基因 基因组 甲基 密度

高密度城市路线规划的遗传优化算法的matlab仿真,城市点数量达到500个

1.算法仿真效果 matlab2022a仿真结果如下: 2.算法涉及理论知识概要 遗传算法GA把问题的解表示成“染色体”,在算法中也即是以二进制编码的串。并且,在执行遗传算法之前,给出一群“染色体”,也即是假设解。然后,把这些假设解置于问题的“环境”中,并按适者生存的原则,从中选择出较适应环境的“染 ......
城市 算法 密度 路线 数量

易基因:2023年植物表观转录组研究的最新进展(m6A+m5C)|深度综述

大家好这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组(epitranscriptome)的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进,以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征,表观转 ......
表观 基因 深度 植物 2023

02Prodigal基因预测

1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年,在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下,由 ......
基因 Prodigal 02

薛定谔 波函数 就是 用 一个 概率密度函数 拟合 氢原子能级

以前 我写过 《对 薛定谔 波函数, 我 关心 它的 推导依据, 不太关心 数学形式》 https://tieba.baidu.com/p/6622239036 。 今天早上 看到 @黎合胜 发的 《波函数,一撸到底》 https://tieba.baidu.com/p/8390294839 , 更 ......
函数 氢原子 能级 概率 密度

利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法

利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中,在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释,对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件,snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释,使用时需要先进行安装,然后构建参考基因 ......
变异 注释 基因 文件 方法

易基因:禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此,更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布,以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日,《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
丰度 禾本科 宏病毒 植物 群落

易基因:ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制|应激反应

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中,热休克转录因子A1b(HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b,HSFA1b)通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素,这种调控机制怎么形成的呢? 2018年, ......
应激反应 因子 基因 高温 ChIP-seq

高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2

博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1. NCBI的SRA数据库,2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC 你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
基因组 数据处理 基因 数据

Megahit基因组装

1、背景 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组的测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novo genome assembly),最后还原测序物种的各条染色体的序列,即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
基因 Megahit

易基因:MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制|Cell Rep

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日,杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》(IF: 9.995)杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因 甲基 MeRIP-seq 机制 病毒

基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式

今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标,欢迎大家使用,并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
坐标 碱基 基因组 基因 模式

英特尔,台积电,三星主要制程密度汇总

intel 32nm 7.5 百万/平方毫米intel 22nm 15.3 intel 14nm 37.5 intel 14++ 44.7 intel 10nm 100.8 intel 7nm 180 intel 5nm 300 intel 3nm 520 台积电 16nm 28.8 台积电 10n ......
制程 密度

从国家基因组科学数据中心下载数据

001、官方网站:https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口: 003、输入数据编号: 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
数据 基因组 数据中心 基因 科学

宏基因组学是如何出现的?它的出现对微生物学领域有多大的改变?

宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的,它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落,而宏基因组学则通过分析环境中的dna,可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......
基因组 微生物学 基因 领域

易基因:全基因组CpG密度和DNA甲基化分析方法比较(MeDIP、RRBS和WGBS)| 研究综述

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 CpG密度(CpG density)与各种组织中的DNA甲基化相关。基因组按CpG密度分为:CpG岛(CpG island,CGI)、CpG岛上下游2kb以内的区域(CpG shore ,CpG岛岸)、CpG岛岸上下游2kb以内的区域( ......
基因 基因组 甲基 密度 方法

代码主要做的是一个基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景生成与削减模型

[1]关键词:密度聚类 场景削减 DBSCAN 场景生成与削减; k-mean聚类 [2]参考文档:《氢能支撑的风-燃气耦合低碳微网容量优化配置研究》第3章 [3]主要内容:代码主要做的是一个基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景生成与削减模型,首先,采集风电、电负荷历史数据。 然后,通过采用 D ......
风电 密度 负荷 模型 场景

基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景削减方法

基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景削减方法 关键词:密度聚类 场景削减 DBSCAN 场景生成与削减 kmeans 参考文档:《氢能支撑的风-燃气耦合低碳微网容量优化配置研究》第3章:完美复现 仿真平台:MATLAB 主要内容:代码主要做的是一个基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景生成与削 ......
风电 密度 负荷 场景 方法

