生殖细胞 表观 因子 基因
易基因： DNA甲基化差异水平分析中的DMC、DMR、DMG鉴定 | 干货分享
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Tie::File; my %genes;my @lines; tie @lines, 'Tie::File', 'D:\\Desktop\\3.txt' or die "Cannot open file: $!\ ......
因子分解机 libFM| DeepFM| Deep&wide| NFM
1. 因子分解机 MF的回顾 矩阵分解： 将矩阵拆解为多个矩阵的乘积 用户users和商品Items的评分矩阵是稀疏的，因为他不会对所有商品打分；把它拆分为2部分，K值是降维的维度，比如user1对10w个电影打分，10w降为K维（K一般取100左右）； k维降维变成稠密矩阵； 矩阵分解方法： EV ......
FlowJo 10 for Mac激活安装包分享 (流式细胞分析软件)
FlowJo Mac版是Mac平台上的一款流式细胞分析软件，FlowJo Mac版可以分析所有的流式仪产生的数据，简单易用， 功能强大，已经被领域内优秀的科学家，实验室广泛使用，是最好的流式数据分析软件，同时它也是各高影响力科学期刊使用最多的软 件，已经成了行业的一个标准。 软件下载：FlowJo ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
FlowJo 10 Mac流式细胞分析软件
FlowJo 10是一款全功能的流式细胞分析软件，专为实验室和科研工作者设计，具有强大的荧光成像、数据分析和可视化功能。在 FlowJo 10中，用户可以创建自己的流式细胞仪并与其他实验室人员分享，同时通过标准的报告格式和图形化界面进行数据分析。FlowJo 10 Mac版还可以与 LabVIEW/ ......
数据代码分享|R语言主成分（PCA）、主轴因子分析（PA）员工满意度调查数据可视化
全文链接：https://tecdat.cn/?p=33116 原文出处：拓端数据部落公众号 在现代组织管理中，员工的满意度对于组织的运行和绩效起着至关重要的作用。了解员工的满意度水平以及影响满意度的因素对于提高员工工作动力、维护组织稳定与发展具有重要意义。 为了深入探究员工满意度的内在结构和影响因 ......
小鼠大小肠表皮细胞 | 单细胞测序
2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro ......
求因子个数
下面放个**求因子个数**的方法 ```cpp #define ll long long ll calc(ll x){//求因子个数 if(cnt.count(x)) return cnt[x]; ll ans=1; for(ll i=2;i*i<=x;++i){ if(x%i==0){ ll c= ......
流式细胞文件（.fcs）结构简介
FCS一个完整的数据集主要有以下几部分： 头段（必须） 从数据集的第一个字节开始，文件的第一个数据集是从文件的第一个字节开始，最小长度为58个字节。 以ASCII码解析。 记录内容包括文件版本号（0~5共6字节）、文本段开始字节位（10~17共8字节）、文本段结束字节位（18~25共8字节）、数据段 ......
体细胞突变检测分析流程-系列1（ WES&Panel）
Sentieon●体细胞变异检测-系列1 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......
加速体细胞突变检测分析流程-系列2（ctDNA等高深度样本）
Sentieon●体细胞变异检测系列-2 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......
分面火山图--分别展示top25的基因
点击查看代码 ``` object.markers 0.15) #所有差异基因 #View(sig_dge.all) library(dplyr) object.markers % filter(p_val_adj % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) libra ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
连续因子
#include<iostream> #include<cmath> #define ll long long //-2^64“ 到”2^64 -1 using namespace std; int main() { ll n; //输入的数 ll sum=0,start; //sum代表因子总数， ......
GSVA | 基因集变异分析 | 基因集通路打分
前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当于设置了一个House keeping g ......
重磅！2023年影响因子正式发布，附Excel下载
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年最新影响因子正式揭晓！ 刚刚，2023年6月28日，Clarivate Analytics（科睿唯安）发布了各大SCI期刊的2022年影响因子。 肿瘤神刊+四大医学 老牌CNS 部分国产期刊如下： Cell Research ......
