应激反应 因子 基因 高温
Trends in Plant Science | 王向峰老师综述数据驱动的基因组设计育种
目录摘要将生物数据和知识转化为植物的精准设计育种机器学习（ML）在植物生物学中的应用案例研究：多组学数据关联研究（MODAS）中的数据降维（DR）亮点总结 今天简单回顾下中国农业大学王向峰教授团队2023年上半年发表在Trends in Plant Sicence的综述文章。该文阐释系统全面，值得赏 ......
由基因型-组织表达项目（GTEx）联想开去
近日，由丹麦奥胡斯大学、华南农业大学、中国农科院基因组所、美国农业部、马里兰大学、爱丁堡大学和等多家单位联合发起的猪基因型-组织表达计划（PigGTEx）取得阶段性进展，成功构建猪基因型-组织表达图谱，相关文章 “A compendium of genetic regulatory effects ......
机器学习应用于基因组预测，以苜蓿为例
目录目的示例代码表型文件预处理基因型文件预处理机器学习建模预测绘图其他结果 利用代码复现一个机器学习应用于基因组预测的项目，张志武老师于2023年发表在《园艺研究》上的一篇文章。 目的 使用 GWAS 和 GP 结合重测序数据和从世界各地收集的 220 份紫花苜蓿种质的秋季休眠（Fall dorma ......
Omics辅助育种统计方法：基因组遗传力
此幻灯片是来自“Omics辅助育种统计方法”短期课程中的一节： Genomic heritability。作者Malachy Campbell，博后毕业于康奈尔大学，是一名计算生物学家，专注于统计基因组学和数量遗传学。热衷于从大规模、复杂且常常带有噪音的多维数据中提取生物学意义。研究目标是利用高维度 ......
GS | Ben Hayes报告：基因型数据基础
本报告是Ben Hayes和Hans Daetwyler合著。 关于Ben Hayes，前文已经介绍。详见：https://qaafi.uq.edu.au/profile/1059/ben-hayes Ben Hayes是澳大利亚昆士兰大学教授，昆士兰州农业和食品创新联盟动物科学中心主任，也是千牛基 ......
GS | Ben Hayes的基因组选择课程
关于Ben Hayes详见：https://qaafi.uq.edu.au/profile/1059/ben-hayes Ben Hayes是澳大利亚昆士兰大学教授，昆士兰州农业和食品创新联盟动物科学中心主任，也是千牛基因组计划的发起者。在牲畜、作物、牧场和水产养殖物种的遗传改良方面拥有丰富的研究经 ......
GS | Julius报告：基因组预测的准确性
Julius Van der Werf是新英格兰大学（University of New England，UNE）教授，专门从事遗传评估、育种计划设计、育种目标和基因组选择方面的研究。他指导了60多名博士生。2003 年至 2019 年，他担任绵羊 CRC 遗传学项目的经理，在此期间，澳大利亚绵羊产 ......
GS | Julius报告：利用基因组信息预测遗传变化
Julius Van der Werf是新英格兰大学（University of New England，UNE）教授，专门从事遗传评估、育种计划设计、育种目标和基因组选择方面的研究。他指导了60多名博士生。2003 年至 2019 年，他担任绵羊 CRC 遗传学项目的经理，在此期间，澳大利亚绵羊产 ......
20-有参转录组实战6-差异基因绘制火山图
#本教程仿自于B站的15天入门生物信息视频，若有疑惑请以视频为准。若侵请联。 #上一个教程我们得到了genes.counts.matrix.OE_vs_WT.DESeq2.DE_results文件，接下来对差异基因绘制火山图，我们这一步在Windows系统上的R进行即可，若需要安装Windows的R ......
2023-12-2、因子化简
注意数据类型不要溢出 //因子化简 #include<iostream> #include<string> #include<vector> #include<algorithm> #include<cmath> using namespace std; //判断是否是素数 bool is_prim ......
沟通 | 怎么提高说话的瞬时反应能力（三）
知识点1：《慢思考》中提到人有三套脑系统，分别时反射脑、思考脑和存储脑。 反射脑：感官对于世界的真实的无意识的最快速反应 思考脑：通过对事物联系的逻辑思考，得出结论，做出预判等 存储脑：对信息的筛选，分类，存储。 1.为什么会反应慢 开始找出的原因是：碰到问题时用思考脑来进行逻辑思考，试图严谨的 ......
mysql安装：mysqld --initialize -console无反应解决方法（其一）
环境变量更改 新建MYSQL_HOME 内容是安装目录 随后在PATH中新建 还没反应就用百度的其他方法，本方法只针对之前下载老版mysql，环境变量没更新的情况。 ......
win10剪贴板失效、复制粘贴没反应
键盘按 win+r -> 输入 cmd 回车打开控制台： 输入 echo off | clip 回车，清空剪贴板 如果还是无效 新建个text.txt 进入命令行 cmd clip < test.txt ......
