根系 群落 微生物 基因
易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......
泛基因组组装方法分类
001、迭代组装； 个体测序数据和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列，组装为contig，和参考基因组合并构成泛基因组。（依赖参考基因组） 002、map-to-pan； 个体测序数据组装成contig，然后和参考基因组比对，提取未比对到参考基因组的序列， 和参考基因组合并构成泛基因组。（ ......
使用 ARACNE 方法和合成数据集重建基因调控网络
在生物信息学中，基因调控网络的重建是一个重要的研究领域。这种网络可以揭示基因之间的相互作用，帮助我们理解生物系统的复杂性。在本文中，我将介绍如何使用 ARACNE 方法和合成数据集来重建基因调控网络。 ## ARACNE 方法 ARACNE（Algorithm for the Reconstruct ......
易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA结合蛋白（RNA-binding protein，RBP）是一类结构和功能多样化的蛋白质，参与多种生物过程。越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关 ......
基于 Graviton2处理器构建容器化基因分析工作负载
概述 相对于基于传统 x86架构的处理器来说，Amazon 设计的基于 ARM 架构的 Graviton 处理器为 EC2中运行的云工作负载提供了更佳的性价比。基于 Graviton2 的实例支持广泛的通用型、突发型、计算优化型、内存优化型、存储优化型和加速计算型工作负载，包括应用程序服务器、微服务 ......
易基因8种表观转录组m6A MeRIP-seq的差异甲基化区域（DMR）分析软件比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域，包括N6-甲基腺苷（m6A）在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术，拓展了RNA表观遗传学研究 ......
WinBioDataModelOOBE" 是 Windows 操作系统中的一个组件，全称是 "Windows Biometric Data Model Out-of-Box Experience"，用于在设备首次使用生物识别功能时进行设置和配置
WinBioDataModelOOBE" 是 Windows 操作系统中的一个组件，全称是 "Windows Biometric Data Model Out-of-Box Experience"，用于在设备首次使用生物识别功能时进行设置和配置。 以下是关于 "WinBioDataModelOOBE ......
P6835 [Cnoi2020] 线形生物题解
# P6835 [Cnoi2020] 线形生物题解 ## 题目描述 求从 $1$ 到 $n+1$ 的链的期望，其中有 $m$ 条返祖边：$u->v$ 这条边 $u\ge v$，**等概率**，求期望 ## Solution 这种爬楼梯的题一般求解 $E(x\rightarrow x+1)$，则最后答 ......
易基因：ChIP-seq等揭示H3K4me1修饰在蜜蜂级型分化中的表观遗传调控机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 蜜蜂是一种真社会性昆虫，是研究社会性昆虫级型发育和级型分化的重要模式生物，其分工主要基于级型分化（蜂王(queen)和工蜂(worker)）。分化后，尽管基因组相同，但蜂王和工蜂具有不同的形态、生理、行为和寿命相关特征，级型分化的背后机 ......
生成式对抗网络在宏基因组研究中的应用
生成式对抗网络（GAN）在宏基因组研究中也有一些应用，以下是一些具体的应用领域： 宏基因组数据生成：宏基因组研究中，往往需要大规模的微生物组成和功能数据。使用GAN可以生成逼真的宏基因组数据，包括微生物的相对丰度、基因功能注释等，从而扩充数据集的规模和多样性。 数据降噪与去偏：宏基因组数据中存在大量 ......
生成式对抗网络与基因表达模拟
假设我们想要利用深度学习技术来进行基因表达模拟，主要目标是通过模型学习基因表达的规律，并生成合成的基因表达数据。以下是一个通俗易懂的举例： 假设我们有一个基因表达数据集，其中包含了许多基因的表达水平数据。我们想要训练一个深度学习模型，能够学习到这些基因表达数据的分布和规律，并且能够生成与之类似的合成 ......
生成式对抗网络在生物领域有哪些应用
生成式对抗网络（GANs）在生物领域有许多应用。以下是一些例子： 药物发现：GANs可以被用来生成具有特定化学结构和治疗特性的新药物。生成器可以生成具有潜在药理学活性的化合物，而判别器可以评估这些化合物的有效性。 图像合成：GANs可以用于合成逼真的生物图像，如细胞、组织或器官图像。这对于医学图像处 ......
