坐标 碱基 基因组 基因
宏基因组技术及其在微生物学研究中的应用
《宏基因组技术及其在微生物学研究中的应用》 学 院： 食品与生物工程学院 小组成员：颜传永 22020080057 材料收集 尹立来 22020080059 材料收集 余文韬 22020080060 文本编写 鄢楚洋 22020080056 文本编写 二○二三年 六 月 宏基因组技术及其在微生物学研 ......
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学 摘要：土壤微生物主导着包括植物生长和碳等其他营养物质循环在内的各种重要过程。然而，大多数土壤微生物尚未被分离出来，它们的功能在很大程度上是未知的。虽然宏基因组测序揭示了微生物的物种信息和功能基因信息，但它包含了很多具有巨大不同生理状态下的微生物DNA。因此， ......
细菌素基因在植物乳杆菌各谱系中的分布
小组成员及分工： 组长-封徐杰-选定课题组研究相关的生物信息学文献，组织讨论文献中内容以及分析工具和方法，博客的最终提交； 组员-李震-负责文献大部分的翻译工作； 组员-庹冉-负责文献中采用的生物信息学方法的介绍； 组员-江思近-负责博文初稿的进一步润色。 介绍 植物乳杆菌，以前被命名为"植物乳杆菌 ......
易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 多倍体是被子植物基因组进化中的一种持续现象，有助于现存开花植物的多样性。甘蓝型油菜（Brassica napus）是世界上最重要的被子植物油料作物品种之一，起源于Brassica rapa（An）和Brassica oleracea（C ......
使用numpy计算分子内坐标
本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算，类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学习相关的框架中。分子的内坐标，可以更加直观的描述分子内的相对运动，通过键长键角和二面角这三个参数。 ......
【高中生物必修二】第三章 基因和DNA
# 第一节 DNA是主要的遗传物质 最初20世纪20年代，人们发现蛋白质由氨基酸组成，并猜测氨基酸的多种排列组合蕴含遗传信息。因为当时没有其他大分子有类似的特征，所以大家认为蛋白质是遗传物质。 20世纪30年代，科学家发现DNA由脱氧核苷酸（磷酸，碱基和脱氧核糖）组成。四种碱基（ATGC）构成四种脱 ......
从宏基因组测序数据生成宏基因组组装基因组的计算工具
从宏基因组测序数据生成宏基因组组装基因组的计算工具 小组成员及分工 王嘉璐 22020080046：负责摘要、引言部分 王涵 22020080045：负责用于构建mag的上游分析工具部分 王婷 22020080047：负责总结，查找文献，博文整理汇总 1 摘要 微生物本质上与地球上的人类生活有着错综 ......
【高中生物必修二】第二章 基因和染色体
# 第一节 减数分裂与受精作用 减数分裂是两倍体细胞（有性繁殖）产生单倍体配子的过程，简单而言，染色体的数量变为一半。二倍体细胞中每一对染色体大小形态意义类似，一个从母方获得，一个从父方获得，故一对染色体也会有差距。有丝分裂产生复制品，往往用于常被磨损的细胞，例如皮肤。减数分裂的主要目的是增加遗传多 ......
菜心bZIP基因家族分析报告
菜心bZIP基因家族分析报告 菜心（Brassica campestris L.ssp.chinensis var.utilis Tsen et Lee），又名菜薹，是十字花科芸薹属白菜亚种的变种。作为我国华南地区的特产蔬菜之一，其品质柔嫩，营养丰富，深受消费者的喜爱。菜心生长周期短，复种指数高，可 ......
生物信息学-新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析
新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析 食硕2201班 汪睿劼 22020080043 食硕2201班 张 琦 22020080063 食硕2201班 孙 允 22020080037 食硕2201班 韩秋雨 22020080043 摘要：新型冠状病毒SARS-CoV-2 引发的 ......
易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑做组学科研服务的易基因。今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupled epigenetic sequencing，简称【ACE-seq】。 前言 DNA序列中胞嘧啶（C）5’ 碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基 ......
经纬度坐标为中心点生成米距离长度半径的圆形面，含java js源码+在线绘制，代码简单零依赖
[TOC] 前些时间在更新我的坐标边界查询工具的时候，需要用到经纬度坐标点的距离计算，和以坐标点为中心生成一个指定距离为半径的圆，搜了一下没有找到现成简单又合适的代码，于是把自己压箱底的代码翻出来了，简化完善了一下，嘿，代码量也不大，还挺好用。 本方法是通过计算得到圆上的多个坐标点，来得到的一个近似 ......
【Python&RS】遥感影像的像素坐标转地理坐标（仿射变换）
GDAL(Geospatial Data Abstraction Library)是一个在X/MIT许可协议下的开源栅格空间数据转换库。它利用抽象数据模型来表达所支持的各种文件格式。它还有一系列命令行工具来进行数据转换和处理。 Python的GDAL库作为栅格数据的处理转换库，其支持几百种栅格数 ......
