基因
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
速递：易基因科技应邀在广东药科大学生物信息系讲课分享表观遗传学研究技术
2023年5月8日上午，深圳市易基因科技有限公司高级技术总监王君文应邀至广东药科大学医药信息工程学院生物信息系开展关于“基因组学时代：表观遗传学研究及DNA甲基化技术介绍”的线下讲座。讲座由生物信息系副主任任重鲁主持，众多学生积极响应参与。 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表 ......
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
02Prodigal基因预测
1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
易基因：全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较（MeDIP、RRBS和WGBS）| 研究综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度（CpG density）与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为：CpG岛（CpG island，CGI）、CpG岛上下游2kb以内的区域（CpG shore ，CpG岛岸）、CpG岛岸上下游2kb以内的区域（ ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
易基因：METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换｜发育分化
2020年9月29日，《Cell Death Discovery》（IF: 7.109）杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
易基因：群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日，海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
对眼，傻是遗传与基因的问题吗
今天是4月5日，因老家旧房子翻新装修，陪我的母亲去逛石材店铺，在城中村的一家石材店铺，见到一位1米5的老板，挺着大肚子，衣衫不整，他的家中破败不堪，似窝棚搭起的房子中，用纸隔板隔离出了几个房间，他家有3个儿子，无一例外每个儿子都是对眼儿，更有甚至，其中的2个儿子明显傻乎乎的，行为举止有异于常人。 如 ......
易基因： oxRRBS+RRBS揭示炎症性肠病导致发育异常的表观遗传机制｜甲基化研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2020年12月31日，美国明尼苏达大学Natalia Y. Tretyakova教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“Multi-Omics Characterization of Inflammatory Bowel ......
易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序 高通量单细胞DNA甲基化测序简介 单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受 ......
转录组学：解析基因表达的新视角
摘要：转录组学是一门研究全套转录产物（包括 mRNA、非编码 RNA 和其他 RNA 类型）的科学，旨在揭示基因表达调控机制及其在生物过程和疾病中的功能。本文将对转录组学的发展历程、主要技术方法、研究领域以及面临的挑战进行概述，以期为生物和医学科研工作者提供一个全面的转录组学认识。 1.引言随着高通 ......
易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近年来，m6A RNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。 研究人员为m6A甲基化课题申请作准备以及为降低m6A甲基化实验风险， ......
易基因：m6A mRNA甲基化修饰调控CTNNB1促进肝母细胞瘤增殖的机制研究｜Mol Cancer
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2019年12月23日，国家儿童医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心潘秋辉教授团队在《Molecular Cancer》（IF:41.444/Q1）杂志上发表了题为“m6A mRNA methylation regu ......
易基因：肠道菌群：早产儿出生后不同时间点肠道微生物定植的动态变化｜项目文章
易基因微生物组学测序分析成果见刊《Front Microbiol》 2023年02月17日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所Adnan Khan、云南省第一人民医院米弘瑛为共同第一作者，中山大学附属第六医院郝虎/李思涛、南方医科大学附属佛山市妇幼保健院戴怡蘅为论文共同通讯作者在《Front Mic ......
SARS-Cov-2参考病毒株Wuhan-Hu-1的基因序列与基因结构
NCBI查找相关 进入查找到的内容 点击FASTA查看序列 点击Gpraphics查看基因结构 ......