生殖细胞 表观 因子 基因
易基因：基于类器官的转录和表观基因组分析揭示肠上皮成熟的关键调节因子｜Science子刊
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 胎儿肠道经历巨大的扩张和重塑，在发育过程中形成初级绒毛和连续的绒毛间隙。绒毛形成后，相同潜能的上皮祖细胞（equipotent epithelial progenitors）产生功能明确的成体干细胞（adult stem cells，A ......
力扣-2427-公因子的数目
给你两个正整数 a 和 b ，返回 a 和 b 的 公 因子的数目。 如果 x 可以同时整除 a 和 b ，则认为 x 是 a 和 b 的一个 公因子 。 示例 1： 输入：a = 12, b = 6输出：4解释：12 和 6 的公因子是 1、2、3、6 。示例 2： 输入：a = 25, b = ......
基于TOTP算法的Github两步验证2FA(双因子)机制Python3.10实现
从今年(2023)三月份开始，Github开始强制用户开启两步验证2FA(双因子)登录验证，毫无疑问，是出于安全层面的考虑，毕竟Github账号一旦被盗，所有代码仓库都会毁于一旦，关于双因子登录的必要性请参见：别让你的服务器(vps)沦为肉鸡(ssh暴力破解)，密钥验证、双向因子登录值得拥有。 双因 ......
8. 参考基因组
1. 背景引入 本小节开始讲述转录组测序的准备工作.因为做的是有参的基因组分析,所以首先是准备参考基因组、测序数据.当数据准备完成后,接下来是比对参考基因组,表达定量,合并成表达矩阵,差异表达分析. 上面是转录组分析的大致步骤,这节我们介绍的是参考基因组. 2. 准备参考基因组 2.1 下载参考基因 ......
生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
动动发财的小手，点个赞吧！ 简介 ABBA BABA 统计（也称为“D 统计”）为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据（例如来自全基因组测序或 RADseq）来测试基因渗入。 在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写的代码来 ......
手把手教你实现法玛三因子模型
更多精彩内容，欢迎关注公众号：数量技术宅，也可添加技术宅个人微信号：sljsz01，与我交流。 关于法玛三因子模型 法玛三因子模型（Fama-French Three-Factor Model）是一种资本资产定价模型（Capital Asset Pricing Model，CAPM）的扩展，用于解释 ......
易基因：ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制｜Plant Com
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
6. 简单基因家族分析
2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响. 下图是我们要得出的结论,我们发现FAD4在拟南芥中有3个拷贝 ......
VINS中的IMU因子（一）
VINS中的IMU因子（一） 在这篇文章中我们分析一些VINS中对于IMU因子的处理和构建方式。首先来看一下再 estimator类中关于预积分因子的几个重要成员变量。pre_integrations 存储了滑动窗口中相邻两帧之间的预积分增量。acc_0，gyr_0则保存了当前时刻的角速度和加速度值 ......
易基因｜ONT：三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌（Cutibacterium acnes，C.acnes）是一种革兰氏阳性细菌，是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体，但某些成员与常见的炎症性疾病（如痤疮）有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
SCI期刊影响因子(Journal Impact Factor,简称JIF)
SCI期刊影响因子(Journal Impact Factor,简称JIF)是指某一期刊在特定年份内被引用的次数(包括引用期刊内的文章和其他期刊对该期刊的引用),除以该期刊在同一年发表的总论文数目。该值反映了该期刊上一年发表的论文平均被引用的频率。 全球公认的期刊学术影响力评价指标 影响因子 Imp ......
