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易基因:人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 目前,六分之一的夫妇患有不孕不育,其中多达一半的病例由男性因素引起,在过去的40年中,精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少,但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
[AI]生物本能vs机器人工程:谁才有“意识”?
人类并不清楚自己如何保持站立,机器人却已经能够双足行走。对于初级意识的理解和对于高级意识的认知,促使我们更谨慎地推进人工意识的研究,并建立健全的伦理规范,约定进行高级意识实验的规范和底线。 ......
16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上
#1,我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件,自己去NCBI下:(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/),选Genbank的。 #2,我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器,并重命名下,Pt ......
易基因: MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制|研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂,是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而,在几十年的临床应用中,双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因: MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂,是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而,在几十年的临床应用中, ......
PubMedBERT:生物医学自然语言处理领域的特定预训练模型
今年大语言模型的快速发展导致像BERT这样的模型都可以称作“小”模型了。Kaggle LLM比赛LLM Science Exam 的第四名就只用了deberta,这可以说是一个非常好的成绩了。所以说在特定的领域或者需求中,大语言模型并不一定就是最优的解决方案,“小”模型也有一定的用武之地,所以今天我 ......
2023.11.17-20湖北 武汉 2023第五届全国生物医学数据挖掘与计算学术会议拟于2023年11月17日-20日于华中科技大学举行
2023第五届全国生物医学数据挖掘与计算学术会议拟于2023年11月17日-20日于华中科技大学举行。会议简介: 全国生物医学数据挖掘与计算学术会议是一个专注于生物医学大数据算法、软件与人工智能方法的重要学术盛会。生物医学领域的快速发展导致了大量的生物医学数据的产生,其中包括基因组学、蛋白质组学、代 ......
4-基因家族的系统进化树-基于Windows系统上的iqtree
如何构建系统进化树,使用的软件是iqtree,这是一个基于最大似然法估算的建树软件,可以在Windows系统上运行。 ......
3-基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER
下面讲如何在windows系统上用HMMER做基因家族的鉴定: 1, 下载 我们电脑首先要有个迅雷,然后复制这个链接,用迅雷打开(http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip),下载到本地,解压。 2, 案例分析 HMME ......
2-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定: 1,下载 在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download” 点击进入ftp ......
SnapGene:专业生物分析软件,轻松解析DNA序列 mac/win版
SnapGene是一款功能强大的DNA序列生物分析软件,它可以帮助用户轻松解析、管理和可视化DNA序列数据。SnapGene适用于各种生物信息学研究领域,包括基因组学、转录组学和进化生物学等。 点击获取SnapGene mac/win版 首先,SnapGene具有直观的用户界面,使得用户可以轻松上手 ......
易基因:oxBS揭示口腔鳞癌的启动子区甲基化和羟甲基化变化及基因差异表达|项目文章
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxym ......
易基因:oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 近日,徐州市中心医院(徐州医科大学徐州临床学院)史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
易基因:综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日,南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......
易基因:MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开,复杂程度不断提高,并按固定轨迹随时间进行。然而,调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中,这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中,通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
T2T组装时代的多基因组比对MGA
多基因组比对 (multiple genome alignment, MGA)首先要定义多序列比对 (multiple sequence alignment, MSA)。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法(对于 2 个序列,使用“成对”而非“多个”),其中一组核苷酸是同源的,如果它们 ......
哪个才是首个(中国)大豆的T2T基因组版本?
目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日,哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean ......
康奈尔大学生物信息中心主任关于基因组组装报告
Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任,长期以来从事生物信息学工作,在大数据的管理与分析上,特别是Genotype-By-Sequence (GBS),RNA-seq,ChIP-seq,small RNA,基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science,Cell,Nat ......
植物基因组学和作物改良中的深度学习
目录深度学习:概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异:从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0:编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步,其特点是高通量技术的爆炸式增长,以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是,基因组学 ......
基因注释软件SNAP的安装
001、下载软件包: 官网:http://korflab.ucdavis.edu/software.html 002、下载安装包、及安装 wget -c http://korflab.ucdavis.edu/Software/snap-2013-11-29.tar.gz tar -xzf snap- ......
Soil salinization improvement土壤盐渍化改良
Soil salinization improvement土壤盐渍化改良 1.Chemical improvement measures 化学改良措施 Chemical improvement measures are the methods of improving saline soil by ......
易基因:家禽中的DNA甲基化研究应用(繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等)
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂,用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日,华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
基因表达谱数据分析简介
基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术,它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。什么是基因表达谱数据分析?基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术,它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况,从而更好地理解基因如何影响生物体的 ......
宏基因组:KenKra2 注释”真菌“(自整理,详细,全网唯一 )
(Newbase) [wz@localhost ~]$ kraken2-build -h Usage: kraken2-build [task option] [options] Task options (exactly one must be selected): --download-taxo ......
项目文章 | 总石油烃-重金属污染与土壤微生态系统:细菌多样性、组装和生态功能研究
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组许科研服务的易基因。 2023年9月30日,中南大学张杜博士为第一作者、李骞教授为通讯作者在《Chemosphere》杂志上发表题为“Effects of single and combined contamination of total petroleu ......
植物基因组学和作物改良中的深度学习
目录深度学习:概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异:从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0:编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步,其特点是高通量技术的爆炸式增长,以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是,基因组学 ......
植物图形泛基因组Graph-based pan-genome
目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组(图泛)以节点和路径的 ......
公司在职第四党支部开展 “传承红色基因,发扬两弹精神”主题党日活动,金刚石刀具
成都工具研究所有限公司的前身是成都工具研究所,于1956年创建于北京,是原机械工业部的直属研究所,是我国机械工业的综合性工具科研机构。公司官网:http://www.ctri.com.cn/公司主要从事精密切削工具、精密测量仪器以及表面改性处理技术的技术研究、产品开发和应用服务。 2020年9月5日 ......
易基因:RRBS等揭示DNA甲基化-肿瘤免疫逃逸-肾上腺皮质癌侵袭的相关性|表观研究
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 肾上腺皮质癌(Adrenocortical carcinoma,ACC)是一种罕见的侵袭性肾上腺内分泌癌。在肾上腺皮质癌中,最近研究表明以CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype,CIMP)为特 ......
宏基因组测序流程及其分析步骤
测序样本信息:完成了70个根际土壤样本的宏基因组测序。 数据预处理: 使用KneadData工具进行质控和去宿主处理。 利用Trimmomatic去除接头序列并进行质量过滤。 使用Bowtie2构建宿主库和进行去宿主处理。 从头组装:采用MEGAHIT工具对原始测序数据进行从头组装,生成contig ......