基因 基因组 甲基 密度
NAR | 华大和上海师范大学开发的基因组选择平台CropGS-Hub
目录主要内容小编碎碎念 几个月前就听说华大万物联合上海师范大学开发了基因组选择的工具CropGS，一直比较好奇。近日文章已经发表见刊，得以一窥究竟。 主要内容 以往的作物GWAS数据库集中在表型和基因型之间的关联，只有少数数据库充分利用表型和基因型资源来构建和托管农艺性状的基因组预测模型。如NHGR ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
得到差异表达基因后怎么做
不管芯片数据还是测序数据，得到的差异表达基因DEGs都是独立的基因，如果直接对这些基因分析叫单基因分析，这种分析会有很多弊端，比如： 因为噪音的存在，结果本身就是不可靠的 因为对DEGs个人取舍条件的不同，也会造成结果不可靠 工作量增大 只关注单个基因而忽视基因之间的相互作用，这就很难揭示具体生物学 ......
易基因：ChIP-seq等揭示SETD2介导H3K36me3调控结直肠癌进展的表观遗传机制｜CTM研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 结直肠癌(Colorectal cancer，CRC)是一种复杂的多阶段疾病，由基因突变和表观遗传改变相互作用引起。组蛋白H3K36三甲基转移酶SET结构域2 (SETD2)是一种表观遗传信号分子，在结直肠癌中突变率为5%。SETD2在 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
DISC：基于密度的跨越流数据的增量聚类
ICDE 2021 | DISC：基于密度的跨越流数据的增量聚类 鸣谢：Ruiyuan Li (李瑞远)老师 | 康瑞部落 (kangry.net) 鉴于移动设备和物联网设备的普及，对流媒体数据的持续聚类已成为数据分析中日益重要的工具。在众多的聚类方法之中，基于密度的聚类方法由于其独特的优势而受到广 ......
r语言有限正态混合模型EM算法的分层聚类、分类和密度估计及可视化|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=23825 最近我们被客户要求撰写关于有限正态混合模型EM算法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 简介 本文介绍了基于有限正态混合模型在r软件中的实现，用于基于模型的聚类、分类和密度估计。提供了通过EM算法对具有各种协方差结构的正态混合模型进行参数 ......
16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上
#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。 #2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Pt ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......
4-基因家族的系统进化树-基于Windows系统上的iqtree
如何构建系统进化树，使用的软件是iqtree，这是一个基于最大似然法估算的建树软件，可以在Windows系统上运行。 ......
3-基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER
下面讲如何在windows系统上用HMMER做基因家族的鉴定： 1， 下载 我们电脑首先要有个迅雷，然后复制这个链接，用迅雷打开(http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip)，下载到本地，解压。 2， 案例分析 HMME ......
2-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定： 1，下载 在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download” 点击进入ftp ......
易基因：oxBS揭示口腔鳞癌的启动子区甲基化和羟甲基化变化及基因差异表达｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxym ......
python 数据可视化：直方图、核密度估计图、箱线图、累积分布函数图
python数据可视化，以2023年数学建模c题数据为例，选择其中一小部分数据，绘制直方图、核密度估计图、箱线图、累积分布函数图 ......
易基因：oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近日，徐州市中心医院（徐州医科大学徐州临床学院）史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
易基因：综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日，南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......
易基因：MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开，复杂程度不断提高，并按固定轨迹随时间进行。然而，调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中，这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中，通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
Python绘制密度散点图
科研论文中，不管是数据介绍还是结果展示，免不了要使用散点图。最简单的即为x+y轴的二维散点图。python提供了丰富的API如matplotlib，让我们可以“一键成图”。可是默认的参数一言难尽，肯定满足不了导师、编辑、审稿人的要求。因此二次修饰是必须的。 本文介绍一种用于绘制大量xy坐标时的密度散 ......
T2T组装时代的多基因组比对MGA
多基因组比对 （multiple genome alignment, MGA）首先要定义多序列比对 （multiple sequence alignment, MSA）。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法（对于 2 个序列，使用“成对”而非“多个”），其中一组核苷酸是同源的，如果它们 ......
哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？
目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日，哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean ......
植物基因组学和作物改良中的深度学习
目录深度学习：概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异：从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0：编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步，其特点是高通量技术的爆炸式增长，以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是，基因组学 ......
康奈尔大学生物信息中心主任关于基因组组装报告
Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任，长期以来从事生物信息学工作，在大数据的管理与分析上，特别是Genotype-By-Sequence (GBS)，RNA-seq，ChIP-seq，small RNA，基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science，Cell，Nat ......
基因注释软件SNAP的安装
001、下载软件包： 官网：http://korflab.ucdavis.edu/software.html 002、下载安装包、及安装 wget -c http://korflab.ucdavis.edu/Software/snap-2013-11-29.tar.gz tar -xzf snap- ......
易基因：家禽中的DNA甲基化研究应用（繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等）
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂，用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日，华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
基因表达谱数据分析简介
基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术，它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。什么是基因表达谱数据分析？基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术，它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况，从而更好地理解基因如何影响生物体的 ......
关于联合概率密度和边缘概率密度的几何意义
1.这里密度比较抽象，可以理解成高度，更直观 f(x,y)可以理解成一个区域中某一点的高度，那f(x,y)的二重积分就是这个区域*对应的高度=体积 关于 边缘概率密度，实际是一个截面的面积，和高度不一样了。 fx(x)指对x的边缘密度，意义是垂直x轴切片，给一个x，输出x处的截面积 fy(y)指对y ......
宏基因组：KenKra2 注释”真菌“（自整理，详细，全网唯一 ）
(Newbase) [wz@localhost ~]$ kraken2-build -h Usage: kraken2-build [task option] [options] Task options (exactly one must be selected): --download-taxo ......
R语言逐步多元回归模型分析长鼻鱼密度影响因素|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=9564 最近我们被客户要求撰写关于多元回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 我从马里兰州生物流调查中提取了一些数据，以进行多元回归分析。数据因变量是每75米长的水流中长鼻鱼（Rhinichthys cataractae）的数量。自变量是河流流失 ......