位点 区间 基因snp
区间不同数的个数 二维数点 扫描线 可持久化线段树
二维数点，对于询问的$[l, r]$区间我们只需要统计有多少个数上一次出现的位置$pos$ 满足$pos \leq l$，即可。 template<class T> struct BIT { T c[N]; int size; void resize(int s) { size = s;} T qu ......
可持久化线段树模板 区间第k小数,区间前k大数之和
第K小数 // AC one more times #include <bits/stdc++.h> using namespace std; #define fi first #define se second #define pb push_back #define endl '\n' #def ......
区间涂色问题
一眼区间dp 设dp[i][j]为涂完i到j所需的最小次数 当a[i]==a[j]时，dp[i][j] = min(dp[i+1][j-1]+1,min(dp[i+1][j],dp[i][j-1])); 为什么是dp[i+1][j-1]+1,此时会产生一个异想天开的想法，就是取遍历一遍i+1到j-1 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
区间dp 和 树型dp
##区间dp 递推方程是以区间的形式给出 一般套路 ：枚举区间长度 区间端点 区间分界点 然后就是想怎么去对这个区间进行一定的操作 从最原始的地方开始一步步推导方程！ for(i=1;i<n;i++)//区间长度为1 { for(j=1;j<=n-i;j++) //区间开头 { for(k=j;k< ......
力扣 228. 汇总区间--python
给定一个 无重复元素 的 有序 整数数组 nums 。 返回 恰好覆盖数组中所有数字 的 最小有序 区间范围列表 。也就是说，nums 的每个元素都恰好被某个区间范围所覆盖，并且不存在属于某个范围但不属于 nums 的数字 x 。 列表中的每个区间范围 [a,b] 应该按如下格式输出： "a->b" ......
NC200195 区区区间
题目链接 题目 题目描述 $Keven$ 特别喜欢线段树，他给你一个长度为 $n$ 的序列，对序列进行 $m$ 次操作。 操作有两种： 1 $1\ l\ r\ k$ ：表示将下标在 $[l , r]$ 区间内的数字替换成 $[k,k+1,…,k+r-l]$ $2\ l\ r$ ：表示查询区间 $[l ......
6669: 括号配对 区间dp
描述 Hecy 又接了个新任务：BE 处理。BE 中有一类被称为 GBE。 以下是 GBE 的定义： 空表达式是 GBE 如果表达式 A 是 GBE，则 [A] 与 (A) 都是 GBE 如果 A 与 B 都是 GBE，那么 AB 是 GBE。 输入 输入仅一行，为字符串 BE。 对于 100% 的 ......
区间DP小结(附经典例题) 转载
区间DP 转载自：原博客 一、定义 区间DP是线性动态规划的扩展，适用场景为每段区间的最优解可以通过更小区间的最优解得到。所以我们一般的解题思路都是先在小区间得到最优解，然后总结出递推公式，利用小区间的最优解求大区间的最优解。 二、实现伪代码 //mst(dp,0) 初始化dp数组 for(in ......
R语言实现GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化
GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化 根据GWAS得到的Rresult文件信息，能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息，接下来，需要根据表格中的信息进行归纳总结，对不同显著性层次进行区分，找出可能性最大的点，过程比较繁琐。 这里笔者分享一个算法，使统计SNP和变异类型变的更 ......
AcWing 242. 一个简单的整数问题 / 树状数组区间修改区间查询模板题
AcWing 242. 一个简单的整数问题 // 实例化是抽象的天敌，是抽象的克星 // 通过公式 sn = (i 从 1 ~ n 求积) di * (1 + n) - (i 从 1 ~ n 求积) i * di // 来计算前缀和, 又 (i 从 1 ~ n 求积) i * di 不能由 (i 从 ......
洛谷 P3368——树状数组 / 树状数组模板题，区间修改，单点查询
洛谷 P3368——树状数组 树状数组可以进行单点修改和区间查询，这题要区间修改，要想办法把区间操作变为单点操作，于是想到差分。建树时把原数组的差分数组放入树状数组可以满足我们的要求。而要查询修改后单点 u 的值，可以把差分数组的 1 ~ u 加起来，这个和就是单点 u 的值。而差分数组的 1 ~ ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
区间dp
区间dp 前情提要 先赞后看，必成习惯 一、区间dp-常见的也常考的dp 1.区间dp是什么？ 区间动态规划是用 dp的状态来表示和一段区间有关的性质，比如说dp[i] [j]表示解决区间 [i,j] 上的子问题的最小代价或最大收益，然后利用区间子问题之间的关系递推求解。 2.区间dp怎么写？ 区间 ......
