基因 科研进展 甲基 品种
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
使用Sentieon加速甲基化(WGBS)分析
全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法，以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时，通常需要使用专门的比对工具，因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。 以下是四个不同的WGBS比对分析流程： Bismark：Bismark是一个基于Bowtie2或H ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
证券：不同交易品种的业务检查
场景 深A 沪A 科创板 创业板 基金 债券（深市可转债） 债券（沪市可转债） 新债（深市非可转债） 新债（沪市非可转债） 逆回购（深市） 逆回购（沪市） 期权 期货（中金所金融期货） 最大申报数量（限价） 100W 100W 10W 30W 100W 100W 100W 1亿张 1亿张 1亿张 1 ......
人工智能技术的最新进展：机器学习算法的应用与优化
人工智能技术的不断发展，机器学习算法已经成为了人工智能领域的重要组成部分。机器学习算法是一种通过数据训练模型，从而使计算机能够自动学习和改进的技术。在过去的几年中，机器学习算法已经在各个领域得到了广泛的应用，包括自然语言处理、图像识别、智能推荐等。 在机器学习算法的应用中，最常用的算法包括决策树 ......
人工智能技术的最新进展：机器学习和深度学习的应用
随着科技的不断发展，人工智能技术已经成为了当今世界的热门话题。其中，机器学习和深度学习技术的应用更是备受关注。 一、人工智能技术的最新进展 人工智能技术的最新进展主要体现在以下几个方面： 1. 自然语言处理技术的提升 自然语言处理技术是人工智能技术的重要组成部分，其主要目的是让计算机能够理解和处 ......
小组进展-界面绘制完成
今天，将界面基本绘制完成。余下将具体activity进行填入完善即可。 界面展示： 主要通过fragment和activity进行切换，且可利用独立的activity直接填充，可完善功能。余下目标：对于功能页完善，下方为LISTVIEW展示数据，这周日前将出来核心拍照功能除外全部实现 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
[科研绘图] 科研作图中的注意事项和基本技巧
期刊的格式要求 图像格式 查看期刊要求的图像格式（一般矢量图常用 .eps, .ps, .pdf, .svg 等；位图常用 .tif, .pdf, .png, .jpg 等） 图像尺寸、分辨率 需要注意，很多期刊是需要印刷纸质版的，而纸质版不像电子版能随意放大缩小，所以需要保证绘制的图像在纸质版上也 ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
在项目管理中，计划、质量和进展是关键的方面
在项目管理中，计划、质量和进展是关键的方面，需要重点关注和优化。具体优化建议如下： 1.计划方面：制定清晰的项目计划，包括目标、主要活动、资源、控制等方面，并根据实际情况及时调整和优化计划，确保计划能够指导项目工作的开展。 2.质量方面：明确项目质量要求，包括产品质量控制目标、交付要求等，建立质量保 ......
项目管理方案需要关注计划、质量和进展三个方面
项目管理方案需要关注计划、质量和进展三个方面，具体包括： 计划方面 明确项目目标和阶段目标，以及实现这些目标的主要活动和任务。 合理规划资源，包括人力、物资、时间和预算等。 确定关键路径和风险点，并对其进行有效的控制和管理。 建立有效的沟通和协调机制，确保项目各方面的协同和配合。 质量方面 明确项目 ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
招收NLP方向科研助理
招收NLP方向科研助理 （非常适合想进牛导实验室，但是简历水平不够，或者牛导名额已满的同学。） 招聘通知：科研助理（NLP领域） 我们正在招募一些学生担任科研助理，参与我们课题组的NLP科研工作。 作为科研助理，你将通过参与NLP知识培训，学习和研究自然语言处理的相关技术，并在我们的课题工作中发表论 ......
对眼，傻是遗传与基因的问题吗
今天是4月5日，因老家旧房子翻新装修，陪我的母亲去逛石材店铺，在城中村的一家石材店铺，见到一位1米5的老板，挺着大肚子，衣衫不整，他的家中破败不堪，似窝棚搭起的房子中，用纸隔板隔离出了几个房间，他家有3个儿子，无一例外每个儿子都是对眼儿，更有甚至，其中的2个儿子明显傻乎乎的，行为举止有异于常人。 如 ......
易基因： oxRRBS+RRBS揭示炎症性肠病导致发育异常的表观遗传机制｜甲基化研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2020年12月31日，美国明尼苏达大学Natalia Y. Tretyakova教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“Multi-Omics Characterization of Inflammatory Bowel ......
易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序 高通量单细胞DNA甲基化测序简介 单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受 ......
单细胞转录组测序数据生物信息分析进展综述
摘要：随着单细胞测序技术的发展，生物信息学在单细胞数据分析方面取得了重要进展。本文将为生物和医学科研工作者介绍单细胞转录组测序数据生物信息分析的进展，重点介绍该领域的最新研究成果和常用软件包。 引言 单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术已经成为研究细胞异质性和功能的重要手段。为了从海量的单细胞 ......
寒假每日一题——品种邻近（滑动窗口）
品种邻近 问题描述 农夫约翰的 N 头奶牛排成一排，每头奶牛都用其品种 ID 进行描述。 如果两头相同品种的牛靠得太近，它们就会吵架。 具体的说，如果同一品种的两头奶牛在队列中的位置相差不超过 K，我们就称这是一对拥挤的牛。 请计算品种 ID 最大的拥挤奶牛对的品种 ID。 输入格式 第一行包含两个 ......
转录组学：解析基因表达的新视角
摘要：转录组学是一门研究全套转录产物（包括 mRNA、非编码 RNA 和其他 RNA 类型）的科学，旨在揭示基因表达调控机制及其在生物过程和疾病中的功能。本文将对转录组学的发展历程、主要技术方法、研究领域以及面临的挑战进行概述，以期为生物和医学科研工作者提供一个全面的转录组学认识。 1.引言随着高通 ......
易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。 研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险， ......
易基因：m6A mRNA甲基化修饰调控CTNNB1促进肝母细胞瘤增殖的机制研究｜Mol Cancer
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2019年12月23日，国家儿童医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心潘秋辉教授团队在《Molecular Cancer》（IF:41.444/Q1）杂志上发表了题为“m6A mRNA methylation regu ......
12种数据量纲化处理方式-学术科研中常用与构建指标
12种数据量纲化处理方式 - 知乎 (zhihu.com)【转载】 在进行数据分析时，数据具有单位是非常常见的，比如说GDP可以以亿作为单元，也可以以百万作为单位，那么此时就会出现由于单位问题导致的数字大小问题；这种情况对于分析可能产生影响，因此需要对其进行处理，但是处理的前提是不能失去数字的相对意 ......
易基因：肠道菌群：早产儿出生后不同时间点肠道微生物定植的动态变化｜项目文章
易基因微生物组学测序分析成果见刊《Front Microbiol》 2023年02月17日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所Adnan Khan、云南省第一人民医院米弘瑛为共同第一作者，中山大学附属第六医院郝虎/李思涛、南方医科大学附属佛山市妇幼保健院戴怡蘅为论文共同通讯作者在《Front Mic ......
【笔记】李沐视频：大模型时代下做科研的四个思路
LLaMA 最近开源，分别开源了 7e9, 1.3e10, 3.3e10, 6.5e10 四个参数量的模型。但是这里有意思的是，他们管自己的模型称为 smaller models。 Google 推出了 22B 的 ViT 1. Efficient（PEFT） 简要概括 更高效，哪里慢就让它快起来 ......