坐标 碱基 基因组 基因
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
测绘与设计之间的鸿沟：坐标系，看图新地球软件如何巧妙化解
一、背景 2008年，我国推出了2000国家大地坐标系（以下简称国家2000坐标系），截至2022年，国家2000坐标系在自然资源领域已经取得了较高的普及率，但在工程建设领域的普及率依旧比较低，很多工程项目仍然在沿用五花八门的地方坐标系。 二、设计行业用户痛点 中科图新接触过大量的设计院用户，他们经 ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
坐标转换实验
现在有位于第四象限的数据： a=[1,-1;2,-2;3,-3;4,-4;5,-5]; 画出这个图像： 预测的结局是： 坐标轴是顺时针旋转α角度和逆时针旋转2*pi-α，结果是一样的。 代码是： a=[0,0;1,-1;2,-2;3,-3;4,-4;5,-5]; % 画出散点a的二维图像 close ......
2023年4月最新全国省市区县和乡镇街道行政区划矢量边界坐标经纬度地图数据 shp geojson json
发现个可以免费下载全国 geojson 数据的网站，推荐一下。支持全国、省级、市级、区/县级、街道/乡镇级以及各级的联动数据，支持导入矢量地图渲染框架中使用，例如：D3、Echarts等 geojson 数据下载地址：https://geojson.hxkj.vip 该项目 github 地址：ht ......
经纬度坐标小数位与精度的对应关系
纬度不变 经度相差1的情况 测试结果如下： 小数点后6位，精度：0.1米 0.10139558886691133 小数点后5位，精度：1米 1.0139558860891593 小数点后4位，精度：10米 10.139558845411655 小数点后3位，精度：101米 101.395588466 ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
地图开发中的坐标系系统(二)
04-地图开发中的坐标系系统(二) 因为投影方式的不同，所以并没有一个严格的标准且统一的方式来表述某个点的位置。当没有统一标准的时候，就会存在很多体系标准，而当各种体系标准变得庞大且失去统一管理的时候，人们想将不同体系之间的坐标互相转化的话就会变得异常困难。EPSG就是来管理这些坐标体系的一个组织。 ......
WKT（Well-known Text）描述坐标系
地理坐标系 GEOGCS["WGS 84", DATUM["World Geodetic System 1984", SPHEROID["WGS 84", 6378137.0, 298.257223563, AUTHORITY["EPSG","7030"]], AUTHORITY["EPSG","6 ......
Cesium中的坐标类型及转换
06-Cesium中的坐标类型及转换 1、屏幕坐标 屏幕坐标是平面直角坐标系，是二维笛卡尔坐标系。Cesium中使用Cartesian2来描述屏幕坐标系构造函数是new Cesium.Cartesian2(x, y)。具体是鼠标点击位置距离canvas左上角的像素值。屏幕左上角为原点（0.0），屏幕 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
地图开发中的坐标系系统(一)
03-地图开发中的坐标系系统(一) （1）地理坐标系与投影坐标系的定义 众所周知，地球不是一个标准的球体，而是一个近似的椭球体，越靠近赤道则越宽。既然是一个三维物体，那么进行坐标系定位一般来说需要 x，y，z 一个三维坐标系来定义。但是为了更好的在球面上进行定位，所以就采取了使用经纬度的方式，在 G ......
将坐标轴设定到原点位置
(47条消息) matlab xaxislocation,x轴和y轴位置_云筱竹的博客-CSDN博客 x轴位置 set(gca,'XAxisLocation','bottom'); %将x轴的位置设置在底部(默认)。 set(gca,'XAxisLocation','top'); %将x轴的位置设置 ......
【ArcPy】如何在ArcPy创建要素中生成精准的XY坐标？解决精度损失问题
使用ArcPy创建要素的代码段前面有发布，【arcpy】创建点、线、面（孔洞、环、多部件）要素、要素类 Q：这些代码里创建要素后会存在XY精度损失的问题，如何解决？ A：解决方案是在创建要素过程中指定正确的空间参考。 答案来自 geometry - How to handle coordinates ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
【位姿估计】相机坐标系转换
Converting camera poses from OpenCV to OpenGL can be easy 参考链接 https://medium.com/check-visit-computer-vision/converting-camera-poses-from-opencv-to-o ......
MFC-CopyRect将一个矩形的坐标拷贝到另一个矩形中
HDC hdc = ::GetDC(m_hWnd); RECT rect = { 10,10,50,100 }; RECT rect1; HBRUSH hbr; hbr = CreateSolidBrush(RGB(0, 0, 255)); SelectObject(hdc, hbr); BOOL ......
MFC-SetRectEmpty将矩形各个坐标设置为0
RECT rect = { 10,10,50,100 }; BOOL b=SetRectEmpty(&rect); //将矩形各个坐标设置为 0 /* 参数1：LPRECT lprc 指向 RECT 结构的指针 返回值：如果该函数成功，则返回值为非零值。如果函数失败，则返回值为零 */ ......
平行坐标可视化
参考自《数据挖掘概念与技术》。 对于有$m$个特征，$n$个样本的数据，平行坐标可视化图中，横轴均匀列出$m$个特征，每个特征生成一个纵轴，其中每个样本就表示为穿越这些纵轴的折线。实现代码如下： import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt d ......
MFC-SetRect设置指定矩形的坐标
HDC hdc = ::GetDC(m_hWnd); RECT rect = { 10,10,50,100 }; HBRUSH hbr; hbr = CreateSolidBrush(RGB(255, 0, 0)); SelectObject(hdc, hbr); int f = FrameRect ......
autocad打印窗口坐标定位错误
使用SetWindowToPlot方法打印，设置坐标总是出错，但是使用ThisDrawing.ActiveLayout.GetWindowToPlot，返回的却是正确的坐标。查看了PaperUnits和UCS、PlotType都正确。而且autocad官网上提供的范例也是这么写的，同样也出错。htt ......
Chapter3 设置坐标轴
Chapter3 设置坐标轴 import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np x = np.linspace(-3,3,50) y1 = 2*x+1 y2 = x**2 plt.figure() plt.plot(x,y2) plt.plot(x ......
Qt音视频开发37-识别鼠标按下像素坐标
一、前言 在和视频交互过程中，用户一般需要在显示视频的通道上点击对应的区域，弹出对应的操作按钮，将当前点击的区域或者绘制的多边形区域坐标或者坐标点集合，发送出去，通知其他设备进行处理。比如识别到很多人脸，用户单击某个人脸后指定对该人脸进行详细的信息查询等；再比如圈出某个区域发给人工智能处理设备，对指 ......
Python3 高德地图GCJ-02火星坐标系与GPS的WGS-84坐标系转换（WGS-84可用作天地图坐标，误差很小）
#代码如下：# -*- coding: UTF-8 -*- import pandas as pdimport jsonimport mathimport osimport csvx_pi = 3.14159265358979324 * 3000.0 / 180.0pi = 3.1415926535 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
Python+selenium点击网页上指定坐标
from selenium import webdriver from selenium.webdriver.common.action_chains import ActionChains def click_locxy(dr, x, y, left_click=True): ''' dr:浏览器 ......