使用Sentieon加速甲基化(WGBS)分析

全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法,以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时,通常需要使用专门的比对工具,因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。 以下是四个不同的WGBS比对分析流程: Bismark:Bismark是一个基于Bowtie2或H ......
甲基 Sentieon WGBS

高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇

宏基因组篇 前言 之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理,这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前,我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解,宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集,这个环境可以是下水道,河流等自然环境,也可以是人体内肠道,口腔等 ......
基因组 数据处理 基因 数据

高维数据惩罚回归方法:主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据

全文链接:http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告,包括一些图形和统计输出。 在本文中,我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
数据 高维 基因 弹性 成分

易基因:METTL3介导的m6A甲基化谱调控肌肉干细胞成肌细胞状态转换|发育分化

2020年9月29日,《Cell Death Discovery》(IF: 7.109)杂志发表了题为“A defined N6-methyladenosine (m6A) profile conferred by METTL3 regulates muscle stem cell/myoblast ......
干细胞 甲基 基因 肌肉 细胞

MATLAB代码:基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景削减方法

MATLAB代码:基于DBSCAN密度聚类的风电-负荷场景削减方法 关键词:密度聚类 场景削减 DBSCAN 场景生成与削减 kmeans 参考文档:《氢能支撑的风-燃气耦合低碳微网容量优化配置研究》第3章:完美复现 仿真平台:MATLAB 主要内容:代码主要做的是一个基于DBSCAN密度聚类的风电 ......
风电 密度 负荷 场景 代码

P1835 素数密度

给定区间 [L,R](1≤R<(1<<30) R−L≤1e6 ),请计算区间中素数的个数。 筛出 sqrt(R) 的质数p, 遍历 L~R 的数,看能否被p 约分,也就是合数,打个标记 #include <iostream> #include <cstring> #include <cmath> # ......
素数 密度 P1835 1835

单细胞转录组分析新篇章:挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码

在这份报告中,我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集(GEO number GSE109555)单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
单细胞 新篇 新篇章 胚胎 基因

易基因:群体分析揭示了DNA甲基化在番茄驯化和代谢多样性中的作用|组学研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2023年3月23日,海南大学三亚南繁研究院/热带作物学院博士研究生郭昊等为第一作者、王守创教授为通讯作者在《Science China Life Sciences》杂志发表题为“Population analysis reveals ......
甲基 多样性 番茄 基因 群体

对眼,傻是遗传与基因的问题吗

今天是4月5日,因老家旧房子翻新装修,陪我的母亲去逛石材店铺,在城中村的一家石材店铺,见到一位1米5的老板,挺着大肚子,衣衫不整,他的家中破败不堪,似窝棚搭起的房子中,用纸隔板隔离出了几个房间,他家有3个儿子,无一例外每个儿子都是对眼儿,更有甚至,其中的2个儿子明显傻乎乎的,行为举止有异于常人。 如 ......
基因 问题

易基因: oxRRBS+RRBS揭示炎症性肠病导致发育异常的表观遗传机制|甲基化研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2020年12月31日,美国明尼苏达大学Natalia Y. Tretyakova教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“Multi-Omics Characterization of Inflammatory Bowel ......
肠病 表观 甲基 炎症 基因

易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序 高通量单细胞DNA甲基化测序简介 单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术,传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受 ......
单细胞 甲基 基因 amp

转录组学:解析基因表达的新视角

摘要:转录组学是一门研究全套转录产物(包括 mRNA、非编码 RNA 和其他 RNA 类型)的科学,旨在揭示基因表达调控机制及其在生物过程和疾病中的功能。本文将对转录组学的发展历程、主要技术方法、研究领域以及面临的挑战进行概述,以期为生物和医学科研工作者提供一个全面的转录组学认识。 1.引言随着高通 ......
视角 基因

C - 素数密度

题解在代码里,如下 点击查看代码 #include<bits/stdc++.h> typedef long long LL; using namespace std; //如果一个数n不是质数,就一定有非一的因数x<=sqrt(n); const int N=5e4; //因为所给题目最大到(1<< ......
素数 密度