区间和的个数
给你一个整数数组 nums 以及两个整数 lower 和 upper 求数组中，值位于范围 [lower, upper] （包含 lower 和 upper）之内的 区间和的个数 ###一. 前缀和+双重循环（超时） class Solution { public: int countRangeSu ......
贪心（区间选点）
#include<bits/stdc++.h> using namespace std; const int N=1e5+10; int n; struct Range{ int l;int r; bool operator < (const Range & w)const { return r<w ......
力扣 763. 划分字母区间
763. 划分字母区间 给你一个字符串 s 。我们要把这个字符串划分为尽可能多的片段，同一字母最多出现在一个片段中。 注意，划分结果需要满足：将所有划分结果按顺序连接，得到的字符串仍然是 s 。 返回一个表示每个字符串片段的长度的列表。 示例 1： 输入：s = "ababcbacadefegdeh ......
GWAS结果整理丨利用R语言tidyverse自动统计显著位点
GWAS结果文件分析与处理方法 引言 在使用GAPIT进行GWAS分析后，会自动在工作目录下生成若干结果文件，其中相对比较重要的是result.csv文件，该文件中展示了得到的显著位点详细信息，比如染色体、物理位置、p值等，接下来介绍一种算法，对其进行整理计算为绘图所需格式。 主要步骤与思路 读取数 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
力扣 56. 合并区间
56. 合并区间 以数组 intervals 表示若干个区间的集合，其中单个区间为 intervals[i] = [starti, endi] 。请你合并所有重叠的区间，并返回 一个不重叠的区间数组，该数组需恰好覆盖输入中的所有区间 。 示例 1： 输入：intervals = [[1,3],[2, ......
力扣 435. 无重叠区间
435. 无重叠区间 给定一个区间的集合 intervals ，其中 intervals[i] = [starti, endi] 。返回 需要移除区间的最小数量，使剩余区间互不重叠 。 示例 1: 输入: intervals = [[1,2],[2,3],[3,4],[1,3]] 输出: 1 解释: ......
plink 软件中 --set-missing-var-ids参数实现对缺失的snp位点命名
001、测试数据 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.map a.ped (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.map 1 OAR19_64675012.1 0 85204 1 OAR19_6 ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
【ACM算法竞赛日常训练】DAY16【奇♂妙拆分】【区区区间间间】【小AA的数列】数学 | 位运算 | 前缀和
DAY16共3题： 奇♂妙拆分（简单数学） 区区区间间间（单调栈） 小AA的数列（位运算dp） 🎈 作者：Eriktse 🎈 简介：19岁，211计算机在读，现役ACM银牌选手🏆力争以通俗易懂的方式讲解算法！❤️欢迎关注我，一起交流C++/Python算法。（优质好文持续更新中……）🚀 🎈 ......
PAT Basic 1112. 超标区间
PAT Basic 1112. 超标区间 1. 题目描述： 上图是用某科学研究中采集的数据绘制成的折线图，其中红色横线表示正常数据的阈值（在此图中阈值是 25）。你的任务就是把超出阈值的非正常数据所在的区间找出来。例如上图中横轴 [3, 5] 区间中的 3 个数据点超标，横轴上点 9 （可以表示为区 ......
关于水稻SNP的填充面板（Imputation Panel）
最近在想，水稻起码已经测序了上万份材料，为什么还没有开发出一个像样的imputation panel？ 网上一查，实际上很多人有想过，有做过，也发表过高水平文章。 比如3K数据一发表，康奈尔大学的Susan McCouch就在NC上发表了panel及其imputation pipeline。 An ......
树套树——维护区间内权值信息的“重武器”
Introduction 树套树，顾名思义，就是将各类“树”据结构的节点换成“树”，以此解决一些问题。 一般情况下，两层树分别维护区间信息和区间内权值的信息。 而因为树套树极劣的空间复杂度和巨大的常数，经常需要使用 动态开点 和 垃圾回收 的方法降低空间复杂度，以及一定的卡常技巧（将较为短小的不含循 ......