微生物测序：应用于人类肠道微生物组具有菌株分辨率的高通量单微生物基因组学
Microbe-seq: high-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.1 ......
python中实现提取碱基序列的互补序列
001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa test.py [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试fasta文件 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat test.py ## python程序 #!/usr/bin/env py ......
linux中实现提取碱基序列的互补序列
001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试序列 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat a.fa | tr "ATCG" "TAGC" ## 提取碱基序列的互补序列 TAGCTACG ......
易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberis aristata）和黄连（Coptis chinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞 ......
如何通过CAD图中的坐标来确定是哪个坐标系
国内常见的坐标系 坐标系分为以下两种： 地理坐标系（Geographic Coordinate System, GCS） 投影坐标系（Projected Coordinate System, PCS） 那什么是地理坐标系统呢？ 地理坐标系：为球面坐标。 参考平面地是椭球面，坐标单位：经纬度。 以地球 ......
相机的坐标系变换
1.正文 图像处理、立体视觉等等方向常常涉及到四个坐标系：世界坐标系、相机坐标系、图像坐标系、像素坐标系。例如下图： 构建世界坐标系只是为了更好的描述相机的位置在哪里，在双目视觉中一般将世界坐标系原点定在左相机或者右相机或者二者X轴方向的中点。 接下来的重点，就是关于这几个坐标系的转换。也就是说，一 ......
R：Wilcoxon秩和检验，比较两组样本中的基因表达差异
setwd("E:\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\05willcox")library(doBy)gene <- read.table('table.l5.relative-SE.txt', sep = '\t', row.names = 1, header = TRUE, st ......
2023年6月最新全国省市区县和乡镇街道行政区划矢量边界坐标经纬度地图数据 shp geojson json
发现个可以免费下载全国 geojson 数据的网站，推荐一下。支持全国、省级、市级、区/县级、街道/乡镇级以及各级的联动数据，支持导入矢量地图渲染框架中使用，例如：D3、Echarts等 geojson 数据下载地址：https://geojson.hxkj.vip 该项目 github 地址：ht ......
二. 图像运算、坐标变化、灰度插值
# 二. 图像运算、坐标变化、灰度插值 ## 2.1 图像运算 输入两个图像A(x,y)、B(x,y)，输出图像C(x,y) ### 2.1.1 加法运算 **定义：** $$ C(x,y)=A(x,y)+B(x,y) $$ **主要用途：** - 去除叠加性噪声： 如果某一图像被**一加性随机噪声 ......
ECharts点击横坐标事件实现超链接跳转
> 需求：微博排行榜，横坐标展示出了微博对应的id，现在需要通过点击横坐标来实现跳转到对应的微博页面。 1. 设置横坐标中的triggerEvent属性为true； ``` xAxis: { ... triggerEvent: true, ... }, ``` 2. 添加on点击事件。 ``` th ......
Blender导出的模型和kanzi坐标轴匹配的设置方法
1、blender里的导出配置 要改成Y向上，Z向前。 2、kanzi里摄像机的参数归0，然后导入的模型 各项参数也都归0，这样调整的角度就都是一致的。 ......
基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析
基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析 吕利王晓利张文娟韩芝侠 宝鸡文理学院电子电气工程学院 摘要：目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷，并提出改进措施，以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法，包括基于“校正后组装”策略的FA ......
基于长读的基因组重复序列查找技术研究
基于长读的基因组重复序列查找技术研究 郭睿 深圳大学 摘要：基因组中出现两次或者两次以上基本相同的序列称为重复序列。重复序列信息可以用来可以分析物种的进化,减少基因比对歧义,降低序列拼接数据缺失。与标准重复序列库对比,基于短读序列数据的重复序列查找技术得到的结果并不完整,平均长度较短。长读数据平均长 ......
基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究
基于第三代测序数据的基因组结构变异检测方法研究 姜涛 哈尔滨工业大学 摘要：随着测序技术的不断成熟和广泛应用,以测序技术为驱动的基因组、转录组等多组学的研究得到了跨越式发展,推动了基因组科学、遗传学、临床医学等多学科的变革。基因组变异检测作为基因组研究中最为核心和关键的环节,对于基因组注释、与疾病和 ......
基于MECAT的长读长对相似基因组比对算法的研究与实现
基于MECAT的长读长对相似基因组比对算法的研究与实现 何欣雨 北京交通大学 摘要：基因测序的意义是使人类从根本上认知疾病发生的原因,做到正确的治疗疾病、尽早的预防疾病。例如肿瘤和红斑狼疮等疾病都是和基因变异有关,如果能过通过测序技术知道变异点,对精准治疗,攻克难题有重大意义。第三代测序技术是Pac ......