生物信息常见聚类算法
UPGMA（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean）是一种常用的聚类分析方法，用于构建进化树或聚类树。它基于样本之间的相似性或距离矩阵，将样本逐步合并成群集，并计算新群集的平均距离。 UPGMA的基本原理是按照距离最小的原则，通过计算两个最 ......
基因与基因型的关系
基因（gene）是能够编码蛋白质或者RNA等具有特定功能产物的/负载遗传信息的基本单位，即有遗传效应的DNA片段 一个基因上有很多个位点，即碱基对ATGC，有某些位点杂合或纯合会导致不同的蛋白功能，从而变现出不一样的表型或症状，杂合或纯合就是不同的基因型 ......
生物神经元中的多模态神经元
推荐：将NSDT场景编辑器加入你的3D工具链 3D工具集：NSDT简石数字孪生 2005年，发表在《自然》杂志上的一封信描述了人类神经元对特定人的反应，例如詹妮弗·安妮斯顿或哈莉·贝瑞。令人兴奋的事情不仅在于他们为特定的人选择，而且无论他们是否看到照片、图画，甚至是这个人名字的图像，他们都会这样做。 ......
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Tie::File; my %genes;my @lines; tie @lines, 'Tie::File', 'D:\\Desktop\\3.txt' or die "Cannot open file: $!\ ......
常用的生物医学科研工具合集
常用的医学分析和科学绘图合集 专业的医学分析和科研绘图在医学研究、临床实践和教育培训中起到重要的作用，可以提高医学专业人员的工作效率和决策质量，同时也促进医学科学的发展和进步。 详细的资源及不停更地址： 科研常用资源合集 Fiji ImageJ Fiji自动包含了各种有用的插件，而ImageJ1需要 ......
基于ads1299生物电信号采集研发总结之参考信号的接法
一 概念 ads1299的电极端有两种采集方式，单端和差分。两种的使用方式又有很大的区别，怎么高质量的采集信号，这个是一个比较难的问题。 二 解析 参考信号SRB1的接法，决定了采集到数据的精确度和信号质量，这里以前也没注意，经过一些测试和总结，发现了一些规律。反过来推断，还是基础知识有盲点，文档上 ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
生物英语
1、allele又作allelomorph： 等位基因 一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因。 对同源的理解，不是指同源于某一生物个体，而是来源于某一个共同祖先DNA序列的基因 同源（基因）：指遗传上来自于某一共同祖先DNA序列的基因。但我认为除了同一祖先，还需加上，形态结构 ......
分面火山图--分别展示top25的基因
点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
会议记录——南开大学胡献刚教授：基于环境大数据分析的生物固碳作用研究
会议报告了机器学习方法在生物固碳两个方面的应用：海洋浮游植物固碳和高等植物生长，分享了在这两个方面所使用的机器学习方法和模型。 ......
GSVA | 基因集变异分析 | 基因集通路打分
前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当于设置了一个House keeping g ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
Inducible shRNA | 可诱导的shRNA基因敲除技术
前言 什么是siRNA，什么是shRNA？Small interfering RNA (siRNA)，Small hairpin RNAs (shRNA) 什么是可诱导shRNA？ 该系统工作的核心原件有哪些？Dicer、Ago、RNA-Induced Silencing Complex (RISC ......
PCR Genotyping | 利用PCR来确定基因型
前面已经利用了PCR做了一些核心的实验： 目标区域扩增 实时定量mRNA 这里的目的还是目标区域扩增，不过material不再是细菌DNA，而是human cancer cell line的DNA（只需要几千细胞即可）。 Kits和protocol： 2X Phire Tissue Direct P ......
为什么要研究Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica的根系微生物群落差异？
研究Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica的根系微生物群落差异有助于我们更好地了解NRT1.1B基因对水稻根系微生物群落的影响。Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica是两个 ......