基因组 基因 微生物 土壤
6. 简单基因家族分析
2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响. 下图是我们要得出的结论,我们发现FAD4在拟南芥中有3个拷贝 ......
当你和生物组的伙伴在一块
lyb：陪我回去拿个作业吧。 Carp：行。但是你咋开门呀。 lyb：山人自有妙计。 （到了他们班后门） lyb 咵叽一个右鞭腿，哐仓一个左正蹬，后门被踹开了。 Carp：6。 lyb：我们生物组一个同学之前有一回回来的时候，楼管阿姨告诉她的，说踹一下就开了。 Carp：真的？？我不信。 （关门出去 ......
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
R语言非线性方程数值分析生物降解、植物生长数据：多项式、渐近回归、负指数方程、幂函数曲线、米氏方程、逻辑曲线、Gompertz、Weibull曲线
全文链接：https://tecdat.cn/?p=33742 原文出处：拓端数据部落公众号 简介 在选择最佳拟合实验数据的方程时，可能需要一些经验。当我们没有文献信息时该怎么办？我们建立模型的方法通常是经验主义的。也就是说，我们观察过程，绘制数据并注意到它们遵循一定的模式。 例如，我们的客户可能观 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
基因、基因家族和通路之间的关系
基因、基因家族和通路之间的关系如下： 基因（Gene）： 基因是DNA上的一段编码信息，它指导生物体合成特定的蛋白质或RNA分子。基因是生物体遗传信息的基本单位，每个基因编码了一个或多个蛋白质或RNA的特定序列。基因具有多样性，因为同一基因可以在不同个体中存在不同的等位基因，导致生物体的遗传多样性。 ......
基因挖掘之BSA (Bulk segregation analysis)
目录BSA的发展BSA分析框架BSA流程及影响因素BSA的群体BSA的算法BSA的软件BSA遗传群体、算法和软件的对应关系 BSA作为基因组学中基因挖掘的三板斧之一，最大优点是高效、经济、简便。通过选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，然后比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标 ......
华为云盘古大模型加码生物医药，为行业插上“数字翅膀”
本文分享自华为云社区《华为云盘古大模型加码生物医药，为行业插上“数字翅膀”》，作者： 华为云社区精选 。 在21世纪科技浪潮中，人工智能与生物医药的交汇点日益显现。它能够以前所未有的方式解析、预测和改善生命健康。从基因编辑到智能诊断，从药物研发到个性化治疗，AI与生物医药的结合正开启一个全新的智慧医 ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
掌探生物识别技术的奇妙世界
在我的技术探索之旅中，我一直对各种生物识别技术抱有极大的兴趣。最近，我特别关注了一种被称为“掌纹识别”或“Palmprint Recognition”的技术。在这篇文章中，我将与您分享我在这个领域的学习和发现，包括一些令人惊讶的历史事实和现代应用。 掌纹识别的探秘 在我的研究旅程中，我首先寻找了这个 ......
泛基因组助力作物育种改良
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 ......
下载微生物数据（孟德尔随机化）
登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类 ，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog ......
wright-fisher模型下遗传漂变基因固定的证明
# background 最近我导兴致大起准备进行组间交流开展群体遗传学的读书交流会，为了贪图内容的简易我先选了遗传漂变的部分 但并不是说要水过，多少要有点b格。 在遗传漂变的部分里有一个重要的模型Wright-Fisher 模型，很多群体遗传学教科书都会提到这个模型，但是关于该模型中的一个细节 假 ......
生物信息学、生物统计学或者生物医学工程
本科动物医学想考研跨考到生物信息学、生物统计学或者生物医学工程，哪个容易些？ ChatBio-X 生物学/制药/医疗卫生/科研前沿/高考考研 谢邀@胡杨 创作声明：包含 AI 辅助创作 4 人赞同了该回答 这三个方向都是当前的热门学科，人才需求量大，就业前景确实都还挺不错。但是就课程设置来说，动物医 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
基因芯片数据分析一般可以执行哪些程序
基因芯片数据分析通常包括以下程序： 1. 数据预处理：对原始芯片数据进行质控、去噪和归一化处理，确保数据的准确性和可比性。 2. 差异表达分析：通过比较不同条件下的基因表达水平，找出在不同条件下显著差异表达的基因。 3. 功能富集分析：将差异表达的基因进行功能注释和分类，然后使用统计方法判断哪些功能 ......
参考基因组准备
> 参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
生物信息-转录组实验记录09/04
8.29 流程：使用Trimommatic 软件进行过滤，bwa构建参考基因组索引，bwa mem算法比对失败（sam文件无内容） 1. '[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs'：BWA在加载参考基因组索引时，未读取到任何备选（ALT）的con ......
salmon快速基因和转录本定量 | isoform
参考前篇：可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 ......
探索基因与精神分裂症的关联：一段个人科研之旅
## 引言 当我第一次听说弗里德曼博士通过研究发现了与精神分裂症有关的CHRAN7基因，我被深深吸引了。作为一名致力于遗传学和精神病学研究的科学家，我知道这是一个巨大的突破。但是，这个发现背后的科学是如何运作的呢？我决定深入了解其中的细节，并与大家分享我的发现。 ## 高通量测序 vs. 全基因组测 ......
易基因：De novo组装和转录组表征：东方田鼠原发性卵巢癌机制新见解｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2022年，中南大学湘雅医学院周智君教授团队在Mol Med Rep发表了题为" De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the ......
车间设备互联，实现设备状态的可视化，就是打造工厂的数字化基因，是企业实现数字化、智能化转型升级的基础
车间设备互联，实现设备状态的可视化，就是打造工厂的数字化基因，是企业实现数字化、智能化转型升级的基础 ......
8.28 A 星人是一种 OI 很强的生物
# [Mahjong](https://www.luogu.com.cn/problem/AT_arc160_d) > 找到可以通过以下两种操作，使得长度为 $N$、元素之和为 $M$ 的数列 $A$ 全为 $0$ 的 $A$ 的个数，再取模 $998244353$。 > 1. 在 $A$ 中选一个 ......
CHR24基因相关研究进展
目前做的基因 protein chromatin remodeling 24 蛋白质染色体重塑 拟南芥编号 AT5G63950 CHR24基因是什么？ Chr 是什么？ 误区①chromosome 染色体 chr 染色体简称 ②（医学）R24抗体 结合后形成ch-R24 CHR chromatin ......
销售基因链 题解
[销售基因链](https://www.luogu.com.cn/problem/P9196) ### 题目大意 给定 $n$ 个字符串，长度总和为 $m$，进行 $q$ 次询问，每次询问给定两个字符串 $p,s$，问所有的字符串中以 $p$ 为前缀且以 $s$ 为后缀的有多少个。 ### 思路分析 ......