易基因｜表观遗传学与脑卒中：DNA甲基化的作用及衰老对血脑屏障修复的影响
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 脑卒中（俗称中风）是导致死亡和长期残疾的主要原因，尤其是对于老龄人来说。脑卒中的平均生存时间为6-7年，许多患者存在身体残疾和晚期认知功能障碍。脑卒中后的神经功能预后取决于许多因素，包括年龄、梗死面积和部位、遗传因素以及脑修复程度。脑卒 ......
Inducible shRNA | 可诱导的shRNA基因敲除技术
前言 什么是siRNA，什么是shRNA？Small interfering RNA (siRNA)，Small hairpin RNAs (shRNA) 什么是可诱导shRNA？ 该系统工作的核心原件有哪些？Dicer、Ago、RNA-Induced Silencing Complex (RISC ......
PCR Genotyping | 利用PCR来确定基因型
前面已经利用了PCR做了一些核心的实验： 目标区域扩增 实时定量mRNA 这里的目的还是目标区域扩增，不过material不再是细菌DNA，而是human cancer cell line的DNA（只需要几千细胞即可）。 Kits和protocol： 2X Phire Tissue Direct P ......
R语言广义加性混合模型(GAMM)分析长沙气象因子、空气污染、PM2.5浓度、显著性检验、逐日变化可视化
全文链接：https://tecdat.cn/?p=32981 原文出处：拓端数据部落公众号 气候变化和空气污染对现代社会产生了越来越大的影响。在这种背景下，研究气象和空气污染之间的关系以及其对PM2.5浓度的影响变得非常重要。为了更好地理解和解释这些关系，广义加性混合模型（GAMM）成为一种强大的 ......
【算法】根据整数数组，生成正的素因子二位数组，并排序
给定一个正整数或负整数的数组，I=[i1，..，in] 生成一个形式为的排序数组P [[p，I数组的所有ij的和，其中p是ij的素因子（p为正）]…] P将按素数的递增顺序进行排序。 示例： I＝{12,15}；//结果=“（2 12）（3 27）（5 15）” [2，3，5]是I的元素的所有素因子 ......
Java-HashMap中的扰动函数、负载因子与扩容链表拆分
## 1.扰动函数 在hashmap中，put操作是这样进行的： ```java public V put(K key, V value) { return putVal(hash(key), key, value, false, true); } ``` 其中会涉及到`hash(key)`的运算， ......
易基因：近期染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）研究成果｜项目集锦
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作（DNA-Protein Interactions，DPIs）是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。本期以科研内容为序 ......
根据SRA号和参考基因组统计测序的X数
以SRR1770413 为例： 001、测序的碱基数目 测序碱基数目为：387.2M。 002、参考基因组的大小 a、下载参考基因组，并统计基因组的大小 [root@PC1 test01]# ls GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz [root@PC1 t ......
如何统计参考基因组的大小
以绵羊为例： 001、下载绵羊参考基因组 a、 b、 [root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_01677 ......
易基因：ChIP-seq等揭示METTL14调控哺乳动物二价结构域的表观遗传机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白及其翻译后修饰在调控基因表达和其他染色质模板化过程中起着重要作用。组蛋白H3赖氨酸4三甲基化（H3K4me3）和组蛋白H3K27me3分别在小鼠植入前胚胎的基因激活和基因抑制中发挥重要作用。H3K4me3和H3K27me3组成的染 ......
植物全基因组选择（GS）研究进展
[toc] > 徐扬老师综述得很到位，读完此文基本能对目前植物GS有个大概的了解。 ![Schematic-drawing-of-a-generalised-genomic-selection-strategy-showing-the-training.png](https://upload-ima ......
易基因：组学研究揭示不同牛品种的DNA甲基化、染色质和基因表达互作机制｜科研进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在全球范围内，牛为60多亿人提供了重要的营养来源。传染病是养牛生产的主要限制因素，且许多疾病人畜共患，因此与人类健康直接相关。近年来牛的许多复杂性状遗传基础得到了广泛研究，但不同动物的大量重要表型变化仍无法解释，人们越来越关注非遗传变异 ......