生殖细胞 表观 因子 基因
求一个数所有因子的集合的子集中满足所有数均互质的最大子集
题意： 很明显了，就是把数 n 的所有因子求出来，在里面挑选一些数，使这些数之间均互质，求这些的最大个数。 结论： 先讲结论：最大个数为数 n 的质因数个数加1 思路： 我们已知一个数的质因数，就可以把这个数表示成若干质因数的乘积，例如： 12 = 2 * 2 * 3；其中2，3是12的质因数，表达 ......
被问懵了：什么是负载因子？为什么是0.75？
前几天面试被问懵了，还是关于 HashMap 的面试题，什么是负载因子？为什么是0.75？第一个问题还好回答，然而第二个问题就有点含糊其辞说不清楚了，所以今天就来好好复盘一下这道题。 HashMap 负载因子 load factor，也叫做扩容因子和装载因子，它是 HashMap 在进行扩容时的一个 ......
易基因：全基因组DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑马鱼模型听觉系统发育中的作用 | 胚胎发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 听力障碍通常与内耳发育不全或损伤有关，是影响生活质量的严重健康问题。因此研究听觉器官发生过程中的关键基因对于探索听力损伤的潜在策略至关重要。斑马鱼模型在理解内耳发育不良和相关疾病的分子遗传学原理方面得到了越来越多的应用，内耳发育包括遗传 ......
Linux 中 shell 脚本实现根据gff统计每一个基因的转录本数目
001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/' | sort | uniq > gene.list 002 ......
玉米基因型不同导致其根系微生物群落不同
当进行宏基因组分析时，我们发现不同的玉米基因型可能会导致其根系微生物群落的不同。这种群落的变化可能与许多环境因素相关，例如土壤pH值、温度、湿度和养分含量等。 然而，最近的研究表明，玉米基因型也可能对其根系微生物群落的形成产生影响。例如，在一项研究中，研究人员对20个不同玉米基因型进行了分析，并通过 ......
不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析
标题：不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组分析 摘要： 本研究旨在探究吉林省农科院不同地点对B73和Mo17玉米材料的宏基因组特征。通过种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料，并设置三个生物学重复。分别在第四周、第六周、第八周和第十周采集土壤样本进行测序，以获取 ......
吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析
标题：吉林省农科院不同地点B73和Mo17玉米材料宏基因组分析 摘要： 本研究旨在通过对吉林省农科院不同地点种植的B73和Mo17玉米材料进行宏基因组分析，探究它们在不同时间点和地点的土壤微生物群落组成和功能潜力差异。通过在三个地点种植三块地，每块地一半种植B73玉米材料，另一半种植Mo17玉米材料 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
第3关 动手实现逻辑回归 - 癌细胞精准识别
# -*- coding: utf-8 -*- import numpy as np import warnings warnings.filterwarnings("ignore") def sigmoid(x): ''' sigmoid函数 :param x: 转换前的输入 :return: 转 ......
高维数据惩罚回归方法：主成分回归PCR、岭回归、lasso、弹性网络elastic net分析基因数据|附代码数据
全文链接：http://tecdat.cn/?p=23378 最近我们被客户要求撰写关于高维数据惩罚回归方法的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我们将使用基因表达数据。这个数据集包含120个样本的200个基因的基因表达数据。这些数据来源于哺乳动物眼组织样本的微阵列实验 1 介绍 在本文中 ......
速递：易基因科技应邀在广东药科大学生物信息系讲课分享表观遗传学研究技术
2023年5月8日上午，深圳市易基因科技有限公司高级技术总监王君文应邀至广东药科大学医药信息工程学院生物信息系开展关于“基因组学时代：表观遗传学研究及DNA甲基化技术介绍”的线下讲座。讲座由生物信息系副主任任重鲁主持，众多学生积极响应参与。 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表 ......
基于扩张状态观测器eso扰动补偿和权重因子调节的电流预测控制，相比传统方法，增加了参数鲁棒性。
基于扩张状态观测器eso扰动补偿和权重因子调节的电流预测控制，相比传统方法，增加了参数鲁棒性。降低电流脉动，和误差。基于扩张状态观测器eso补偿的三矢量模型预测控制。ID:41123672941746934 ......
