetics/histone-modifications-2 https://www.abcam.com/epigenetics/histone-modifications https://www.acti ......
贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......