易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DN ......
易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双生病毒（Geminiviruses）是一种DNA植物病毒，可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中，双生病毒调控细胞过程，抑制植物防御，并导致感染细胞的大量重编程，导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感 ......
《计算生物学导论 : 图谱、序列和基因组》是2009年8月科学出版社出版的图书，作者是(美)Michael S. Waterman。 [1]
本书介绍分子生物学的基本常识、限制图谱和多重图谱，研究克隆和克隆图谱，讨论DNA序列相关的话题，涉及序列中模式计数的统计问题等。 [1] 图书目录 编辑 播报 《生物数学丛书》序 前言 数学符号 第0章 引言 第1章 分子生物学一些知识 第2章 限制图谱 第3章 多重图谱 第4章 求解DDP的算法 ......
记一次el-checkbox包裹一层div，点击div勾选复选框，点击复选框却没反应的bug
<div class="account-item" v-for="item in accountList" :key="item.id" :class="[ { 'is-select-mode': isSelectMode }, { 'is-select': item.isSelect } ]" @ ......
易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年，易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷，小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。 01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面 （cell / IF 64.5） 02、o ......
模拟集成电路设计系列博客——4.4.4 Q因子修调
4.4.4 Q因子修调 在一些需要高速或者高度选择的滤波器中，非理想的积分器效应和寄生参数使得电路需要对积分器的极点进行Q因子修调。尽管我们之前讨论过如何通过修调单独的时间常数使得集成滤波器的的因子达到百分之1以内的误差，当\(Q>1\)时，即使Q因子上有微小的误差也可能会在滤波器频率和阶跃效应上产 ......
易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。越来越多的证据表明，m7G修饰在癌症发生中至关重要。本文综述了m7G的检测技术、分布、 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
echarts画桑基图，并根据选择的分析因子画图
最近要在系统中增加一个桑基图，要求桑基图可以根据选择的分析因子重新绘图。 仔细看了下echarts的示例，桑基图本身很简单，困难的是如何根据数据资料整理成桑基图的数据格式，并且实现选择分析因子重新绘图。 研究了几天的数据资料，特将方法写个demo记录下。 <script src="./plugins ......
电脑上软件双击打开没反应
今天遇到一个很少见的问题，双击电脑上快捷方式没有反应。 一般都会有个提示，根据提示判断问题。去安装路径下尝试打开也没用，判断不是快捷方式的原因。 管理员权限打开也没用，杀毒软件退出也没用，也不是权限的问题。 连接的官网也可以打开，不是网络原因。 几个常见的原因也被排除了。 最后发现安装包里的文件，比 ......
unity打包扔到iOS项目里,点击按钮没反应,
逼逼赖赖一大堆下边的错误 DelayBtn:setBtnDisable() QFramework.ProbilityHelper:InvokeGracefully(UnityAction) UnityEngine.Events.InvokableCall:Invoke() UnityEngine.E ......
基因组序列比对（read alignment）
基因组序列比对（read alignment）技术，是将测序得到的read与已有的参考基因组进行比对，找到read与参考基因组匹配的对应位置，继而得到序列比对的详细结果。 由于参考基因组碱基数极多，测序得到的read数据量极大，且测序的DNA序列中存在各种碱基变异和测序错误，因此不能直接将read与 ......
多因子降维法 multifactor dimensionality reduction MDR
MDR的应用：在病例对照研究中，应用多因子降维法(MDR)分析基因-基因交互作用，较传统的统计学分析方法无法比拟的优势。 Logistic回归的局限性 理论上的不足：自变量对疾病的影响是独立的，但实际情况及推导结果不同。 模型有不合理性：“乘法模型”与一般希望的“相加模型”相矛盾。 最大似然法估计参 ......
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics用单细胞基因组学推断发育轨迹和因果规则
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics Development is commonly regarded as a hierarchical branching pro ......
宏基因组测序相比于16S等测序技术的优势
宏基因组测序相比于16S rRNA基因测序技术有几个主要的优势： 全面性：宏基因组测序提供了对整个微生物群落基因组的综合视角，而不仅限于16S rRNA基因。这意味着它能够捕捉到更广泛的微生物多样性，包括细菌、古菌、真菌以及病毒。 功能信息：宏基因组测序不仅能够鉴定微生物群落中的物种，还能提供关于它 ......
基因组变异分析
基因组变异分析 基因组变异是指与参考序列相比,基因组中发生的单碱基变异、DNA序列片段插入、缺失、扩增和复杂结构变异等。 目前基于测序方法进行单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）、短的插入缺失（Insertion-Deletion, InDel）等 ......