易基因：2023年植物表观转录组研究的最新进展（m6A+m5C）｜深度综述
大家好这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰测序策略的改进，以及分别对沉积、去除和识别RNA修饰的writers、erasers和readers密集表征，表观转 ......
02Prodigal基因预测
1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 ......
带遗忘因子的递推最小二乘法推导
摘要：最小二乘法的递推形式、直流信号的遗忘递推形式、遗忘递推最小二乘。 递推最小二乘法 对多组数据 $\vec{x}i$ 和 $y_i$，满足 $$y_i = \vec{x}^\mathrm{T}i\vec{\theta}$$ 其中 $\vec{x}i$ 是输入数据向量，$y_i$ 是输出数据标量。 ......
利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法
利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单核苷酸多态性(SNP)进行注释的软件，snpEff软件可以用于对VCF文件进行变异注释，使用时需要先进行安装，然后构建参考基因 ......
隧道全幅表观产品开发日志（一）旧版软件的修改日志
好久没写博客了，上一次写还是在上一家公司 现在在的这家公司目前做的是隧道内的探伤项目，我现在主要的工作是做工控机，也就是控制各种硬件组织作业。 目前的产品架构见https://github.com/LeventureQys/South_Gathering_Doc 中多设备采集软件相关内容，这篇文章仅 ......
【饮食与健康】【AIGC创作】表观生理年龄逆转指北
一、引言 我们都知道，岁月不饶人，但是谁又不想在岁月的长河中留下青春的容颜呢？在这个人人都追求健康和美丽的时代，我们的生活节奏却愈发紧张，高压的工作和不规律的作息让我们的身体时刻处于亚健康状态。这时候，你是不是开始想：“要是有一个方法能让我变年轻，那该有多好啊！”好消息是，科学家们已经找到了一个办法 ......
易基因：禾本科植物群落的病毒组丰度/组成与人为管理/植物多样性变化的相关性 | 宏病毒组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 现代农业通过简化生态系统、引入新宿主物种和减少作物遗传多样性来影响植物病毒的出现。因此，更好理解农业生态中种植和未种植群落中的病毒分布，以及它们之间的病毒交换至关重要。2023年03月14日，《Microbiol Spectr》杂志发表 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......
天梯赛—连续因子
. #include<stdio.h>#include<math.h>int main(){ long long int N, i, j, num, count, start = 0, max = 0; scanf("%lld", &N); for (i = 2; i < sqrt(N); i++) ......
高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文 宏基因组数据处理方法 数据下载 wget下载 宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1. NCBI的SRA数据库，2. ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC 你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到 sra-exporter ......
Megahit基因组装
1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 ......
C语言：求正整数的所有质数因子（如：180：2 2 3 3 5）
#include<stdio.h> #求正整数的所有质数因子（如：180：2 2 3 3 5） main() { int m,i; scanf("%d",&m); for(i=2;i<=m;i++) { if(m%i==0) { printf("%3d",i); m=m/i; i=i-1; } } ......
易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2021年03月02日，杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在《Cell Reports》（IF: 9.995）杂志发表了题为“Post-transcriptional regulation o ......
基因组坐标到转录本坐标转换——单碱基模式
今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......
力扣---1071. 字符串的最大公因子
对于字符串 s 和 t，只有在 s = t + ... + t（t 自身连接 1 次或多次）时，我们才认定 “t 能除尽 s”。给定两个字符串 str1 和 str2 。返回 最长字符串 x，要求满足 x 能除尽 str1 且 X 能除尽 str2 。示例 1：输入：str1 = "ABCABC", ......
“衰老标志物”重磅综述：细胞衰老、器官衰老、衰老时钟及其应用
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 随着人口老龄化程度不断加深，实现“健康老龄化（healthy aging）”已成为我国乃至世界迫切需要解决的重大社会和科学问题。据测算，我国60岁及以上老年人口将在2035年前后突破4亿，总人口占比将超过30%，进入重度老龄化阶段。 衰 ......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、 linux下载说明 ......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 ......