基因 位点 基因组 因子
手把手教你实现法玛三因子模型
更多精彩内容，欢迎关注公众号：数量技术宅，也可添加技术宅个人微信号：sljsz01，与我交流。 关于法玛三因子模型 法玛三因子模型（Fama-French Three-Factor Model）是一种资本资产定价模型（Capital Asset Pricing Model，CAPM）的扩展，用于解释 ......
易基因：ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制｜Plant Com
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
6. 简单基因家族分析
2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响. 下图是我们要得出的结论,我们发现FAD4在拟南芥中有3个拷贝 ......
Kafka 是如何管理消费位点的
Apache Kafka https://kafka.apache.org/34/documentation.html#impl_offsettracking Consumer Offset Tracking Kafka consumer tracks the maximum offset it h ......
VINS中的IMU因子（一）
VINS中的IMU因子（一） 在这篇文章中我们分析一些VINS中对于IMU因子的处理和构建方式。首先来看一下再 estimator类中关于预积分因子的几个重要成员变量。pre_integrations 存储了滑动窗口中相邻两帧之间的预积分增量。acc_0，gyr_0则保存了当前时刻的角速度和加速度值 ......
Kafka 是如何管理消费位点的
Kafka 是如何管理消费位点的？ https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI0NTIxNzE1Ng==&mid=2651220012&idx=2&sn=1d5623daaf327f0688995565901bd63d&chksm=f2a32ac7c5d4a3d1ffe ......
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
SCI期刊影响因子(Journal Impact Factor,简称JIF)
SCI期刊影响因子(Journal Impact Factor,简称JIF)是指某一期刊在特定年份内被引用的次数(包括引用期刊内的文章和其他期刊对该期刊的引用),除以该期刊在同一年发表的总论文数目。该值反映了该期刊上一年发表的论文平均被引用的频率。 全球公认的期刊学术影响力评价指标 影响因子 Imp ......
雷达基础知识详细解析--------旋转因子、频率分辨率、最大可观测频率、窗函数和频谱泄露、补零操作、非相干积累
一、背景 这两天看见一个公众号上写的大疆的雷达笔试题。不看不知道，一看吓一跳，基本上快全忘完了，于是赶紧补习补习，我怕到时拿着他的微冲突突我（哈哈）。本文主要是对一些雷达的基础知识进行详细的解析，参考着各位大佬的资料，如有侵权，请联系删除。 二、雷达基础知识 1、FFT主要利用旋转因子的什么性质，减 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
基因、基因家族和通路之间的关系
基因、基因家族和通路之间的关系如下： 基因（Gene）： 基因是DNA上的一段编码信息，它指导生物体合成特定的蛋白质或RNA分子。基因是生物体遗传信息的基本单位，每个基因编码了一个或多个蛋白质或RNA的特定序列。基因具有多样性，因为同一基因可以在不同个体中存在不同的等位基因，导致生物体的遗传多样性。 ......
基因挖掘之BSA (Bulk segregation analysis)
目录BSA的发展BSA分析框架BSA流程及影响因素BSA的群体BSA的算法BSA的软件BSA遗传群体、算法和软件的对应关系 BSA作为基因组学中基因挖掘的三板斧之一，最大优点是高效、经济、简便。通过选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，然后比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标 ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
4、索引如何设置填充因子
理解填充因子 重建索引固然可以解决碎片的问题.但是重建索引的代价不仅仅是麻烦，还会造成阻塞。影响使用.而对于数据比较少的情况下，重建索引代价并不大。而当索引本身超过百兆的时候。重建索引的时间将会很让人蛋疼. 填充因子的作用正是如此。对于默认值来说，填充因子为0（0和100表示的是一个概念）,则表示页 ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
Lucene中的合并因子mergeFactor
mergeFactor 是用来决定segment该如何被addDocument()方法进行合并的。 当mergeFactor取比较小的值时，索引时所使用的内存较少 而且搜素未优化的速度会比较快。因此，mergeFactor取值较大时(比如大于10)， 适合于批量的索引建立，而当搜索未优化索引的速度会 ......
泛基因组助力作物育种改良
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 ......
wright-fisher模型下遗传漂变基因固定的证明
# background 最近我导兴致大起准备进行组间交流开展群体遗传学的读书交流会，为了贪图内容的简易我先选了遗传漂变的部分 但并不是说要水过，多少要有点b格。 在遗传漂变的部分里有一个重要的模型Wright-Fisher 模型，很多群体遗传学教科书都会提到这个模型，但是关于该模型中的一个细节 假 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
基因芯片数据分析一般可以执行哪些程序
基因芯片数据分析通常包括以下程序： 1. 数据预处理：对原始芯片数据进行质控、去噪和归一化处理，确保数据的准确性和可比性。 2. 差异表达分析：通过比较不同条件下的基因表达水平，找出在不同条件下显著差异表达的基因。 3. 功能富集分析：将差异表达的基因进行功能注释和分类，然后使用统计方法判断哪些功能 ......
参考基因组准备
> 参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
salmon快速基因和转录本定量 | isoform
参考前篇：可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 ......
探索基因与精神分裂症的关联：一段个人科研之旅
## 引言 当我第一次听说弗里德曼博士通过研究发现了与精神分裂症有关的CHRAN7基因，我被深深吸引了。作为一名致力于遗传学和精神病学研究的科学家，我知道这是一个巨大的突破。但是，这个发现背后的科学是如何运作的呢？我决定深入了解其中的细节，并与大家分享我的发现。 ## 高通量测序 vs. 全基因组测 ......
【Leetcode刷题记录】1、买钢笔和铅笔的方案数；2、一个图中连通三元组的最小度数；3、带因子的二叉树
1、买钢笔和铅笔的方案数 题目：给你一个整数 total ，表示你拥有的总钱数。同时给你两个整数 cost1 和 cost2 ，分别表示一支钢笔和一支铅笔的价格。你可以花费你部分或者全部的钱，去买任意数目的两种笔。 请你返回购买钢笔和铅笔的 不同方案数目 。 思路：枚举法。 假设 total 最多可 ......
易基因：De novo组装和转录组表征：东方田鼠原发性卵巢癌机制新见解｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2022年，中南大学湘雅医学院周智君教授团队在Mol Med Rep发表了题为" De novo assembly and transcriptome characterization: Novel insights into the ......
车间设备互联，实现设备状态的可视化，就是打造工厂的数字化基因，是企业实现数字化、智能化转型升级的基础
车间设备互联，实现设备状态的可视化，就是打造工厂的数字化基因，是企业实现数字化、智能化转型升级的基础 ......
使用卷积操作实现因子分解机
本文将介绍如何使用卷积操作实现因子分解机器。卷积网络因其局部性和权值共享的归纳偏差而在计算机视觉领域获得了广泛的成功和应用。卷积网络可以用来捕获形状的堆叠分类特征(B, num_cat, embedding_size)和形状的堆叠特征(B, num_features, embedding_size) ......