雷达基础知识详细解析--------旋转因子、频率分辨率、最大可观测频率、窗函数和频谱泄露、补零操作、非相干积累
一、背景 这两天看见一个公众号上写的大疆的雷达笔试题。不看不知道，一看吓一跳，基本上快全忘完了，于是赶紧补习补习，我怕到时拿着他的微冲突突我（哈哈）。本文主要是对一些雷达的基础知识进行详细的解析，参考着各位大佬的资料，如有侵权，请联系删除。 二、雷达基础知识 1、FFT主要利用旋转因子的什么性质，减 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
基因、基因家族和通路之间的关系
基因、基因家族和通路之间的关系如下： 基因（Gene）： 基因是DNA上的一段编码信息，它指导生物体合成特定的蛋白质或RNA分子。基因是生物体遗传信息的基本单位，每个基因编码了一个或多个蛋白质或RNA的特定序列。基因具有多样性，因为同一基因可以在不同个体中存在不同的等位基因，导致生物体的遗传多样性。 ......
基因挖掘之BSA (Bulk segregation analysis)
目录BSA的发展BSA分析框架BSA流程及影响因素BSA的群体BSA的算法BSA的软件BSA遗传群体、算法和软件的对应关系 BSA作为基因组学中基因挖掘的三板斧之一，最大优点是高效、经济、简便。通过选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，然后比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标 ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
4、索引如何设置填充因子
理解填充因子 重建索引固然可以解决碎片的问题.但是重建索引的代价不仅仅是麻烦，还会造成阻塞。影响使用.而对于数据比较少的情况下，重建索引代价并不大。而当索引本身超过百兆的时候。重建索引的时间将会很让人蛋疼. 填充因子的作用正是如此。对于默认值来说，填充因子为0（0和100表示的是一个概念）,则表示页 ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因
使用R语言查询某物种所有通路及通路内的基因，这里使用Y书的clusterProfiler包。 这里以人类为例查询所有通路及通路内的基因： library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") hsa ......
拟南芥Sec14蛋白(SFH5和SFH7)介导磷脂酸在细胞器间的转运，并调控叶绿体的发育
脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜，然而，从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里，我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网（ER）传递磷脂酸（PA）到叶绿体中的结构基础，以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
Lucene中的合并因子mergeFactor
mergeFactor 是用来决定segment该如何被addDocument()方法进行合并的。 当mergeFactor取比较小的值时，索引时所使用的内存较少 而且搜素未优化的速度会比较快。因此，mergeFactor取值较大时(比如大于10)， 适合于批量的索引建立，而当搜索未优化索引的速度会 ......
泛基因组助力作物育种改良
目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组 ......
wright-fisher模型下遗传漂变基因固定的证明
# background 最近我导兴致大起准备进行组间交流开展群体遗传学的读书交流会，为了贪图内容的简易我先选了遗传漂变的部分 但并不是说要水过，多少要有点b格。 在遗传漂变的部分里有一个重要的模型Wright-Fisher 模型，很多群体遗传学教科书都会提到这个模型，但是关于该模型中的一个细节 假 ......
探索神秘的细胞世界：我的旅程与洞见
在我的科学探索之旅中，我深入挖掘了神秘而令人着迷的细胞世界。我尝试了解这个微观世界的各种奇迹和困惑，从细胞的再生能力到细胞的可塑性和干细胞技术的潜力。下面，我将与你分享我在这次旅程中的见解和发现。 ## 神秘的神经细胞：更新与替换的奇迹 我首先探索了神经细胞的世界。我很惊讶地发现，与长期以来的科学共 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
基因芯片数据分析一般可以执行哪些程序
基因芯片数据分析通常包括以下程序： 1. 数据预处理：对原始芯片数据进行质控、去噪和归一化处理，确保数据的准确性和可比性。 2. 差异表达分析：通过比较不同条件下的基因表达水平，找出在不同条件下显著差异表达的基因。 3. 功能富集分析：将差异表达的基因进行功能注释和分类，然后使用统计方法判断哪些功能 ......
参考基因组准备
> 参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247483738&idx=1&sn=bd57965cf960293837671b315b35c4d4&chksm=9b4841e1ac3fc8f7d4102f1b07abce8d ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
salmon快速基因和转录本定量 | isoform
参考前篇：可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 ......